Движение выступило за однозначную политическую независимость Ачеха, основывая свою идеологию на ачехском национализме. При этом, несмотря на религиозную подоплеку ачехского сепаратизма как стремления к построению суверенного исламского государства, живущего в соответствии с нормами шариата, руководители движения «Свободный Ачех» стремились не ассоциироваться с радикальными фундаменталистами. Что касается формы политического устройства предполагаемого «Свободного Ачеха», то относительно ее у сепаратистов были разногласия – часть видела будущее Ачеха как светского исламского государства, другие выступали за возрождение султаната Ачех во главе с Хассаном Тиро в качестве султана. Однако они сходились во мнении, что сложившаяся в Индонезии политическая ситуация является не чем иным как малоприкрытой формой этнократии яванского большинства, то есть тем же колониализмом, только в качестве метрополии теперь выступает Ява, а в качестве объекта колонизации – Ачех. Индонезия рассматривалась движением «Свободный Ачех» как реинкарнацию Голландской Ост-Индии, существующую в искусственных границах и препятствующую возвращению народам Малайского архипелага тех территориальных границ и государственных образований, которые существовали до голландской колонизации.
В 1979 г. усилия правительственных силовых структур по противодействию деятельности ГАМ привели к тому, что большинство лидеров движения бежало из страны, кто остался – был вынужден уйти в подполье. Многих арестовали или уничтожили в столкновениях с полицией и армией. Эмигрировал в Малайзию и лидер движения Хассан Тиро. Впоследствии он смог перебраться в Швецию и проживал в Стокгольме почти тридцать лет, вплоть до возвращения в Индонезию после начала процесса мирных соглашений индонезийского правительства с ачехскими повстанцами.
Последующее возрождение активности ачехских повстанцев последовало лишь в 1989 г. Территория, на которой действовали повстанцы, была объявлена зоной особых военных операций. Тем не менее в этот раз усилия силовых структур не принесли столь стремительных результатов, как на первом этапе противостояния индонезийского правительства и движения «Свободный Ачех». Объяснялось это в первую очередь качественно иным уровнем и новых боевиков ГАМ, и количеством вооружения и боеприпасов, находившихся в их распоряжении благодаря обновленным международным контактам организации.
При поддержке заинтересованных исламских структур, в том числе и таких государств, как Исламская Республика Иран и каддафистская Ливия, движению «Свободный Ачех» удалось создать партизанскую армию общей численностью до 5 тысяч вооруженных бойцов. В 1990‐х гг. ачехские сепаратисты совершали акции прямого действия против филиалов западных кампаний. Оружие, материально-технические средства доставлялись в Ачех через территорию Малайзии, откуда морским путем перевозились непосредственно на Суматру.
Наиболее серьезные столкновения вооруженных сил Индонезии с движением «Свободный Ачех» начались в 1989 г. В этот период в Ачех прибыло несколько сотен хорошо подготовленных бойцов, обучавшихся в тренировочных лагерях на территории Ливии и партизанских баз мусульманских сепаратистов – моро в Южных Филиппинах.
На протяжении девяти лет, с 1989 по 1998 г., в Ачехе проходила контртеррористическая операция индонезийской армии и полиции, жертвами которых стало не менее 2,5 тысячи мирных жителей.
Ситуация стала меняться в лучшую сторону лишь после ухода генерала Сухарто – многолетнего диктатора Индонезии. В первую очередь ачехские повстанцы потребовали у индонезийского правительства перехода к введению шариатского законодательства на территории провинции.