В женский день 8 марта 1875 года в деревне Новоселки Пронского уезда Рязанской губернии в семье земского врача Бориса Михайловича Ганнушкина родился последний ребенок — Петр. Жена Ольга Михайловна, урожденная Можарова, была родом из обедневших мелкопоместных дворян. Как и положено в дворянских семьях, она получила хорошее домашнее воспитание и образование, владела французским и немецким языками, увлекалась философией, любила музыку, поэзию и живопись, была общительна, отзывчива. Дети по традиции получили начальное образование у матери. Пришло время учиться в гимназии, и дружная семья перебирается в Рязань, чтобы дети были под присмотром родных. Отец устраивается врачом в 1-ю мужскую гимназию. Петру было 9 лет, когда он поступил в 7-ю Рязанскую мужскую гимназию. Учился отлично, особые способности проявил к языкам. Уже с 13 лет стал интересоваться характерами людей. Окончив в 1893 году гимназию с золотой медалью, он в том же году поступил на медицинский факультет Московского университета. Братья также начали учиться в Московском университете, и снова переезд, родители последовали за детьми. Отец определился на должность помощника главного врача Московского воспитательного дома. Судьба одного из братьев — Николая — была трагической. Он простудился и умер во время студенческих волнений; Михаил стал адвокатом; Иван — врачом-терапевтом, сестра Мария — учительницей.
На медфаке Петр Ганнушкин слушал содержательные лекции по пропедевтике внутренних болезней М.П. Черинова, который делал обширные экскурсы в неврологию и психиатрию. В 1862–1865 годах Черинов изучал нервные и психические заболевания в клиниках В. Гризингера, Н.Фридрейха и Л. Тюрка, а в 1866–1867 годах читал курс лекций по этим заболеваниям вместо профессора П.И. Матчерского. После 3-го курса Петр окончательно избрал своей будущей специальностью психиатрию. Во многом этому способствовало то, что он слушал лекции профессоров А.Я. Кожевникова и его ученика С.С. Корсакова, блестящих знатоков нервно-психических болезней. На 4-м курсе Петр Ганнушкин непосредственно занимался на кафедре нервных болезней, руководимой патриархом отечественной невропатологии Кожевниковым, а на 5-м курсе изучал психиатрию у легендарного Корсакова.
Окончив в 1898 году медфак, Ганнушкин был оставлен работать при психиатрической клинике Московского университета. Руководить усовершенствованием по психиатрии врача-экстерна Ганнушкина Корсаков поручил своему ассистенту С.А. Суханову, который возглавлял пато-гистологическую лабораторию, курировал стационарных больных и вел амбулаторный прием. В 1899 году Ганнушкин блестяще защитил докторскую диссертацию «Материалы к вопросу о четкообразном состоянии протоплазматических отростков нервных клеток мозговой коры». В том же году Суханов был утвержден в звании приват-доцента. Он охотно помогал молодым врачам. С Ганнушкиным у него сложились дружеские отношения. С.А. Суханов отличался незаурядной наблюдательностью и способностью видеть главное. Он опубликовал 225 научных работ и свыше 1000 рецензий, а также был одним из основателей четырех психиатрических журналов: «Журнала невропатологии и психиатрии имени С.С. Корсакова» (1901), «Современной психиатрии» (1907), «Вопросы психиатрии и неврологии» (1912) и «Психиатрической газеты» (1914). Его научные интересы охватывали почти все стороны психиатрии. Важное место среди них занимают вопросы пограничной психиатрии, особенно психопатий и психогений. Обладая склонностью к синтезу, он подметил научную и социальную актуальность этой проблемы и подсказал ее Ганнушкину. Особенно возросло влияние Суханова на Ганнушкина после смерти Корсакова в 1900 году. На амбулаторных приемах Суханов часто вызывал Ганнушкина на состязание, чтобы поставить диагноз лишь по описанию статуса больного. После собирания анамнеза они сверяли свои предварительные диагнозы.