Следствие фактически не выдвинуло никаких убедительных версий преступления. В прессе же циркулировало несколько версий. Журналисты газеты «Мир новостей» предположили, что убийство связано с бизнесом по огранке алмазов. На улице Электродная, 2 фирмой «Арт Гемма» был открыт гранильный цех. Сырьё Макаров получал из Роскомдрагмета. Основным партнёром «Арт Геммы» по переработке алмазов и вывозу бриллиантов за рубеж стала бельгийская фирма «Diamond Trust Cr.», принадлежащая гражданину Бельгии Шарлю Голдбергу. Кроме того, по некоторым сведениям, Макаров занимался и водочным бизнесом, получая спирт из Украины и разливая его в Грузии. Человеком он был весьма состоятельным и спокойно мог дать в долг немалые по тем временам суммы в 30 тысяч долларов и больше. Причиной убийства могли стать разногласия с партнерами по алмазному или водочному бизнесу (оба они – сильно криминализированы) либо нежелание кого-то из должников отдавать долг, значительно превышающий 30 тысяч долларов. Не исключено также, что это было банальное убийство с целью ограбления. Скорее всего, убийцы искали в квартире деньги и ценности и потому пытали свою жертву. Из квартиры исчезла довольно дорогая коллекция оружия. А заколот Макаров был одним из коллекционных экземпляров – большим (длиной в 33 сантиметра) испанским клинком. Каталога коллекции, судя по всему, не было, так что похитители могли без большого труда и огласки реализовать многие её экспонаты. Если коллекция действительно была похищена, это как будто говорит в пользу версии об убийстве с целью ограбления. Впрочем, если убийство было заказным, киллеры могли просто прихватить коллекцию в счет гонорара.
Еще одна версия гласит, что Макаров был владельцем редчайшей почтовой марки стоимостью более сотни тысяч долларов и преступники охотились именно за ней. Но эта версия кажется слишком уж экзотической, тем более что неизвестно, о какой именно марке может идти речь.
В дальнейшем старший следователь Никулинской межрайонной прокуратуры М. Ревазишвили, который вел дело по убийству Макарова, был арестован по подозрению в получении взятки в размере 10 тысяч долларов США за содействие в невозбуждении уголовного дела в отношении одной из коммерческих структур. Нельзя исключить, что он мог получить аналогичное предложение и по макаровскому делу. Однако нам представляется, что наиболее вероятная версия – это все-таки убийство с целью ограбления. Причем в нем участвовал кто-то из тех, кого Макаров хорошо знал и кому доверял. Поэтому Артура Сергеевича нельзя было оставлять в живых как опасного свидетеля. Если бы речь шла о бизнес-разборках, да еще в таких серьезных сферах, как огранка алмазов и торговля водкой, оппоненты Макарова скорее бы использовали профессионального киллера, который бы постарался застрелить Макарова на одном из маршрутов его следования. Тем более что Артур Сергеевич ходил без охраны. Устраивать же операцию с групповым ограблением и убийством было гораздо более рискованно – пришлось привлекать несколько человек, в том числе одного – знакомого Макарова, притом что на шум могли обратить внимание соседи, а свидетели могли заметить людей, входящих и выходящих из подъезда.
Тупак Шакур