В 1550-х годах был издан первый список запрещенных книг, в который вносились все сочинения, отклоняющиеся от церковных догм. Чтение таких книг каралось очень строго, вплоть до смертной казни. На юге Италии тяжелый гнет инквизиции сочетался с жестоким режимом испанского господства, поэтому неудивительно, что этот край стал очагом восстаний.
Т. Кампанелла — мистик, астролог и вместе с тем вдумчивый естествоиспытатель — не ограничивался только кабинетной работой. В 1592 году он выступил на диспуте против одного старого профессора, десятки лет „глодавшего“ Аристотеля и средневековых схоластов, и разбил его по всем пунктам. Профессор был подслеповат, но разглядел под монашеской рясой ученого „козлиное копыто“ и тотчас донес инквизиции, что богословию Т. Кампанелла обучался у дьявола. Инквизиция и духовное начальство как будто и сами уже об этом подозревали, только вот прямых доказательств у них пока не было. Но вскоре вольнодумство Т. Кампанеллы сказалось в проступке незначительном, но для начальства монастыря Святого Георгия достаточно обличавшем неблагонадежность молодого монаха. В Неаполе мыслитель дерзнул просить разрешения пользоваться книгами монастыря Сан-Доменико Маджоре — лучшей библиотеки города. Выдавая Т. Кампанелле книги, библиотекарь однажды заметил, что тот может быть отлучен от церкви, так как некоторые сочинения можно брать только по специальному разрешению самого папы. В ответ Т. Кампанелла иронически воскликнул: „А что значит отлучить от церкви? Съесть что ли?“. Через несколько дней его, как еретика, отправили в Рим для суда и следствия. Так Т. Кампанелла впервые увидел решетку на окне и несокрушимую дубовую дверь. Оказавшись в заключении в первый раз, он повел себя так, как испокон веков делают внезапно схваченные люди, не знающие за собой никакой вины: стучал в дверь и требовал, чтобы ему сказали, в чем его обвиняют. Но ответом были молчание и неизвестность — испытанный прием святой инквизиции.
Наконец Т. Кампанеллу повели на допрос, где потребовали, чтобы он признал свою вину сам. Но молодой мыслитель не знал за собой никакой вины, как и причины, по которой его заточили в тюрьму. И тогда его спросили, каким образом он в свои годы знает то, чему его не учили и учить не могли. На это Т. Кампанелла ответил:
В тюрьме Неаполя ученый провел почти год. Днем в камере было нестерпимо душно, ночью — сыро; у него заболели суставы, от плохой пищи начали расшатываться зубы. Не один раз его мучили приступы лихорадки, но врача и лекарств узникам не полагалось. Иногда, правда, ему давали бумагу, и Т. Кампанелла писал, стараясь выражаться как можно осторожнее и туманнее, чтобы его не обвинили в ереси. На этот раз дело для молодого монаха закончилось более или менее благополучно: после освобождения ему предписывалось покинуть Неаполь и жить у себя на родине в одной из самых отдаленных обителей. Но Т. Кампанелла решил сначала отправиться в Рим, потом появляется то в одном, то в другом городе Италии, а в 1593 году он оказался во Флоренции, где правительство тосканского герцога предложило ему преподавать в университете. Однако по пятам Т. Кампанеллы шли иезуиты, и их нашептывания испортили ему репутацию. Из Флоренции ученый направился в Венецию, потом в Падую, где поселился в монастыре Святого Августина. Здесь он по памяти восстановил свои сочинения, которые у него еще в Болонье отобрал и отправил в инквизицию настоятель доминиканского монастыря.
Изучив рукописи Т. Кампанеллы, инквизиция организовала два процесса против вольнодумца. На этот раз он подвергся следствию вместе с известным медиком того времени Д. Кларио и неким О. Лонго. Т. Кампанеллу обвинили в оскорблении генерала Ордена иезуитов, в авторстве сочинения „О трех обманщиках“ и еще в том, что он не донес на еретика, отрицавшего Иисуса Христа как Спасителя. А он и не подозревал, что вся его жизнь занесена на бумагу: случайные слова, встречи с людьми, потерянные записки — все теперь превратилось в улики. К тому же недруги сочинили на Т. Кампанеллу донос, в котором приписали ему сочинение сатирического стихотворения, направленного против Иисуса Христа, и указывали приверженность его к учению древнегреческого философа Демокрита.