В 1769 году Франк получил место окружного врача в Раштадте. Оглядевшись в новых условиях работы, Франк обратился к Баденскому правительству с предложением устроить школы для подготовки акушерок, т. к. из-за невежества повивальных бабок много рожениц и новорожденных гибнет. Прошло два года, и его голос услышали. Франк получает возможность организовать школу для акушерок и вести их обучение. Вскоре он учреждает еще школу хирургии для фельдшеров, которые до того обучались у опытных фельдшеров. В 1779 году вышел в Мангейме первый том его «медицинской полиции», в котором кроме всего прочего он, обсуждая вопрос о плодовитости населения, высказывается против обета безбрачия, налагаемого католической церковью на священников. В 1780 году вышел второй, а в 1783 году — третий том его полиции. Такое вольнодумие вызвало ожесточенную травлю Франка, и в 1784 году он принимает предложение Геттингенского университета преподавать общую и специальную терапию, физиологию, патологию, медицинскую полицию и судебную медицину. Так как при университете клиники еще не было, то преподавание студентам медицины велось Франком через посещение бедных больных на их квартирах. Отчасти переутомившись значительным количеством работы, отчасти не привыкнув к суровому климату Германии, Франк уже на исходе первого года пребывания в университете переезжает в Павию (Северная Италия, Ломбардия) на место умершего Тиссо, куда его давно уже звали.
Вступительная лекция Франка в Павианском университете была прочитана на тему «Положение врача в государстве и его обязанности перед законом», Не прошло и года, как его назначили директором госпиталя в Павии и заведующим всей медицинской службой Ломбардии, в то время находившейся в австрийском подчинении. В 1788 году вышел четвертый том медицинской полиции. За время пребывания в Ломбардии Франк значительно реформировал преподавание медицины на факультетах. Он ввел пятый добавочный год обучения к четырем существующим ранее, способствовал улучшению преподавания патологической анатомии и пытался объединить преподавание хирургии и медицины на одном факультете, что ему окончательно не удалось. В 1792 году он опубликовал свой труд «De curandis hominum morbis epitome» («Лечение человеческих болезней»), который отличался ясной и сжатой формой изложения и служил хорошим руководством для врача-практика. Большой известностью пользовался также его учебник судебной медицины. Долгое время он был образцовым руководством по этому вопросу.
В 1795 году Франк принял предложение переехать в Вену профессором клинической медицины и директором общей Венской городской больницы и клиники внутренних болезней. Городская больница, где будущий автор психоаналитического метода лечения неврозов Зигмунд Фрейд проведет три-четыре года, создавалась долго. В 1693 году на занимаемой ею территории был выстроен приют для бедных. Сто девяносто лет назад ее первое подворье именовалось большой усадьбой, к 1726 году было завершено строительство второго и примыкающего корпусов — семейного и вдовьего. В следующей половине века выросло полдюжины других зданий: подворье студентов и т. д. Затем идеалист и провидец император Йосиф II, путешествуя инкогнито по Европе, в 1783 году подписал указ о превращении Большого армейского дома в Главный госпиталь по образцу парижского Сальпетриера. Последний был построен для бедных на развалинах селитряного склада в середине XVI века по инициативе Мазарини. В то время, когда Франк возглавил Венскую больницу, в ней находилось до 700 коек. Ему пришлось произвести значительные реформы, начиная с технических, например, упразднить конюшни, помещавшиеся на первом этаже, выделить из больничных помещений специальные палаты для клинического преподавания, кончая улучшением питания больных и т. п. Проведенные Франком реформы госпитального дела породили много недоброжелателей.