Дед Йозефа был сельским хирургом в местечке около венского Нейш-тадта и умер в сравнительно молодом возрасте. Отцу Йозефа пришлось самому добиваться образования. В тринадцать лет он прошел пешком пятьдесят миль до Прессбурга, чтобы поступить в духовную семинарию, а в семнадцать прошагал почти двести миль до Праги, чтобы завершить курс обучения. Он стал выдающимся педагогом: в Праге, Будапеште и Вене он обучал еврейскому языку, истории и культуре. 15 января 1842 года в Вене у него родился сын Йозеф. Важно сказать, что отец воспитал Йозефа на учении Талмуда, и он не мог переступить принятых нравственных норм. Этому обстоятельству суждено будет сыграть свою особую роль, о чем разговор впереди. Семья Йозефа Брёйера проживала в центре города, на Брандштете, 8, в двух кварталах от площади Святого Стефана и фешенебельных лавок Кертнерштрассе и Ротентурмштрассе. Из окон дома Брёйеры могли любоваться благородными шпилями собора Святого Стефана, двумя романтическими башнями перед фронтоном и крутой мозаичной крышей, гигантским колоколом Пуммерин, гудевшим, когда жителей города призывали тушить пожар или звали на молебен. Заложенный в 1144 году за пределами первоначальной средневековой городской стены, собор, как и столица, которой он служил, воплотил в себе семь веков архитектуры. Его внутреннее устройство было величественным, внешнее — намного более прагматичным. Здесь на открытом воздухе высилась кафедра, с которой священники призывали венцев отогнать от осажденной Вены турок. Здесь было распятие Христа с таким выражением боли на лице, что верующие независимо от своей конфессии, проходя мимо, крестились и называли его «Христом с больными зубами».
Квартира Брёйера была не такой фешенебельной, как район, в котором он жил. Он убрал стену, разделявшую две комнаты в мансарде. Под окнами, выходившими в сад позади дома, стоял рабочий стол, а на стенах висели клетки с голубями, кроликами и белыми мышами, над которыми он проводил эксперименты. Вдоль стен стояли аквариумы с рыбами, электрические батареи, машины для электротерапии, банки с химикалиями, ящики с диапозитивами, микроскопы, а стол был завален рукописями. Все говорило о том, что хозяин квартиры занимается научными исследованиями. Йозеф Брёйер был учеником профессора Иоганна Оппольцера (1808–1871), специалиста по болезням внутренних органов. Профессор Оппольцер взял Йозефа в свою клинику, когда ему было 21 год, и через пять лет назначил ассистентом, готовя его в качестве своего преемника. Но в 1871 году барон Оппольцер умер, и Бюро медицинского факультета занялось поисками более зрелого и известного человека, чем Брёйер, которому было только 29 лет. Брёйеру ничего не оставалось, как заняться частной практикой, одновременно продолжая в лаборатории профессора Брюкке исследования «полузамкнутых каналов среднего уха, которые, по его мнению, контролировали движения головы».
Йозеф Брёйер, известный в Вене как «Брёйер — золотая рука», был одним из самых уважаемых домашних врачей в Вене. Он являлся личным врачом большей части персонала медицинского факультета университета и давал консультации членам императорского двора. Он состоял семейным врачом знаменитых врачей, достойно олицетворявших «новую Венскую школу», составивших эпоху в медицине, — Эрнста Брюкке, Зигмунта Экснера, Теодора Бильрота, Рудольфа Хробака и других высокопоставленных людей, и это создало ему репутацию самого популярного врача в Австро-Венгерской империи. Его вызывали по срочным делам в разные столицы Европы.
Доктор Йозеф Брёйер славился своим диагностическим искусством и часто добивался успеха там, где другие терпели неудачу. В клинической школе утверждали, будто он «предсказывает» причины скрытых заболеваний. Горожане понимали это буквально и считали, что знания Брёйеру даны Богом. Венцев поражало, почему их католический Бог открывает причины их недомоганий еврею, но они не позволяли своей религии мешать лечиться у доктора Брёйера. Важно сказать, что Брёйер, чье имя часто связывают с ранним периодом жизни Фрейда, был не просто известным венским врачом (как о нем часто и справедливо пишут), но также и знаменитым ученым. Фрейд описал его как «человека богатых и
универсальных дарований, чьи интересы простирались далеко за пределы его профессиональной деятельности». Являясь учеником австрийского физиолога и психолога Эваль-да Геринга (1834–1918), который описал рефлекторные изменения дыхания при раздражении блуждающего нерва, автора одной из теорий цветового зрения, Брёйер провел большую работу, посвященную изучению физиологии дыхания, описав рефлекс регуляции дыхания с участием блуждающего нерва. Последующее обнаружение Брёйером полукружных каналов и установление их роли стало прочным вкладом в научное здание. Он также известен своими работами о физиологии чувства равновесия. Брёйер сделал важные открытия, касающиеся внутреннего уха как органа, чувствительного к гравитации.