Но Кропоткин отошел от революции и русского анархического движении. Анархисты различных толков – Новомирский, Боровой, Черный, Махно – предлагали ему сотрудничество, однако Кропоткин предпочел независимость и одиночество. Тяжелое впечатление произвела на него встреча с русскими анархистами, которые показались ему грубыми разрушителями, мечтающими только о насилии и дележе капитала. «И для этого я всю жизнь работал над теорией анархизма!» – с горечью воскликнул старый революционер при встрече с Плехановым, тоже вернувшимся из эмиграции. С болью первый русский марксист ответил ему: «Я в таком же положении. Мог ли я думать, что моя проповедь научного социализма приведет ко всему тому, что творят и делают сейчас…» В то же время Кропоткин писал: «Я рассматриваю Октябрьскую революцию как попытку довести до логического конца предыдущую Февральскую революцию с переходом к коммунизму и федерализму».
В 1917–1918 годах Кропоткин принимал участие в работе Лиги федералистов, созданной для пропаганды идей децентрализма. В подготовленном им обращении московской Лиги федералистов о задачах этой организации говорилось, что восстановить прежнюю форму единства страны, распавшейся в результате свержения монархии, нельзя, ибо это единство держалось на насилии. Единственным спасением для России называлось «…превращение ее в тесный союз (федерацию) свободных областей и народов…» При этом особо подчеркивалось, что «…в основе общественного устройства России должен лежать не государственный централизм, а местная самостоятельность (автономия) и федеративное (союзное) добровольное объединение».
Кропоткин был против восстановления единства страны путем насилия и полагал, что будущее России необходимо строить на основе местного самоуправления и добровольного объединения. Он считал идею Советов вершиной самоуправления народа, осудил интервенцию Запада, в то же время остро критиковал диктатуру ленинской партии, ограничение демократических свобод, красный террор. Он предсказывал, что большевистская революция «неизбежно ведет к реакции».
В своем обращении в 1920 году к рабочим и прогрессивной общественности Западной Европы Кропоткин заявлял, что Советы должны стать орудием строительства новой жизни. Но установление диктатуры одной партии и ограничение демократических свобод неизбежно приведут к утрате значения Советов. При переходе к созданию общества на новой экономической основе сохранение тоталитарного режима, как пророчески предсказал Кропоткин, «…вынесет смертный приговор строительству нового общества». Кропоткин обличал бюрократизацию местных органов советской власти, засилье в них партийных чиновников, безразличие к нуждам простых людей.
В 1919–1920 годах Кропоткин, по его собственному признанию, не видел партии, «…которая могла бы занять место большевиков без того, чтобы это не повлекло за собой общую политическую и экономическую реакцию и жестокое кровопролитие». В неопубликованной статье «Современное положение России» он констатировал, что в России «…долго задержанная потребность реформ пробилась в форме революции», но революционная власть в России приняла характер якобинской диктатуры, убившей самостоятельность и инициативу народа. Кропоткин считал, что начатая в такой форме революция «…неизбежно ведет к реакции».
В 1919–1920 годах знаменитый анархист трижды встречался с Лениным, убеждая последнего в ошибочности политики, построенной на насилии и терроре. Кропоткин неоднократно обращался к лидеру большевиков, пытаясь защитить кооперативное движение, толстовцев, интеллигенцию. Есть свидетельства современников, что Ленин под влиянием Кропоткина отменил данное в ноябре 1918 года разрешение ЧК проводить расстрелы без суда и следствия, что спасло жизнь многим людям.
В статье «Что же делать?» Кропоткин призвал представителей различных партий и всех слоев общества к гражданскому миру и согласию. В письмах к Ленину он осудил красный террор и особенно введение большевиками института заложничества, называя подобные акции недостойными руководителей социалистической революции. Но Кропоткин не выступил с публичным осуждением крайностей революционной диктатуры, хотя многие этого ждали. Причиной молчания было, очевидно, то, что, считая диктатуру временным явлением, он все же надеялся, что большевики «…через свои ошибки придут в конце концов к тому безвластию, которое и есть идеал».
Весной 1918 года Кропоткин из голодной и тревожной Москвы перебрался с семьей в подмосковное захолустье – в Дмитров. От кремлевского пайка князь отказался и вынужден был жить огородом, коровой и посылками от преданных анархистов. Последняя его книга «Этика» в годы братоубийства утверждала идеалы добра, веру в величие и мудрость человека.
Когда в феврале 1921 года Кропоткин скончался, проводить его в последний путь пришли десятки тысяч человек. На похороны прибыли анархисты, отпущенные на день похорон из Бутырской тюрьмы.