Тогда же, в тридцатые, театр объективно уже не мог находиться на прежнем высоком уровне. Столица переехала в Киев, давление на культуру усиливалось, Курбас был расстрелян. Да и сам Крушельницкий вовсе не был выдающимся режиссером, в чем не раз признавался. «Я актер, — говорил он в конце жизни, — и преподаю режиссуру только потому, что понимаю, как необходимо нам иметь новые режиссерские кадры». Из театра ушли ведущие актеры — Наталья Ужвий, Амвросий Бучма, Иосиф Гирняк. Примой стала вместо супруги Курбаса Чистяковой (которая, впрочем, осталась в театре) Евгения Петрова. Первым спектаклем «Березиля» после ухода его основателя стала остросоциальная «Гибель эскадры» ставшего главным советским драматургом Корнейчука. (Справедливости ради следует сказать, что постановку эту готовил еще Курбас.) Крушельницкий начал сам ставить спектакли лишь через два года после своего назначения руководителем харьковского театра. Среди его актерских работ успешными были Мартын Боруля и Бублик из корнейчуковского «Платона Кречета». Марьян Михайлович искал новую программную пьесу, и ею стала поставленная им «Дай серцю волю, заведе в неволю» по Кропивницкому. В спектакле сам режиссер сыграл роль бедняка и балагура Ивана Непокрытого. Премьера спектакля прошла в Ленинграде в сентябре 1936 года. Крушельницкий довольно дерзко обошелся с текстом пьесы. Центральная любовная коллизия, мелодраматичность пьесы отошла на второй план. Главным героем стал персонаж Марьяна Михайловича, уходивший в солдаты вместо собиравшегося жениться друга. В спектакле была широко использована украинская народная символика, танцы и песни, причем не как развлекательное сопровождение для национального колорита, а как средство оказания необходимого психологического воздействия на зрителя. Танцы и песни органично выражали чувства, мысли, характер героев. Философским смыслом наполнено было и общение человека с вещами. Так Крушельницкий старался создать «украинский поэтический театр», о котором не раз мечтал вслух.
Еще две роли Марьяна Михайловича стали заметным явлением в отечественном театре. Он оригинально исполнил роль Аркашки Счастливцева в «Лесе» Островского (его называли самым жизнерадостным Счастливцевым русской сцены, на самом деле это была очередная трагикомическая вершина Крушельницкого) и Тевье-молочника. Рассказывают, что на гастролях в Москве Михоэлс — исполнитель той же роли — отменил свой спектакль и приказал всей труппе идти смотреть постановку харьковских коллег. После третьего акта Соломон Михоэлс с группой сотрудников зашел за кулисы, поднял руки вверх и сказал «Сдаюсь!» А еще рассказывают, что в конце 40-х в Харькове во время этого спектакля кто-то в зале прокричал что-то антисемитское. В стране разворачивалась борьба с «безродными антисемитами», но Крушельницкий немедленно отреагировал. Актеры прекратили играть, а Крушельницкий обратился к залу: «Пока не выведут негодяя, мы продолжать не будем!»
Во время войны театр находился в эвакуации. Сначала актеры труппы были приглашены Александром Довженко в Ашхабад, где работала Киевская киностудия, потом театр давал представления в Воронеже, Свердловске, Нижнем Тагиле, Фергане. В Харьков Театр им. Шевченко вернулся в январе 1944 года. Вскоре спектакль «Генерал Ватутин» с Крушельницким в главной роли был отмечен Государственной премией, в 1947 году театр получил звание академического. Свой пятидесятилетний юбилей Марьян Михайлович отпраздновал постановкой эпического «Ярослава Мудрого» (несколько в античном стиле). Среди его новых удачных ролей — Егор Булычев. Затем последовала откровенно неудачная режиссерская работа «Навеки вместе». Крушельницкий перегрузил спектакль изобразительными деталями, постановка вышла слишком декоративной, напыщенной. Впоследствии Марьян Крушельницкий пришел к мнению, что, очевидно, монументализм вообще противопоказан театральному искусству.