В начале июня 1849 года состоялись дополнительные выборы в Национальное собрание Франции, куда Прудон был избран депутатом от Парижа и в котором не примкнул ни к одной политической партии, не принимал участия в парламентской борьбе. Он внес предложение о коренной реформе действующей системы налогов, заявил, что те, кто платит капитальную ренту, должны ежегодно вносить в казну государства 1/6 часть своих платежей, а 1/6 оставлять себе. Все иные доходы должны быть обложены подоходным налогом. Но это предложение было отвергнуто. В Национальном собрании Прудон повздорил с левым депутатом Феликсом Пиа, а вскоре между ними состоялась дуэль, окончившаяся для обоих благополучно.
В своей газете “Le peuple” (тираж 70 тыс. экземпляров) Прудон продолжал критиковать существующие во Франции порядки. Когда Луи Наполеон был избран президентом, Прудон обвинил его в заговоре против Республики, после чего был предан суду по обвинению в оскорблении президента и в возбуждении ненависти между классами. Прудона приговорили к 3 годам тюрьмы и денежному штрафу. После суда Прудону удалось бежать в Бельгию, но через неделю он возвратился в Париж и под чужим именем несколько месяцев скрывался от полиции. Однако 6 июля 1849 года снова был арестован и заключен в тюрьму, а его газета закрыта.
Но друзья Прудона основали новую газету – “Le voix du peuple”, в которой печатались письма и статьи Прудона, написанные в тюрьме. За эти публикации правительство несколько раз возбуждало против автора судебное преследование, но суд не признал его виновным. Прудона в тюрьме лишили права свидания со всеми, кроме жены. Для того чтобы добиться послаблений режима, Прудон пишет письмо властям: «Отныне мое единственное желание – заниматься научными вопросами с самой общей точки зрения, исключающей всякие соображения буржуазии или пролетариата… Я критиковал при всеобщих аплодисментах социалистические утопии. Если доверять показаниям биржи, то я больше содействовал восстановлению порядка и спокойствия, чем вся полиция и жандармы».
Но Прудон продолжает печатать свои революционные политические статьи. Тогда его поместили в тюрьму с более строгим режимом в Дуллене и запретили все свидания. Однако со временем стороны достигли компромисса: Прудон решил передавать в руки полиции всю свою корреспонденцию, и режим ему смягчили.
За три года заключения Прудон создал две крупные работы – «Призвания революционера» и «Идея революции XIX столетия». Выйдя из заключения, он написал брошюру «Государственный переворот как проявление революции», в которой доказывал, что диктатура Наполеона Бонапарта должна ставить своей целью осуществление идей Французской революции. Радикалы обвинили Прудона в бонапартизме, Бонапарт разрешил издание его брошюры, но правительство запретило ввоз во Францию его сочинения «Философия прогресса», которое было напечатано в Брюсселе. Прудон пишет и экономические труды, например «Руководство биржевого спекулянта».
После выхода из тюрьмы Прудон ведет уединенную жизнь. Он задумал учредить компанию для проведения железной дороги от Парижа до Безансона, но и этот план провалился. В 1854 году Прудон заразился холерой, болезнь протекала в тяжелой форме, он выздоровел, но его здоровье было подорвано навсегда.
В 1858 году Прудон написал сочинение «О справедливости в революции и церкви» и, опасаясь преследования со стороны правительства, послал экземпляр новой книги принцу Жерому Наполеону. Книга вышла в свет. Но через неделю правительство конфисковало весь тираж и привлекло автора к суду. Его приговорили к трем годам тюремного заключения и штрафу за оскорбление религии и общественной нравственности. Прудон бежал в Брюссель. Позже семья переехала к нему. В 1860 году Лозаннская академия объявила премию за лучшее сочинение по теории налогов. Было представлено 40 сочинений. Премию получил Прудон. В это же время он пишет трактат по международному праву «Война и мир», где утверждает, что «право основывается на силе». Прудон верил, что единственно возможной, справедливой и истинно правильной формой общественного устройства является свободная ассоциация, свобода, ограниченная соблюдением равенства в средствах производства и эквивалентности в обмене.
В 1860 году особым декретом императора Прудон получил амнистию, но еще в течение нескольких лет оставался жить в Брюсселе. В 1863 году он печатает в Париже книгу «О принципе федерации и необходимости реорганизации революционных партий», где признает неосуществимость своих анархических идеалов. Анархию автор заменил федерацией. В начале 1864 года здоровье Прудона резко ухудшилось. В течение нескольких месяцев он не покидал постели и 19 января 1865 года умер.
Прудон призывал к разрушению существующих норм жизни. Он писал: