Император желает, чтобы рыцари защищали его суда в Средиземноморье от атак турок и промышлявших здесь алжирских пиратов и помешали бы туркам открыть военные базы в Триполи. Орден же должен в качестве символической платы за этот дар ежегодно поставлять Карлу V одного охотничьего сокола в знак вечной признательности за щедрость.
В конце сентября 1530 года члены орденского Капитула во главе с Великим магистром прибыли в город Биргу – главный город Мальты, откуда рыцари должны были защищать южное побережье Италии от постоянных набегов тунисских пиратов. Получив в ленное владение Мальтийский архипелаг, иоанниты, которых с этих пор стали называть мальтийскими рыцарями, поклялись продолжать неустанную борьбу против мусульман и морских разбойников. Первым подвигом, который совершили рыцари-монахи, стала их помощь императорскому флоту в овладении африканской крепостью Галета – важным форпостом Средиземноморья.
Осваивать новое место жительства рыцари начали с возведения в Биргу госпиталя и нескольких скромных обержей – общежитий для рыцарей. Однако строительные работы шли вяло и неорганизованно. В 1534 году в Мдине скончался Великий магистр Филипп Вилье де Лиль-Адан, и после его смерти в Ордене начались смуты и междоусобицы. Относительный порядок удалось навести лишь с приходом к власти Великого магистра Хуана де Хоменеса. Из Италии был приглашен известный архитектор и военный инженер А. Ферромолино, который разработал такую систему обороны Биргу, что город мог выдержать мощный напор противника.
Турки, стремившиеся к господству в Средиземном море, уже с середины XVI века неоднократно нападали на Мальту. В 1551 году, не рискнув атаковать Биргу, расположенную вблизи укрепленной гавани, они разграбили другие районы Мальты и плохо защищенный остров Гозо. После этих событий мальтийские рыцари предприняли энергичные меры по укреплению острова: особенно широкий размах строительство фортификаций приобрело в 1557 году, когда Великим магистром был избран гасконец Жан де ла Валлетт Паризо – один из самых выдающихся деятелей Ордена иоаннитов. Еще при жизни о нем складывали легенды, барды и менестрели воспевали его в своих балладах, священники с амвонов превозносили христианские качества Ла Валлетта. В 28 лет он участвовал в обороне Родоса, и султан Сулейман Великолепный впоследствии горько жалел о своем великодушии, когда узнал, что Ла Валлетт был среди покинувших остров рыцарей.
Ла Валлетт понимал, что рано или поздно турки нападут на остров, поэтому начал свою деятельность на Мальте с того, что пригласил на остров Бартоломео Гонга – одного из выдающихся военных инженеров Европы. Но, к несчастью, тот умер еще до того, как началось основное строительство, и его дело продолжил Б. Ланчи. У входа в Большую гавань был выстроен форт Сент-Эльмо, укреплены форт Сент-Анжело и город Биргу, для защиты города Сенглеа соорудили форт Сан-Микаэль. В 1563 году римский папа дал наконец согласие на финансирование новых крепостных сооружений, однако к этому времени опасность турецкого нашествия была уже столь велика, что разворачивать строительные работы не имело смысла.
Осенью 1564 года венецианские купцы (агенты рыцарей в Стамбуле) сообщили, что в турки готовят огромную армию для отправки в Западное Средиземноморье. Их донесение было написано невидимыми чернилами из лимонного сока и спрятано на одном из кораблей среди купеческих счетов. Получив донесение, Великий магистр немедленно направил быстроходную галеру на Сицилию с письмом вице-королю. Он просит о помощи, но ему неведомо, что под самым носом у Ордена орудуют лазутчики турецкого султана Сулеймана Великолепного. Два инженера, славянин и грек, под видом рыбаков посетили Мальту, пересчитали все пушки, отметили расположение батарей, нанесли на карту размеры и систему укреплений острова. К этому времени Орден имел в своем распоряжении укрепленные города Биргу и Сенглеа и два форта – Сент-Анжело и Сент-Эльмо. Возведение последнего форта велось инженером, который хорошо знал свое дело. Форт представлял собой мощный, хорошо вооруженный бастион с сильными артиллерийскими позициями.