10 июля французы взяли Брюссель, а 27 июля – Антверпен, английский гарнизон которого эвакуировался на Британские острова. Австрийцы ушли из Бельгии, а пруссаки с левого берега Рейна, но их армии еще не были разбиты. Тем временем во Франции 9 термидора (27 июля) 1794 года были свергнуты якобинцы во главе с Максимилианом Робеспьером. К власти пришли умеренные республиканцы, сформировавшие Директорию. Они прекратили развязанный Робеспьером террор, предварительно казнив якобинских вождей. Прекращение бессудных казней, в том числе проигравших сражения офицеров и генералов, благотворно сказалось на боеспособности французской армии.
В конце лета 1794 года Рейнско-Мозельская армия под командованием генерала Жана-Виктора Моро вторглась в Германию и в октябре вновь осадила Майнц. В октябре в Париже вспыхнул роялистский мятеж, подавленный в ночь с 4 на 5 октября генералом Бонапартом с помощью артиллерии. На испанском фронте французы овладели перевалами в Пиренеях, а на итальянском изгнали союзников из Савойи. Армия Пишегрю в конце 1794 года вошла в Голландию. Голландский флот, вмерзший в лед у острова Тексел, был в январе 1795 года захвачен французской кавалерией.
К марту вся территория Голландии была оккупирована, и страна превратилась в зависимую от Франции Батавскую республику. В апреле – июле 1795 года все участники антифранцузской коалиции, кроме Австрии, Пьемонта и Англии, испытывая серьезные финансовые трудности, заключили с Францией Базельский мир. По этому миру Испания передала Франции свою половину острова Санто-Доминго и стала союзницей Франции.
В июле в Вандее 13-тысячной армией Гоша был разгромлен 17-тысячный десант, состоящий из английских войск и французских эмигрантов. Большинство из 8200 эмигрантов попало в плен, а англичане благополучно вернулись на Британские острова. Французские потери не превышали 500 человек. В следующем году Гош с большой жестокостью окончательно подавил вандейское восстание.
После отпадения союзников Австрия продолжила борьбу с Францией один на один. Французские армии перешли в общее наступление. 100-тысячная Самбро-Маасская армия генерала Журдена двигалась к западу от Кобленца. Рейнско-Мозельская армия взяла 26 июля Люксембург, а главными силами осадила Майнц. Против Журдана стояла 100-тысячная армия австрийского фельдмаршала Клерфэ. На Верхнем Рейне находилось 85 тысяч австрийцев во главе с фельдмаршалом Сигизмундом Вурмзером. 3 сентября Журден начал вторжение в Германию, но его успехи были сведены на нет поражением, которое 29 октября нанес у Майнца Клерфэ армии Пишегрю. Последний решил не искушать судьбу и перешел на сторону австрийцев, заодно выдав им планы действий армии Журдана, которая тоже оказалась разбита. 21 декабря было заключено перемирие.
В 1796 году Карно планировал захватить главные силы австрийцев с помощью Самбро-Маасской и Рейнско-Мозельской армии, которые должны были встретиться под Веной с французскими войсками, наступавшими из Северной Италии. На Рейне армиям Журдана и сменившего Пишегрю генерала Жана Виктора Моро противостояла армия фельдмаршала эрцгерцога Карла. Путем удачного маневрирования ему удалось нейтрализовать численное превосходство противника. К тому же действия Моро и Журдана координировались военным министерством, находившимся далеко в Париже.
Армия Моро насчитывала 78 тысяч солдат и офицеров, а армия Журдана – 72 тысячи. 16 июня Журдан переправился через Рейн у Дюссельдорфа, а в июле вернулся обратно. Его задачей была только демонстрация, чтобы оттянуть войска эрцгерцога Карла и облегчить Моро переход через Рейн у Страссбурга. Карл, оставив против Журдана 36-тысячный корпус генерала Вильгельма Людвига Вартенслебена, бросился с основными силами против Моро. Журдан вновь перешел Рейн и оттеснил Вартенслебена вглубь германской территории. После нескольких столкновений, не давших перевеса ни одной из сторон, 12 августа 1796 года армия Карла была оттеснена за Дунай между Ульмом и Донаувёртом.
24 августа произошла двойная битва у Амберга и Фридберга. Получивший подкрепления Карл переправился на правый берег Дуная. 30 тысяч человек во главе с генералом Латуром против Моро, а сам с 27 тысячами постарался зайти в тыл Журдану, который в это время теснил корпус Вартенслебена. У Журдана было 34 тысячи солдат, а у Вартенслебена – только 19 тысяч. Удар Карла во фланг французов решил дело. Журдан отступил, потеряв 2 тысячи человек. Австрийские потери не превышали 500 человек.
В тот же день Моро у Фридберга атаковал и разбил Латура. Карл, однако, продолжал теснить Журдана, не обращая внимания на Моро, и 3 сентября разбил Самбро-Маасскую армию при Вюрцбурге. Французов в этом сражении участвовало 30 тысяч, а австрийцев – 44 тысячи. Австрийская кавалерия обошла войско Журдана с обоих флангов. Французы отступили, потеряв около 3 тысяч человек и несколько орудий. Австрийские потери были незначительны. После этого Карл вынудил Моро уйти за Рейн.