В Швейцарии французская армия генерала Массены, насчитывавшая 45 тысяч человек, в мае 1799 года вынуждена была отступить к Цюриху, преследуемая 50-тысячной австрийской армией эрцгерцога Карла и генерала Фридриха Готце. 7 июля французам пришлось оставить Цюрих. Затем Массене удалось потеснить неприятеля, и 14 августа он атаковал Цюрих, но неудачно. Часть австрийских войск из Швейцарии была переброшена с армией эрцгерцога Карла к Майнцу для похода в Нидерланды. Оставшийся 20-тысячный русско-австрийский корпус под командованием Римского-Корсакова был наголову разбит Массеной 25 сентября 1799 года у Цюриха. Генерал Готце в этом сражении погиб. Русские и австрийцы потеряли 8 тысяч убитыми, ранеными и пленными и 100 орудий, потери французов не превышали 4 тысяч человек.
8-тысячный отряд французского генерала Лекурба смог удержать перевал Сен-Готард против 20-тысячной армии Суворова до тех пор, пока Массена не разбил Римского-Корсакова. Сбивший в конце концов французов с Сен-Готарда, Суворов оказался в очень опасном положении против вдвое превосходящей неприятельской армии. Однако русский полководец смог нанести ряд поражений отдельным французским отрядам и пробиться в Италию, выйдя 7 октября к городу Иланц. Он потерял при этом только 5 тысяч из 20 тысяч своих солдат. За успехи в Италии и Швейцарии Суворов был удостоен звания генералиссимуса, однако в целом швейцарская кампания была союзниками проиграна.
Неудачно для коалиции сложилась и экспедиция в Голландию, хотя сначала ее ожидал большой успех. 30 августа 1799 года голландский флот сдался британской эскадре. 16 сентября у Бергена сошлись 35-тысячная англо-русская армия герцога Йоркского и 22– тысячная франко-голландская армия под командованием французского генерала Гийома Мари Анна Брюна. Французские потери составили 3 тысячи человек, а потери союзников – 4 тысячи. Второе сражение у Бергена произошло 2 октября. На этот раз обе стороны потеряли по 2 тысячи солдат и офицеров, и союзникам удалось потеснить французов и голландцев. Однако следующее сражение при Кастрикуме 6 октября закончилось победой получивших подкрепление французов. Союзники потеряли 3,5 тысячи, а франко-голландская армия – 2,5 тысячи человек.
Герцог Йоркский отступил на север. Он понял, что сил для завоевания Голландии у него недостаточно. Основная же задача по нейтрализации голландского флота была уже выполнена. Поэтому 18 октября 1799 года был заключен Алкмаарский договор с Батавской республикой, по которому союзники покинули территорию Голландии.
В тот же день император Павел I, считавший, что англичане и австрийцы намереваются заставить русских таскать каштаны из огня, вышел из 2-й антифранцузской коалиции. Более того, через год, в декабре 1800 года, был фактически заключен русско-французский союз против Англии, и император Павел в январе 1801 года предписал корпусу донских казаков отправиться на завоевание британских владений в Индии. Главной причиной убийства Павла группой заговорщиков в ночь с 23 на 24 марта 1801 года стало опасение, что сближение с Францией приведет к прекращению русско-английской торговли, от которой очень зависела экономика России. Ведь на Британские острова шла значительная часть вывозившегося из России продовольствия и сельскохозяйственного сырья, а оттуда поступали промышленные товары. Наполеон решил нанести главный удар в Италии, где он сам встал во главе армии. Одновременно он распустил слухи, что генеральное наступление предпримет в прирейнских областях другая армия, под командованием Моро. Новую армию для Италии Бонапарт тайно формировал в Дижоне вблизи швейцарской границы.
8 мая 1800 года Первый консул прибыл в Женеву. 14 мая он повел армию через Альпы. Бонапарт рассчитывал пройти через Сен-Готардский перевал и ударить в тыл австрийской армии генерала Меласа, действовавшей в Италии. 24 мая французский авангард под командованием генерала Ж. Ланна разбил австрийский заслон у Ивре. 2 июня армия Бонапарта без боя вошла в Милан. Мелас решил дать генеральное сражение французам. 14 июня 45-тысячная австрийская армия атаковала неприятеля у деревни Маренго, накануне занятой французами. Корпус генерала Виктора занимал сильную позицию у ручья Фантаноне и успешно отражал натиск австрийцев. Наконец, австрийская дивизия генерала Отта форсировала ручей и ворвалась в Маренго. В этот момент подошел Бонапарт с резервными частями и остановил дальнейшее продвижение неприятеля. Первый консул ввел в бой 800 солдат своей гвардии, которые стойко сопротивлялись атакам австрийской пехоты и кавалерии. В три часа французские войска не выдержали натиска превосходящих сил противника и стали отходить под прикрытием корпуса Ланна и Консульской гвардии. Против гвардии австрийцы выставили 24 орудия. Ядра пробивали бреши во французских каре, но гвардейцы сохраняли строй и медленно отходили. За 3 часа войска Ланна отступили только на 4 км.