В феврале 1940 года в Кракове фракция Бандеры, в которую входила в основном молодежь, составлявшая численное большинство ОУН, провела конференцию, на которой отвергла решения римской конференции и выбрала своим лидером Степана Бандеру. Таким образом, оформился раскол ОУН на бандеровцев – ОУН-Б или ОУН-Р (революционная) и на мельниковцев – ОУН-М. В дальнейшем антагонизм между фракциями достигал такого накала, что они нередко сражались друг против друга с тем же ожесточением, с каким они сражались против врагов независимой Украины.
Отношение немецкого руководства к ОУН было противоречивым: служба Канариса считала необходимым сотрудничество с украинскими националистами, тогда как нацистское партийное руководство во главе с Борманом не считали ОУН серьезным политическим фактором и отвергали любое сотрудничество с нею. Пользуясь этими противоречиями, ОУН удалось сформировать украинское военное подразделение «Легион украинских националистов» численностью около 600 человек, состоявший из двух батальонов – «Нахтигаль» и «Роланд», укомплектованных украинцами преимущественно пробандеровской ориентации. Немцы планировали их использовать в подрывных целях, а Бандера надеялся, что они станут ядром будущей украинской армии.
В то же время на территории Западной Украины, отошедшей Советскому Союзу по пакту Риббентропа—Молотова, развернулись массовые репрессии. Были арестованы руководители и активисты политических партий и общественных организаций, многие из них казнены. Были проведены четыре массовых депортаций украинского населения с занятых территорий. Открывались новые тюрьмы, в которых содержались десятки тысяч арестованных.
Отца Андрея Бандеру с двумя дочерьми Мартой и Оксаной арестовали в три часа ночи 23 мая 1941 года. В протоколах допроса на вопрос следователя о политических взглядах отец Андрей ответил: «За своими убеждениями я украинский националист, но не шовинист. Единственно правильным государственным устройством для украинцев считаю единую соборную и независимую Украину». Вечером 8 июля в Киеве на закрытом заседании военного трибунала Киевского военного округа А. Бандере был вынесен смертный приговор. В приговоре говорилось, что он может быть обжалован в течение пяти дней с момента вручения на руки копии приговора. Но расстреляли Андрея Бандеру уже 10 июля.
Марту и Оксану без суда отправили по этапу в Красноярский край на вечное поселение, где их перегоняли с места на место каждые 2—3 месяца вплоть до 1953 года. Горькая чаша не миновала и третьей сестры – Владимиры. Ее, мать пятерых детей, арестовали вместе с ее мужем Теодором Давидюком в 1946 году. Осуждена она была к десяти годам каторжных работ. Работала в лагерях Красноярского края, Казахстана, в том числе и в Спасском лагере смерти. Выжила, отбыв полный срок, добавили поселение в Караганде, потом разрешили вернуться к детям на Украину.
Поспешное отступление Красной Армии после начала войны имело для десятков тысяч арестованных трагические последствия. Не имея возможности вывезти всех на восток, НКВД приняло решение об экстренной ликвидации заключенных вне зависимости от приговоров. Зачастую подвалы, забитые заключенными, просто забрасывались гранатами. В Галичине было уничтожено 10 тыс. человек, в Волыни – 5 тысяч. Родственники заключенных, разыскивавшие своих близких, стали свидетелями этой поспешной, бессмысленной и бесчеловечной расправы.
Пользуясь поддержкой батальона «Нахтигаль», 30 июня 1941 года во Львове на многотысячном митинге в присутствии нескольких немецких генералов бандеровцы провозгласили «Акт возрождения Украинского государства». Было также образовано украинское правительство в составе 15-ти министров во главе с Ярославом Стецько, ближайшим соратником С. Бандеры. Кроме того, вслед за фронтом, быстро двигавшимся на восток, были отправлены отряды ОУНовцев по 7—12 человек, всего около 2000 человек, которые, перехватывая инициативу у немецких оккупационных властей, формировали украинские органы местного самоуправления.
Реакция немецких властей на акцию бандеровцев во Львове последовала быстро: 5 июля в Кракове был арестован С. Бандера, а 9-го – во Львове Я. Стецько. В Берлине, куда доставили их для суда, С. Бандере объяснили, что немцы в Украину пришли не как освободители, а как завоеватели, и потребовали публичной отмены Акта возрождения. Не добившись согласия, Бандеру бросили в тюрьму, а через полтора года – в концлагерь Заксенхаузен, где он содержался до 27 августа (по другим источникам – до декабря) 1944 года. Братьев Степана, Андрея и Василия в 1942 году в Освенциме забили насмерть.
Осенью 1941 года мельниковцы в Киеве также попытались сформировать украинское правительство. Но эта попытка тоже была жестоко пресечена. Было арестовано и в начале 1942 года расстреляно в Бабьем Яру свыше сорока ведущих деятелей ОУН-М, в том числе известная украинская поэтесса 35-летняя Елена Телига, возглавлявшая Союз писателей Украины.