Фактическим главнокомандующим русской армии являлся военный министр Барклай-де-Толли, однако Багратион, имевший старшинство в чине, считал, что не обязан безоговорочно выполнять все распоряжения Барклая.
25 июня, узнав накануне о том, что 22-го числа Франция объявила России войну, император Александр I издал манифест, где заявил: «Я не положу оружия, доколе ни единого неприятельского воина не останется в царстве моем!» Еще с начала мая Александр находился при армии, которая готовилась к обороне. Недавно заключенные Францией союзы с Австрией и Пруссией не оставляли сомнения, в каком направлении в самое ближайшее время двинется Наполеон. В день издания манифеста о войне Александр направил к Наполеону министра полиции генерала А. Д. Балашова с письмом, где предлагал мировую: «Если вы согласны вывести свои войска с русской территории, я буду считать, что все происшедшее не имело места, и достижение договоренности между нами будет еще возможно». Это был всего лишь красивый жест, призванный продемонстрировать миролюбие России. Александр прекрасно понимал, что не для того Наполеон сосредоточил у российских границ самую большую доселе армию, чтобы так просто уйти восвояси, сведя дело к военным маневрам.
Наполеон предложил договориться в уже оккупированном Великой армией Вильно, пообещав сразу по подписании мира уйти за Неман. Естественно, царь отверг это унизительное предложение.
План боевых действий, разработанный Барклаем и утвержденный императором, предусматривал «продлить войну по возможности» и «при отступлении нашем всегда оставлять за собою опустошенный край». Наученные горьким опытом Аустерлица и Фридланда Барклай, а вслед за ним Александр поняли, что единственный способ справиться с «узурпатором» – это не вступать с ним в генеральные сражения, где военный гений Наполеона проявляется в полной мере и где равняться с ним невозможно. Надо просто отступать вглубь страны, благо обширная территория позволяла это сделать. Тем самым французская армия вынуждена будет растянуть свои коммуникации и тратить массу войск на их охрану. Эти коммуникации и отряды фуражиров, отряжаемые для добычи фуража и продовольствия в окрестные селения, были уязвимы для действий небольших русских конных отрядов и партизан из числа местных жителей, страдавших от французских реквизиций.
Уже 10 июля французы без боя заняли Вильно. Наполеон стремился не допустить соединения 1-й и 2-й русской армии и пытался нанести поражение слабейшей армии Багратиона. Во фланг ему должен был ударить корпус Даву. Армия Барклая-де-Толли 11 июля достигла Дрисского лагеря, где получила 10-тысячное пополнение. Багратиону военный министр приказал отступать через Минск.
В ночь на 19 июля царь покинул 1-ю армию и отбыл в Москву, а затем в Петербург. Войска Багратиона с тяжелыми арьергардными боями 26 июля переправились через Днепр. Минск оказался занят корпусом Даву, а с юга наперерез 2-й русской армии шел вестфальский король Жером Бонапарт со своим корпусом, который должен был замкнуть кольцо окружения у Несвижа. Однако он на три дня задержался в Гродно, и Багратион успел уйти из приготовленного ему капкана.
1-я армия в это время отступала к Витебску, отражая атаки конницы Мюрата. 27 июля к этому городу подошел Наполеон. Однако Барклаю-де-Толли удалось оторваться от противника и 3 августа соединиться в Смоленске с Багратионом.
Корпус Макдональда двинулся к Риге против корпуса Эссена. Против армии Тормасова на Волыни Наполеон отрядил саксонский корпус Ренье и австрийский корпус Карла Фридриха Шварценберга. Против 1-го корпуса генерала Петра Витгенштейна, защищавшего подступы к Петербургу, пришлось выделить корпус Удино, а затем подкрепить его еще и корпусом Сен-Сира, так как Удино 31 июля потерпел поражение в бою у Клястиц, потеряв до тысячи пленных.
Наполеон попытался дать генеральное сражение русской армии у Смоленска. 16 августа французские войска пошли на штурм города и в ходе трехдневных боев овладели им. Однако Барклай доверил оборонять Смоленск лишь арьергардным корпусам Дохтурова и Раевского, которые затем смогли оторваться от противника и присоединиться к главным силам, отходившим к Москве. Первоначально у Наполеона явилась мысль зимовать в Смоленске, но от нее очень быстро пришлось отказаться. Имевшихся здесь запасов продовольствия не могло хватить на более чем 200-тысячную армию, а организовать его подвоз из Европы в требуемом объеме и в нужные сроки не представлялось возможным.
Еще во время отступления по инициативе Барклая-де-Толли начали создаваться партизанские отряды из казаков и регулярной кавалерии, к которым присоединялись сотни и тысячи крестьян, жестоко страдавших от французских реквизиций. Сам участник Русско-шведской войны 1808–1809 годов, Барклай учел шведский опыт. В Финляндии русская армия жестоко страдала от действий мелких шведских регулярных отрядов, к которым присоединялись шведские и финские крестьяне. В России партизанская война приобрела гораздо больший масштаб, и пути сообщения Великой армии с Западной Европой оказались под угрозой.