После сражения при Прейсиш-Эйлау наступила пауза. Французская армия за это время увеличилась до 200 тысяч человек, а русская – до 105 тысяч. 23 мая войска Беннигсена перешли в наступление и потрепали части корпусов Сульта и Нея. 10 июня 1807 года произошло сражение у города Гейльсберга, в котором обе стороны потеряли по 10 тысяч человек убитыми и ранеными, но не достигли решительного результата. Потом Наполеон предпринял обходный маневр по кенигсбергской дороге, чем вынудил Беннигсена также повернуть к Кенигсбергу.
13 июня русские войска, только что занявшие город Фридланд на восточном берегу реки Алле, готовились к переправе на ее западный берег, чтобы начать марш к столице Восточной Пруссии. В этот момент к расположению армии Беннигсена вышел 13-тысячный корпус Ланна, открывший по русским колоннам сильный артиллерийский огонь. Беннигсен ошибочно решил, что перед ним – главные силы Наполеона. На западный берег Алле была переправлена вся русская армия. Беннигсен начал атаку в 7 часов утра. К тому времени силы французов увеличились до 33 тысяч человек. Наполеон, получив донесение Ланна о местонахождении русских, стал перебрасывать к Фридланду всю свою армию. Невыгоды позиции Беннигсена заключались в том, что русские войска были сосредоточены в узкой лощине в излучине Алле и в случае неудачи должны были отступать только по одному мосту.
Русский арьергард был атакован французской кавалерией и пехотой, вышедшей из леса, но Александрийский гусарский полк и несколько русских батальонов быстро загнали неприятеля обратно в лес. К 9 часам силы сторон уравнялись, Ланн уже с трудом сдерживал русские атаки, когда в полдень к полю боя прибыл Наполеон. Он подкрепил корпуса Ланна и Мортье, оборонявшие деревню Герихсдорф и возвышенность Постенен. Император дожидался корпусов Нея и Виктора и гвардии, чтобы атаковать левый фланг русских и отрезать армию Беннигсена от моста через Алле.
В 5 часов вечера корпус Нея вышел из леса и под прикрытием 40-пушечной батареи атаковал корпус Багратиона, после тяжелого боя опрокинув его. Осознав, наконец, опасность окружения, Беннигсен отдал приказ отступать. Но фридландский мост и наведенные понтонные переправы оказались под огнем французской артиллерии.
К 8 часам вечера Ней захватил Фридланд. Русские войска, отступая, подожгли переправы. Тем временем начали отступление правофланговые части русских под командованием генерала А. И. Горчакова, но мосты уже были уничтожены. Им пришлось переходить реку по бродам под огнем неприятеля. В 9 часов вечера Ланн и Мортье сбросили части Горчакова в реку. Часть русских солдат погибла, часть была взята в плен.
Французы потеряли убитыми и ранеными 7 тысяч человек, русские – 15 тысяч убитых, раненых и пленных и почти всю артиллерию. Уцелевшие русские части были деморализованы и небоеспособны. Беннигсен настаивал на заключении перемирия.
22 июня Александр послал своего представителя с просьбой о прекращении боевых действий. 7 июля 1807 года в городе Тильзите вблизи русской границы был заключен мирный договор. Восточная Пруссия и отделенное от Пруссии герцогство Варшавское оставались под контролем французских войск. Россия вступала в союз с Францией и присоединялась к континентальной блокаде. Наполеон предоставил Александру свободу рук против Швеции, оставшейся союзником Англии.
В результате войны 1808–1809 годов русские войска нанесли шведам поражение. К России была присоединена Финляндия.
В мае 1808 года Наполеон заманил испанскую королевскую семью во французский город Байонна и арестовал ее. Император Франции провозгласил испанским королем своего брата Жозефа. Французские войска вторглись в Испанию. Наполеон рассчитывал на легкую военную прогулку, так как боеспособность испанской армии расценивал невысоко. Однако его маршалы не смогли ее уничтожить, хотя и нанесли испанцам ряд поражений. Испанские войска, пользуясь поддержкой местного населения, смогли восполнить потери и при помощи партизанских отрядов 23 июля вынудили к капитуляции окруженный у города Байлен в Андалузии 18-тысячный корпус французского генерала П. Дюпона. В августе в Португалии высадилась английская армия генерала Артура Уэлсли – будущего фельдмаршала герцога Веллингтона. Она изгнала из страны французский корпус генерала Ж. А. Жюно, который подписал в сентябре капитуляцию в Синтре. Французским солдатам было позволено вернуться на родину.
5 ноября 1808 года Наполеон вторгся в Испанию во главе 180-тысячной армии. В течение месяца он нанес тяжелые поражение испанским войскам, взял Мадрид и оттеснил Веллингтона в Португалию. 4 декабря французский император объявил программу реформ для Испании, отменявшую феодальные привилегии. Упразднялись внутренние таможни, ликвидировалась инквизиция. Но реформы, принесенные на штыках завоевателей, не встретили поддержки в Испании. После ухода из страны Наполеона с основной частью армии партизанская борьба («герилья») возобновилась.