Сан-Мартин выехал из Испании в Англию, чтобы оттуда отправиться на родину. К тому времени он был уже знаком с членами тайной патриотической организации «Общество Лаутаро» (названа так по имени одного из вождей индейцев-аракуанов, возглавившего в середине XVI века восстание против испанского господства), основанной в Лондоне венесуэльцем Франсиско де Мирандо. Теперь бывший подполковник испанской королевской армии Хосе де Сан-Мартин решил «обнажать свою шпагу только против врагов свободной Южной Америки».
В Аргентине его встретили с распростертыми объятиями. Через неделю он получил чин полковника и стал формировать эскадрон конной гвардии. В скором времени эскадрон вырос в полк конных гренадеров республиканской армии, которая только начинала создаваться.
Сан-Мартин лично обучал его бойцов и офицеров военному мастерству и воспитывал их в духе свободолюбия и патриотизма, разжигая ненависть к врагам – испанцам. В полку по его инициативе был создан так называемый трибунал надзора. Он состоял из полковых офицеров и вершил суд, руководствуясь кодексом мужества и чести.
3 февраля 1813 года полковник Сан-Мартин одержал свою первую победу на земле Ла-Платы. Во главе эскадрона численностью в 125 человек он разбил при монастыре Сан-Лоренсо моряков испанской военной флотилии, действовавшей на реках Парана и Уругвай. Эта победа укрепила веру местных жителей в республиканскую армию, облегчила связи Ла-Платы с провинцией Парагвай и снабжение патриотических войск Хосе Ронде, осаждавших город Монтевидео.
Сан-Мартин, узнавший, что испанцы готовятся высадиться в окрестностях монастыря Сан-Лоренсо с целью ограбить обитель, решил устроить им засаду. Конные гренадеры всего за три часа доскакали из Буэнос-Айреса до монастыря и укрылись за его стенами. С подошедших семи речных кораблей испанской флотилии высадились 320 человек и двинулись к Сан-Лоренсо. Когда испанцы приблизились почти вплотную к монастырским воротам, аргентинцы внезапно атаковали их. Испанцы успели дать только один залп, после чего началась рукопашная схватка. Победители потеряли всего 8 человек, а из вражеского десантного отряда успели добежать до своих кораблей всего 50 человек.
В Буэнос-Айресе полковник Сан-Мартин создал отделение «Общества Лаутаро», в которое вошли патриотически настроенные государственные деятели и военачальники. Хосе де Сан-Мартин и его сторонники оказали поддержку «Патриотическому обществу» в свержении Первого триумвирата, превратившегося в орган реакционной власти.
Новый триумвират в составе Николаса Родригеса Пеньи, Антонио Альвареса Хонте и Хуано Пасо созвал 31 января 1813 года в Буэнос-Айресе Генеральную конституционную ассамблею, которая провозгласила независимость провинций Ла-Платы и утвердила закон о новом гражданстве. Страна получила название – Объединенные провинции Ла-Платы, национальный герб (ныне герб Республики Аргентина), государственный гимн и флаг – бело-голубой. Были ликвидированы рабство (первоначально был запрещен ввоз в страну новых рабов-негров) и Трибунал инквизиции, а орудия пыток предписывалось публично сжечь.
Тем временем на севере Объединенных провинций Ла-Платы патриотические войска генерала Бельграно вели тяжелые бои против испанцев. После побед при Тукумане и под Сальтой они потерпели в конце 1813 года два поражения – в битвах при Вилькапухио и при Айоуме. Буэнос-айресское правительство приказало Хосе де Сан-Мартину, произведенному в генералы, выступить на север с экспедиционным корпусом на помощь Северной армии. Несколько позже он стал ее командующим.
Установив самые дружеские отношения с генералом Бельграно, Сан-Мартин провел реорганизацию и наладил обучение Северной армии, сосредоточив ее в провинции Тукуман. Под ее одноименной столицей был создан укрепленный лагерь республиканских войск «Сьюдадел» («Крепость»). В войсках устанавливались строгая дисциплина и субординация. Тем временем в соседней провинции Сальте накапливались военные силы испанцев.
Пока республиканская армия проходила обучение, ее командующий воевал против испанцев на севере страны в партизанских отрядах под общим командованием героя Ла-Платы Мартина Мигеля Гуэмеса. Сам генерал Сан-Мартин задумал совершить поход через Анды, чтобы перенести боевые действия в Верхнее Перу, под стены города Лима и на побережье Тихого океана. В конце концов Хосе де Сан-Мартин решил идти на Лиму через территорию Чили, которая тоже находилась под властью испанцев.
Он отказался от командования Северной армией, приняв предложение стать интендант-губернатором Куйо, и в августе 1814 года переехал в город Мендосу, в котором решил сформировать освободительную армию. В начале 1815 года верховным правителем Объединенных провинций Ла-Платы был назначен Карлос Альвеара, который недоброжелательно относился к Сан-Мартину.