В третьей части романа перевоспитанный Алекс, теперь безобидный обыватель, возвращается домой и обнаруживает, что родители сдали его комнату жильцу, а любимая стереосистема конфискована полицией и продана в счет пропитания кошек убитой им женщины. На него нападает группа стариков, которых он некогда мучил, затем его преследуют трое полицейских, двое из которых оказываются бывшими членами шаек. Они объясняют ему, что правительство очищает улицы и для этого нанимает в полицию бывших хулиганов. Вместо того чтобы помочь Алексу, они жестоко избивают его. Алекс доползает до ближайшего коттеджа, где его перебинтовывает и кормит человек, на которого он когда-то напал и чью жену он зверски изнасиловал и избил, но мужчина поначалу не узнает его. Для Ф.Александра Алекс — благоприятная возможность для антиправительственной пропаганды. Проповедуя, что «человек, у которого нет выбора, перестает быть человеком», он собирает своих друзей, но вдруг понимает, что Алекс — убийца его жены. Он пытает Алекса громкой симфонической музыкой, и Алекс пытается покончить с собой, выпрыгнув из окна. На следующий день он приходит в себя в госпитале, весь забинтованный, и понимает, что его жестокая сущность снова на месте. Доктора и правительственные чиновники счастливы, потому что это освобождает их от обвинений в том, что они использовали преступные методы и попрали права Алекса. Пока он был в коме, они задействовали «глубокую гипнопедию» или какое-то другое «slovo», чтобы возродить его прежнюю развращенную натуру, его страсть к Бетховену и насилию. Старые мысли о насилии наполняют голову Алекса, и он заявляет сам себе, что теперь он «выздоровел».
Публикация «Заводного апельсина» вызвала бурные дебаты: полемика сосредоточилась вокруг языка книги, а также вокруг жестокости и сексуального насилия в первой части романа. В 1973 году книготорговец в Ореме (штат Юта) был арестован за продажу трех якобы непристойных книг: «Последнего танго в Париже» Роберта Эйли, «Идолопоклонников» Уильяма Хегнера и «Заводного апельсина». В судебном процессе «Миллер против Калифорнии» (21 июня 1973 года), сославшись на решение Верховного суда от 1973 года о «местных нормах», город принял очень специфическое постановление, согласно которому полиция обвинила владельца книжного магазина Кэрола Гранта. Позже обвинение сняли, по Гранта принудили закрыть магазин и переехать в другой город.
В Авроре (штат Колорадо) в 1976 году школьный совет во время очередного планового собрания утвердил список из 1275 книг для изучения в средней школе, но отклонил «Заводной апельсин» и еще девять книг. Книги уже были включены преподавателями в списки литературы по курсу, но 13 января 1976 года школьный совет выпустил директиву для преподавателей — «не приобретать, не использовать для заданий в классах, не рекомендовать для индивидуального зачета ни одну из этих книг». Школьный совет не признал эти книги неприличными юридически и не исключил из школьных библиотек. Преподаватели опротестовали решение сонета, и дело было передано в суд, где в деле «Боб Кэрри и другие против Совета по образованию школьного округа 28-J Адамс-Арапахо, Аврора, штат Колорадо, 427 F. Supp. 945, 952 (D. Colo. 1977)» они заявили, что этот запрет посягает на их академические свободы. В своем решении судья Мэтш заметил, что совет взял на себя обязательство предоставить студентам «возможность активно включиться в обмен идеями», предлагая эти курсы как факультативные. Он заявил: «Этого достаточно, чтобы заключить, что, позволив и учителям, и учащимся исследовать современную литературу в классах этой средней школы, школьный совет не может навязывать свои ценностные суждения о литературе, выбранной преподавателями для рассмотрения». Несмотря на заявленную позицию, судья вынужден был вынести решение против учителей, потому что последние уступили свои академические свободы, что нашло отражение в отдельном пункте их контрактов.
В Вест-Порте (штат Коннектикут) в 1977 году родители предлагали членам школьного совета выступить против изучения романа в классах средней школы. В частности, жаловались на «оскорбительные» пассажи в книге. Больше в классах роман не видели. В Энистоне (штат Алабама) в 1982 году родительские протесты привели к временному изъятию романа из школьных библиотек. Позже книга была возвращена на полки, но учащимся было необходимо разрешение родителей, чтобы ее получить.