Ранним утром 18 мая со стен форта Сент-Эльмо рыцари увидели далеко в море огромную турецкую армаду, которая состояла из 200 кораблей. Так началась «Великая осада Мальты», вписавшая, наверное, самую славную страницу в историю Ордена иоаннитов. Силы противоборствующих сторон были явно неравны: на острове находились всего 600 рыцарей и 7000 солдат из вспомогательного войска и мальтийских ополченцев, а у турок было не менее 35 000 человек. Вся Европа следила за начавшимися военными событиями, а английская королева Елизавета сказала в те дни: «Если турки овладеют Мальтой, трудно даже предвидеть, какие опасности могут последовать для остальных христианских государств».
У Ордена мальтийских рыцарей было всего 8 галер и несколько вспомогательных судов, поэтому бессмысленно было идти навстречу турецкому флоту. Великий магистр, которому было тогда 70 лет, решил дать бой на суше – на хорошо укрепленном острове, хотя общее число его защитников составляло всего 9000 человек.
На рассвете 19 мая 30тысячная турецкая армия, состоявшая из янычар, под командованием сераскера Мустафы-паши прибыла на Мальту. Турецкий флот подошел к гавани Мерсамшетт, однако рыцари не могли помешать их высадке, так как не располагали достаточным количеством пушек. Основным же объектом атаки турок стал форт Сент-Эльмо, артиллерия которого контролировала два узких скалистых залива. Уже после первых турецких атак в форт было переброшено несколько сотен человек подкрепления и рота испанских аркебузиров, которые отбивали по несколько атак в день. Турки не смогли взять форт штурмом и поэтому начали готовить артиллерийские позиции для его обстрела. Несмотря на сильный огонь из крепости, они проложили в скалистой почве углубления, которые давали возможность обстреливать рыцарей из разного рода пушек. В результате этого внешние стены и укрепления форта превратились в развалины, и через несколько дней туркам удалось подойти к самым его стенам. Они решили пойти на приступ, однако нападение их было плохо подготовлено, осадные лестницы оказались короткими, и рыцарям удалось отбить атаку, забросав нападавших камнями и поливая их кипящей смолой.
В начале июня на помощь туркам подошел пират Драгут, начавший осаду Сент-Эльмо с организации его систематического обстрела. На мысе были сооружены новые артиллерийские позиции, кроме того, турецкие пушки были установлены и на оконечности полуострова Сиберас, который ограничивал вход в Большую гавань с другой стороны. Избранная Драгутом тактика быстро дала свои плоды: гарнизон форта, взвесив соотношение сил, решил, что сопротивление бесполезно. Однако против эвакуации решительно выступил Великий магистр Ла Валлетт, авторитет которого был столь велик, что весь орденский Капитул поддержал его. Когда защитникам Сент-Эльмо передали приказ Великого магистра защищаться до последней капли крови, среди них начался ропот. Более 50 рыцарей поставили свои подписи под обращением к Ла Валлетту, в котором заявляли: если Великий магистр хочет их гибели, они готовы вступить в бой с турками и честно в нем погибнуть.
Под покровом ночи из Биргу в форт переправилась комиссия, которой было поручено обследовать положение дел на месте. Ла Валлетт направил защитникам записку, в которой разрешал всем желающим покинуть форт, однако предание рассказывает, что ни один из оборонявшихся не покинул своего места. Комиссия решила, что форт еще можно защищать, и 11 ее членов решили лично возглавить оборону.
В середине июня туркам удалось совершенно отрезать Сент-Эльмо от внешнего мира. Но хотя турецкая артиллерия и разрушала его стены, проникнуть внутрь форта им не удавалось. Это сильно деморализовало армию султана, к тому же осколком ядра был смертельно ранен Драгут. 22 июня турки пошли в решающую атаку, но и она была отбита защитниками форта. Однако новую атаку сильно поредевший гарнизон Сент-Эльмо отбить уже не мог, и ворвавшиеся в форт турки перебили всех оставшихся в живых. Безжалостной расправы избежали лишь несколько рыцарей, которые попали в руки людей Драгута, знавших о том, что Орден готов уплатить за пленников огромный выкуп. Однако ярость турок была так велика, что Мустафа-паша приказал обезглавить даже тела погибших рыцарей, а потом приколотить их к деревянным крестам и пустить этот страшный груз в сторону форта Сент-Анжело.
На следующее утро тела четырех рыцарей прибило к противоположному берегу, и Ла Валлетт увидел в этом объявление «войны на уничтожение», в которой побежденный не мог рассчитывать на пощаду. Великий магистр ответил такой же жестокостью: все пленные турки в городе и форте Сент-Анжело были обезглавлены. Их головами зарядили две самые большие пушки-василиски, которые по команде Великого магистра дали залп в сторону турецких позиций. Противникам по обе стороны бухты стало ясно: пленных в этой войне не будет…