Одним из главных противников реформаций Пинеля был параплегик Кутон, председатель Парижской Коммуны, главный поставщик жертв на эшафот. Кутон — близкий друг Робеспьера, казненный вместе с ним, жестоко подавивший восстание в Лионе, предложивший Конвенту прериальный закон, чрезвычайно упростивший судебную процедуру: давший возможность революционному трибуналу осуждать на смерть по 40–50 человек в день. Тот самый Кутон, который казнил не только людей, но и здания. Злодея носили по городу на руках или носилках жандармы, и он бил молоточком по стенам домов, и эти дома должны были разрушить, а то он ездил на трехколесном деревянном велосипеде, выискивая жертвы. Кутон страдал сильными головными болями, тошнотой, тем не менее это не помешало ему быть одним из наиболее активных членов Конвента. Принцип замещения или компенсации: если парализованы ноги, надо укреплять волю — можно проследить на Кутоне. Паралитик Кутон обладал железной волей, он сделал то, что не смогли сделать министр Неккер, академик Байи и др. Когда Кутона внесли в отделение Бисетра, где находились прикованные к стенам буйные больные и его взору открылось страшное зрелище, он сказал Пинелю: «Гражданин, делай, что знаешь, но ты сам, должно быть, сошел с ума, если хочешь спустить с цепей этих безумных».
В тот же день Пинель приказал расковать 12 больных. Первый из них был прикован 40 лет, он считался особенно опасным, т. к. убил кандалами служителя. Получив свободу, он весь день бегал по «палате», и с того момента приступы буйства у него прекратились. Вторым был освобожден прикованный цепями на протяжении 36 лет, ноги его были сведены. Он умер, не заметив своего освобождения от пут. Третий был скован в течение 12 лет. Он скоро поправился и выписался. Но бедолаге не повезло: он вмешался в политику и был казнен. Четвертый, Шевенже, был прикован 10 лет. Человек этот обладал необыкновенной физической силой, был грозой отделения. После освобождения и общения с Пинелем он вскоре переменился и спустя некоторое время стал помогать Пинелю в больнице. Известно, что он несколько раз спас жизнь Пинелю. Однажды на улице толпа набросилась на Пинеля с криком: «На фонарь!» Доктор был спасен Шевенже, который его сопровождал.
Кроме снятия цепей, Пинель добился введения в практику содержания душевнобольных больничного режима, врачебных обходов, лечебных процедур и много другого, в чем нуждались больные. В 1798 году были сняты цепи с последних больных Бисетра, так был положен конец ужасной несправедливости, противоречащей элементарным принципам человеческой гуманности.
В Конвенте не разделяли революционных действий Пинеля. Он был на дурном счету у революционных властей; думали, что Пинель держит под видом душевнобольных врагов народа. Доктор Пинель систематически отказывался выдавать революционному трибуналу тех, кто по случаю душевного заболевания находился у него в больнице, хотя в глазах тогдашней власти они были политически неблагонадежными. На обвинения в сокрытии преступников Пинель отвечал, что эти подозрительные на самом деле душевнобольные люди. Хорошо известно, что противодействие властям в то время требовало немалого гражданского мужества, любого могли отправить на эшафот без суда и следствия. Кутон как-то сказал Пинелю: «Гражданин, я буду завтра у тебя в Бисетре, и если ты скрываешь у себя врагов революции, то горе тебе». На следующий день его принесли в больницу, и он пытался выявить «преступников». Ничего не добившись, он ретировался на руках жандармов.
По инициативе Кутона Пинеля сместили с должности. Спустя два года, 13 мая 1795 года, его назначили старшим врачом в госпиталь Сальпетриер, где он провел реформы, аналогичные реформам Бисетра. Примечательно, что надзиратель Пюссен, бывший помощник Пинеля в Бисетре, перешел с ним в Сальпетриер, где впоследствии ему и Пинелю поставили памятники. В 1794 году Пинель издал свою «Философскую нозографию», которая была отмечена Парижской Академией наук как одно из произведений, делающих честь французской науке. Монография Пинеля была переведена на несколько иностранных языков и в течение 25 лет служила настольной книгой для студентов. Ее значение признавал Биша. В Сальпетриере Пинель продолжил свои клинические наблюдения, которые были использованы в его «Трактате о мании» (1801). В том же году он был избран профессором и с 1795 по 1822 год заведовал кафедрой внутренних болезней и психиатрии в Парижской Медицинской школе (Ecole de Sante). Его лекции были популярны у студентов. К этому времени относится названный его именем симптом, наблюдаемый при активном туберкулезе легких: резкая боль в грудной клетке и верхней половине живота при незначительном надавливании пальцами на шею в области прохождения блуждающего нерва.