Под предводительством де Гозона родосские рыцари одержали победу над турецким флотом у берегов Смирны, и этот город оставался в их руках до 1402 года. В 1444 году египетский султан напал на Родос с флотилией из 180 кораблей, однако и его армия и флот были разгромлены. Но к середине XV века соотношение сил в восточном Средиземноморье изменилось, и не в пользу госпитальеров. В 1453 году пал Константинополь, и это стало для них сигналом смертельной опасности. В 1454 году султан Мехмет II – завоеватель византийской столицы – потребовал, чтобы родосцы платили дань – 2000 дукатов ежегодно. На это Великий магистр отвечал, что Родос приобретен кровью рыцарей, которые с радостью посвящают свои жизни защите христианства. Султан объявил войну Ордену и грозил разорить Родос: он послал 30 галер, которые опустошили берега многих островов, принадлежавших госпитальерам.
Но готовясь к постоянному нашествию турок, рыцари-иоанниты к концу 1460х годов возвели на Родосе много новых укреплений, выкопали рвы, а со стороны моря построили 100метровую стену высотой десять метров. В мае 1480 года 70тысячная турецкая армия, во главе которой стоял грек Мануил Палеолог, снова попыталась захватить Родос. С большим трудом турецкий десант высадился в заливе Трианда и атаковал форт Сант-Николас – центральный пункт обороны родосских рыцарей. Мощи турецкой армии Орден мог противопоставить только 600 рыцарей и около 2000 человек наемных войск. На стороне рыцарей сражалось и местное население, которому было роздано оружие.
В течение нескольких дней башня форта Сант-Николас подвергалась непрерывному обстрелу. В конце мая 1480 года, на шестой день осады, в стане рыцарей появился перебежчик – немецкий инженер по прозвищу «мастер Георг», главный артиллерийский эксперт турецкой армии. Великий магистр д’Обюссон, радушно приняв перебежчика, все же приставил к нему 6 рыцарей, которым приказал не спускать с него глаз. И вскоре оказалось, что предусмотрительность его пресекла коварные происки врага: «мастер Георг» был разоблачен как лазутчик, которого турки направили разведать уязвимые места обороны Родоса. Прочные крепостные укрепления острова для осадной техники тех лет оказались неприступными. В июле турки предприняли решительный штурм, но рыцари-монахи выстояли и на этот раз, после чего об Ордене иоаннитов стали говорить как о «непобедимом братстве». В середине августа турки ушли, превратив Родос в груду развалин.
Через год султан Мехмет II лично возглавил новый поход турецкой армии, однако на пути к Родосу он неожиданно скончался. Рыцари сочли, что их спасла воля Всевышнего. Когда весть о победах Ордена достигла королевских домов Европы, на Родос хлынул поток финансовой и военной помощи. Великий магистр немедленно развернул широкие работы по восстановлению разрушенных фортификаций острова, так как прекрасно понимал, что рано или поздно рыцарям снова предстоит сойтись с турками в решающей схватке.
Новая угроза нависла над островом весной 1517 года, когда турецкая армия захватила Каир и оккупировала весь Египет. Тогда рыцари пригласили из Италии знаменитого фортификатора Б. делла Скала, который обновил все укрепления, в результате были значительно утолщены крепостные стены, выкопана вторая линия рвов, надстроены башни. Из Сицилии на остров завезли большое количество продовольствия и оружия. Гарнизон крепости состоял тогда из 300 рыцарей и 7500 родосцев, итальянских моряков и критских лучников.
Весной 1522 года огромная армия турецкого султана Сулеймана I снова обрушилась на Родос, смущавший спокойствие Османской империи. Это была эскадра из 400 кораблей со 100тысячным войском, которой командовали визирь Мустафа-паша и адмирал Курдуглу; за ней подошла еще 100тысячная армия, возглавляемая самим Сулейманом I. В отличие от предыдущей осады турки не стали штурмовать Родос с моря, так как с этой стороны он был защищен наиболее сильно, и все боевые действия велись только на суше, так как турецкий султан рассчитывал на численное превосходство своей армии и артиллерии.
Турецкие орудия, кольцом расположившиеся вокруг Родоса, непрерывно обстреливали город; не раз турецкая армия штурмовала крепость, но все ее атаки были отбиты рыцарями. Только 4 сентября осаждавшим удалось ворваться в крепость, разрушив бастионы в том месте, где оборону держали англичане. На помощь к ним с небольшим отрядом поспешил сам Великий магистр Филипп Вилье де Лиль-Адан, и турки были оттеснены, а потом и выброшены из крепости. Через пять дней Мустафа-паша вновь атаковал этот участок, и вновь турки отступили, потеряв более 3500 воинов.