После этого на английских военно-морских базах вспыхнул мятеж, на время парализовавший деятельность флота. В апреле взбунтовались моряки в Спитхеде и других местах, возмущенные тяжелыми условиями службы и произволом офицеров. При этом матросы клялись, что они вернутся на корабли, если французский флот выйдет из портов и двинется к британским берегам. В августе волнения были жестоко подавлены, но командование вынуждено было значительно улучшить довольствие моряков и увеличить их жалованье.
Восстановивший свою боеспособность британский флот расправился с союзным Франции голландским флотом, который 11 октября 1797 года был разбит у Кампердейна эскадрой адмирала Адама Дункана. 16 британским линейным кораблям голландский адмирал Виллем де Винтер мог противопоставить 15, из которых 9 в ходе боя перешли в руки неприятеля. Но, несмотря на британское господство на море, французы 22 августа 1798 года все-таки высадились в Ирландии, рассчитывая поднять католическое население страны на борьбу против англичан. Однако французский отряд численностью всего в 1200 человек во главе с генералом Жаном Гумбертом сразу же был окружен превосходящими английскими силами и 8 сентября капитулировал. Подкрепления, посланные на эскадре адмирала Бомпара, безнадежно опоздали и пошли на дно вместе с французскими кораблями, потопленными 12 октября английским адмиралом Джоном Уоррелом.
Бонапарт прекрасно понимал безнадежность морской операции против Англии и задолго до неудачной экспедиции Гумберта покинул пост командующего Английской армии, не суливший громкой славы. Он смог убедить правившую в Париже Директорию в необходимости высадки в Египте. Оттуда будущий император рассчитывал завоевать весь Ближний Восток, а затем нанести удар по Индии и тем окончательно подорвать колониальное могущество «владычицы морей».
12 апреля 1798 года был подписан приказ об образовании Восточной армии, во главе которой встал Бонапарт. По пути в Египет французские войска 12 июня заняли Мальту. 1 июля армия Бонапарта высадилась в Египте и на следующий день овладела Александрией. Двигаясь к Каиру, французы разгромили в битве при Пирамидах 21 июля армию египетских мамлюков. По словам Наполеона, он располагал всего 23 тысячами солдат, тогда как неприятельское войско достигало 60 тысяч человек. Не исключено, что численность мамлюков преувеличена – вряд ли французы имели возможность их точно подсчитать, и даже командующие египетской армией братья Ибрагим-паша и Мурад-паша не знали наверняка, сколько у них подчиненных. По свидетельству Наполеона, в одиночном бою всадник-мамлюк превосходил французского кавалериста. В бою нескольких всадников силы были равны, а эскадрон французских гусар уверенно громил египетский эскадрон, не имевший представления о правильных боевых порядках. Атака мамлюков при пирамидах была легко отбита, а их укрепленный лагерь взят штурмом. 22 июля французские войска захватили Каир. Ибрагим-паша с остатками армии отступил в Сирию. Там она соединилась с войсками Ахмед-паши, принявшего общее командование.
Наполеон считал кампанию выигранной, но тут в дело вмешался английский флот. Командующий Средиземноморской эскадрой адмирал Нельсон 1 августа внезапно атаковал французский флот в Абукирской бухте близ устья Нила, причем часть британских кораблей смогла незаметно встать между неприятельскими судами и берегом, а другая часть атаковала врага со стороны моря. Французские корабли попали под перекрестный огонь и почти все были потоплены или захвачены. Из 13 линейных кораблей спаслись лишь 2, из 4 фрегатов – также 2. В бою погиб и командующий флотом адмирал де Брюэс. Французы потеряли убитыми, ранеными и пленными 6 тысяч, а англичане – только 900 человек.
После Абукира участь французской армии в Египте была уже предрешена, так как, лишенная снабжения из Франции, она не могла ни предпринять успешного похода на Восток, ни просто сколько-нибудь длительное время удержаться в Египте, где мамлюки развернули против французов партизанскую борьбу. Вести борьбу приходилось в пустынной местности, где принцип самоснабжения, исповедовавшийся революционной армией, был неприменим. Наполеон тем не менее отправился в отчаянный поход в Сирию.
14-15 февраля 1799 года его армия взяла Эль-Ариш на Синайском полуострове, а 3–7 марта – Яффу, оборонявшуюся уже турецкими янычарами. Сдавшийся в плен 4-тысячный гарнизон Яффы, которому перед капитуляцией была обещана жизнь, Бонапарт приказал расстрелять. У него не было продовольствия, чтобы кормить пленных, а отпускать их французский командующий не хотел, опасаясь, что янычары усилят гарнизоны других турецких крепостей, как это сделали турки, захваченные в Эль-Арише и вновь взятые в плен Яффе.