3 мая 1592 года, через 20 дней после высадки, первая дивизия под командованием Кониси Юкинага достигла Сеула. Она овладела городом без сопротивления.
От Сеула японская армия двинулась в северные корейские провинции, предварительно основательно пограбив корейскую столицу. Хидэёси полагал, что Корея уже фактически покорена, что с оккупацией Китая проблем будет ничуть не больше, и думал о грядущем завоевании Индии.
Однако корейская армия и флот не были разбиты. Главнокомандующий японскими войсками в Корее Укита Хидэиэ надеялся вскоре начать поход в Китай. Но корейская армия, сконцентрировавшаяся вблизи Пхеньяна, где размещался ван со своим правительством, готовилась к контрнаступлению. На юге же корейские отряды удерживали провинции Чолла и Кенсан, которые японцам так и не удалось захватить.
Первое крупное сражение произошло в середине июня на реке Имджинган, которую японские войска так и не смогли форсировать. Тогда они демонстративно отступили от реки. Корейцы переправились для преследования на левый пологий берег, но попали в засаду, потерпели поражение и вынуждены были отойти к Пхеньяну. Через несколько дней город пал, и резиденцией корейского правительства вместо Пхеньяна стал Ыйджу. На восточном побережье японским войскам в конце июня удалось захватить город Ёнхын. Путь в Китай казался свободен. Но все еще сильный корейский флот во главе с адмиралом Ли Сунсином угрожал японским морским коммуникациям. Не уничтожив неприятельские суда, слишком рискованно было предпринимать вторжение в Китай. Корейский флот обладал более мощными кораблями и более подготовленными экипажами, чем японский. Еще в начале мая 1592 года, вскоре после падения Сеула, флотилия под командованием Ли Сун Сина внезапно атаковала базу японского флота на острове Коджедо и нанесла врагу серьезные потери, потопив несколько крупных судов и более десятка мелких. В последующие два месяца корейцы потопили почти все японские суда, действовавшие в Корейском проливе, и грозили блокировать армию Укиты Хидэиэ. Затем последовал налет на Пусан, где были сосредоточены уцелевшие японские корабли. Все они в количестве около 100 были потоплены.
Японское командование, не надеясь на успех в морском бою, высадило команды кораблей на берег и открыло огонь по корейским судам из береговых орудий, которые, однако, почти не причинили неприятелю вреда. Отсутствие регулярного снабжения сказывалось на боеспособности японских сухопутных войск. Осенью они не смогли овладеть городом Чинджу в провинции Чолла и с потерями отступили от его стен. В это же время в Корею, находившуюся в вассальной зависимости от правившей в Китае династии Мин, прибыл первый контингент китайских войск. Один из китайских отрядов попал в устроенную японцами засаду и был почти целиком уничтожен. Но вскоре на Корейском полуострове появилась многочисленная армия во главе с полководцем Ли Жусунем. К концу 1592 года она совместно с корейскими войсками освободила Пхеньян. Армия Кониси Юкинага отступила к Сеулу.
Японцы все больше испытывали нехватку продовольствия, среди них распространились эпидемии. Дисциплина в японских войсках упала. Между Японией и Китаем начались мирные переговоры. Хидэёси требовал признать за ним титул вана (правителя) и передать ему в управление четыре провинции на юге Кореи, а также признать вассальную зависимость Китая от Японии. Тем временем японская армия оставила Сеул и сосредоточилась у Пусана. Получив небольшие подкрепления из Японии, Юкинага решил, пока продолжались переговоры с китайцами, снова попытаться занять Чинджу. В июне 1593 года штурм города увенчался успехом, и практически все его защитники были перебиты. С этого времени в Корее установилось фактическое перемирие и продолжались, хотя и довольно вяло, мирные переговоры. Японские делегации побывали при минском дворе, но приезд китайских послов в Японию все откладывался.
Только в начале 1597 года китайская делегация прибыла в Нагоя. Она объявила, что привезла письмо и грамоту императора, который готов признать Хидэёси ваном Японии, но и только. Возмущенный Хидэёси с позором прогнал послов. Переговоры с китайцами были прерваны.
Хидэёси решил возобновить войну в Корее. Он назначил командующим новой 140-тысячной армии, переправленной через пролив на помощь Кониси Юкинага, своего приемного сына Хидэаки. Прежний главнокомандующий Укита Хидэиэ, не справившийся с поставленной задачей, был отозван.
Японцы постарались усилить свой флот. По примеру корейцев, они стали строить корабли-черепахи (корейские «кисэн»), бронированные железными листами и вооруженными мощной артиллерией (по-японски они назывались «кобуксонами»). Но в части выучки моряков и искусству командования японский флот по-прежнему уступал корейскому и китайскому.