Параллельно голландцы стали модернизировать и собственную тактику борьбы с повстанческим движением Ачеха. Прежде всего был сформирован жандармский корпус, на который легла основная нагрузка по борьбе с партизанами, совершавшими диверсионные вылазки на коммуникационные линии. Он делился на отделения во главе с лейтенантами. В свою очередь в каждое отделение входило 4 бригады по 18 жандармов. Рядовых и капралов набирали из числа наиболее боеспособных туземных солдат, офицеры были голландцами. Поскольку в борьбе с партизанами гораздо чаще встречались рукопашные схватки, голландское командование вооружило жандармов холодным оружием – традиционными индонезийскими крисами[4]
. Упор на комплектование жандармерии туземными солдатами и капралами, как правило яванцами или амбонцами, был сделан из соображений большей адаптированности их к климатическим условиям Северной Суматры, а также готовности к рукопашным поединкам и большей жестокости. К 1897 г. в жандармском корпусе числилось 500 человек.В результате контрпартизанских операций жандармского корпуса, отличавшегося особой жестокостью и производившего расправы не только над партизанами, но и над мирным населением, поддерживавшим саманистов, активность последних стала постепенно сокращаться. К 1898 г. голландцам удалось уничтожить государство саманистов в Великом Ачехе, после чего они уничтожили отряды Теуку Умара, к этому времени вновь выступившего против колонизаторов и базировавшегося в княжестве Пиди. Теуку Умар был убит.
В 1903 г. последний султан Ачеха Мохаммад Дауд официально сдался голландскому командованию. Отдельные партизанские отряды ачехцев продолжали сопротивление вплоть до начала Первой мировой войны. Лишь в 1910–1911 гг. голландцам удалось уничтожить отряды, действовавшие под руководством сыновей и внуков давно покойного Мохаммада Самана. Ачехцам голландская колонизация только в 1901–1907 гг. стоила 18 400 жизней, преимущественно – мирного населения.
Покорение Ачеха сопровождалось и определенной модернизацией системы колониального управления в Голландской Ост-Индии. Стремясь заручиться поддержкой традиционной аристократии, голландцы ввели в колонии систему косвенного управления, которая предполагала сохранение традиционных институтов управления при их полной подконтрольности голландской колониальной администрации. Фактически традиционная знать превратилась в низших чиновников голландской колониальной администрации, выполняя функции по поддержанию общественного порядка, решению споров между местными жителями, сбору налогов и т. д.
Местная знать также была поставлена на финансовое довольствие колониальной администрации. Тем не менее далеко не все аристократы действительно подчинились голландцам. Так, в 1907 году колониальные власти выяснили, что сдавшийся последний султан Ачеха Мохаммад Дауд участвовал в планировании партизанских атак на голландские укрепления, после чего султан был выслан на Яву, потом – на Амбон и лишь в 1918 г. смог поселиться в Батавии (ныне – Джакарта), где и умер в 1939 г.