17 марта французы осадили старую твердыню крестоносцев Аккру, которую оборонял англо-турецкий отряд во главе с британским морским офицером Уильямом Сиднеем. Осажденные, беспрепятственно получавшие снабжение морем, отбили несколько приступов. К тому времени французское войско имело в строю немногим более 10 тысяч человек – сказались потери в боях и от болезней, да и в Египте пришлось оставить часть сил. Начавшаяся в лагере чума заставила Наполеона прекратить осаду Аккры и 14 июня вернуться в Каир.
15 июля у Абукира высадилось 15-тысячное турецкое войско, базировавшееся на острове Родос. Наполеон, располагая всего лишь 6 тысячами солдат, разбил турок наголову, а 2 августа остатки турецкой экспедиционной армии капитулировали в Абукире.
Вскоре Наполеон узнал о том, что армии Директории терпят поражение от русских и австрийских войск под командованием фельдмаршала Суворова, а потому правительство стремительно теряет популярность в народе. Генерал Бонапарт решил, что пора вернуться во Францию и взять власть в свои руки. 23 августа 1799 года он отплыл из Александрии на 2 фрегатах во главе 500 солдат и 5 генералов – Жана Ланна, Александра Бертье, Иоахима Мюрата, Александра Андреосси и Огюста Мармона. Ему удалось благополучно миновать встречи с английской эскадрой и 9 октября, после остановки на родной Корсике, достичь французского побережья.
9 ноября (18 брюмера) 1799 года сторонники Бонапарта добились назначения генерала командующим войсками Парижа под предлогом подавления роялистского заговора. На следующий день, когда депутаты нижней палаты парламента, Совета пятисот, усомнились в существовании заговора, Наполеон с помощью верных ему войск разогнал парламент. На защиту Директории не выступил никто. Наполеон был провозглашен Первым консулом и получил практически неограниченную власть.
Бонапарту досталось незавидное наследство. Казна была пуста. Французские войска потерпели тяжелые поражения в Италии и в Египте. В Вандее бушевало роялистское восстание. 25 декабря новый правитель Франции обратился к союзникам с мирными предложениями. К тому времени Россия вышла из антифранцузской коалиции, однако Англия и Австрия рассчитывали, что и без русских войск им удастся добиться победы, и от мирных переговоров отказались.
Оставшуюся в Египте французскую армию возглавил генерал Жан Батист Клебер. Англичане не направляли против нее значительных сил, не без основания рассчитывая, что блокированному с моря неприятелю рано или поздно придется сдаться. Турецкие же и египетские отряды не в состоянии были самостоятельно справиться с закаленными в боях французскими гренадерами и гусарами. 21 января 1800 года Клебер договорился с турками о беспрепятственной эвакуации своей армии из Египта, но англичане воспротивились выполнению соглашения. Тогда 20 марта французы разбили турецкий отряд у Гелиополиса и вновь заняли Каир.
14 июня 1800 года Клебер погиб в стычке с разъездом мамлюков. Сменивший его генерал Жан Франсуа де Мену, принявший мусульманство и женившийся на египтянке, а потому подписывавшийся Абдалла Мену, держался еще в течение года. Наконец 20 марта 1801 года французы были разбиты при Абукире 18-тысячной англо-турецкой армией генерала Ральфа Аберкромби, павшего в этом сражении. В июле и августе союзники заняли Александрию и Каир. 31 августа 1801 года Мену капитулировал. По условиям соглашения он с 26-тысячным войском вернулся во Францию на британских судах, сохранив оружие и знамена.
Еще в 1798 году английская дипломатия создала вторую антифранцузскую коалицию из Англии, Австрии, России, Турции, Испании и Неаполитанского королевства.
В июле 1798 года командующий российским Черноморским флотом вице-адмирал Ф. Ф. Ушаков получил приказ идти в Константинополь для соединения с турецким флотом. 13 июля он вышел в море с эскадрой из 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 посыльных судов, с 792 орудиями, 7406 членами экипажа и 1700 солдат десанта. 23 августа Ушаков прибыл к Босфору, а 26-го получил разрешение на свободный проход через проливы и обязательство Турции снабжать его эскадру всем необходимым. 30 августа под команду Ушакова поступила еще и турецкая эскадра.
Объединенному русско-турецкому флоту было поручено овладеть Ионическими островами, ранее захваченными французами. 28 сентября Ушаков подошел к Ионическим островам. К началу ноября ему удалось установить контроль над четырьмя небольшими островами Цериго, Занте, Кефалония и Санта-Мавра. Теперь необходимо было захватить главный остров Ионического архипелага – Корфу. На острове было две крепости с 650 орудиями и 3 тысячами солдат гарнизона. 8 ноября Корфу был блокирован русско-турецкой эскадрой. Осада продолжалась три с половиной месяца. Как осажденные, так и осаждающие несли основные потери от болезней, а не от ядер и пуль. В середине февраля 1799 года на корабли союзников был переброшен турецкий экспедиционный корпус. Главный удар решено было нанести по острову Видо, прикрывавшему главную крепость.