24 сентября 54-й армейский корпус начал бои за Перекоп, который был взят через два дня. К 29 сентября 54-й корпус овладел городом Армянском и подошел к советским укреплениям на Ишуньском перешейке. После его взятия немцы подошли к Севастополю и захватили Симферополь.
К середине ноября в руках Красной армии в Крыму оставался лишь Севастополь. Первая попытка немцев овладеть им оказалась безуспешной. Однако был захвачен Керченский полуостров. За умелое руководство 11-й армией Гитлер присвоил Манштейну звание генерал-полковника.
7 июня 1942 года начался последний штурм Севастополя. 18 июня после упорных десятидневных боев части Манштейна вышли к Северной бухте, Инкерману и Сапун-горе. Спустя неделю немцы сумели взять Сапун-гору и Малахов курган, это и решило исход сражения. Фон Манштейн получил звание фельдмаршала.
11-я армия, успешно выполнившая свою задачу, по приказу Гитлера была переброшена на север, под Ленинград. 4 сентября части 11-й армии стали спешно перебрасываться на Волховский участок фронта, где Красная армия пыталась прорвать блокаду города. В результате советским войскам так и не удалось пробить коридор в кольце осаждавших Ленинград немецких войск.
Во второй половине ноября в штабе 11-й армии был получен приказ занять оборону по обе стороны Сталинграда. Манштейн возглавил группу армий «Дон», которая должна была деблокировать окруженную армию Паулюса. Однако контрудар по советским войскам был безрезультатным. К 16 декабря передовые отряды группы Гота вышли к реке Есауловский Аксай. До позиций, занимаемых окруженной 6-й армией, оставалось всего 65 километров. Однако в это время советские войска начали наступление на Среднем Дону, и Манштейну пришлось срочно перебрасывать группу Гота на прикрытие Ростова. Спасти армию Паулюса не удалось. Благодаря действиям Манштейна армии фон Клейста удалось выбраться из окружения. Однако Красная армия продолжала наступление в районе Воронежа.
Манштейн планировал стабилизировать линию фронта, если ему позволят отойти с Северского Донца, оставить Ростов и закрепиться на реке Миус, то есть на тех самых рубежах, с которых началось немецкое наступление в 1942 году. Но Гитлер не решался на это. Тогда Манштейн потребовал личной встречи с фюрером. 17 февраля 1943 года Гитлер прилетел в ставку Манштейна в Запорожье и после долгих переговоров дал ему полную свободу действий.
К середине февраля советские войска заняли Ростов, Таганрог, Харьков, а 21 февраля вышли к Днепру. Гитлер потребовал от Манштейна отбить Харьков, однако тот объяснил фюреру, что хочет заманить советские войска в ловушку.
22 февраля немецкие войска нанесли сильный контрудар. Пять танковых дивизий начали наступление из района Сталино, что стало полной неожиданностью для советского командования. Одновременно оперативная группа «Холлидт» ударила в юго-западном направлении. 15 марта немцы вновь заняли Харьков и восстановили сплошной фронт от Таганрога до Белгорода. За эту операцию фельдмаршал Манштейн получил дубовые листья к Рыцарскому кресту.
В 1943 году немецкий Генштаб планировал крупную наступательную операцию в районе Курского выступа. Однако Манштейн считал, что осуществление операции «Цитадель» — чистое безумие, поскольку на штурм Курской дуги бросались лучшие танковые части вермахта. А к тому времени этот выступ превратился в мощную систему укреплений. Фельдмаршал потребовал от Гитлера и Генштаба отказаться от проведения операции, но безрезультатно. Наступление было назначено на 4 июля.
Кровопролитные бои на Курском выступе продолжались десять дней. Затем немцы неожиданно свернули наступление: союзники высадились на Сицилии и туда нужно было срочно перебросить войска с Восточного фронта.
После победы на Курской дуге советское командование стало проводить крупномасштабные операции. Так, на южном участке фронта советские части пробивались к Сталино, 4 августа был освобожден Белгород, а тремя неделями позже — Харьков.
О катастрофическом положении вверенных ему сил Манштейн доложил фюреру 3 сентября. Фельдмаршал потребовал разрешить ему начать отвод своих частей за Днепр. Но Гитлер не хотел и слышать об этом.
Между тем советские войска пробились к Донбассу, и над группой армий «Юг» нависла угроза окружения. 8 сентября 1943 года Гитлер наконец-то разрешил Манштейну вывести войска на левый берег Днепра. Части Манштейна оставляли после себя пустые территории, уничтожая все, что не могли забрать с собой.
Отступив за Днепр, армия Манштейна заняла оборону возле Киева. Днепр являлся серьезной преградой для наступающих частей Красной армии. Какое-то время Манштейну удавалось удерживать этот район и прикрывать Крым.