В 1952 году актер и режиссер переехал в Киев. Его одолевало желание омолодить украинский театр, вернуть живость постановкам, дух творчества в театральные мастерские. Но все его хождения по инстанциям с предложением открыть второй киевский театр были напрасны. Так что в 1954 году Марьян Михайлович согласился стать главным режиссером первого театра — Театра им. Франко. Сейчас биографы откровенно говорят о том, что это решение было большой бедой для Крушельницкого. Художественным руководителем театра оставался Гнат Юра. Мнения двух корифеев украинской сцены постоянно и практически во всем расходились, в театре несколько лет продолжалась борьба и двоевластие, актеры разбились на два лагеря. Группа Крушельницкого была моложе и мобильнее, но объективно Юра и Крушельницкий вместе разрушали, убивали театр. Вот один из рассказов очевидцев этого губительного соперничества: «Вот, например, выбирается актриса на роль главной героини. Гнат Петрович говорит:
Последняя крупная роль Марьяна Михайловича — король Лир. Зрители были поражены и удивлены, увидев маленького, кругленького Крушельницкого в роли этого знаменитого классического персонажа. Нетривиально Марьян Михайлович и играл, сделав Лира отчасти смешным. Но, как отмечали лояльные критики, все претензии к Крушельницкому начинались уже после спектакля, а во время самого представления зрители, затаив дыхание, следили за игрой мастера.
В Киеве Марьян Михайлович с головой окунулся в воспитание молодежи. Еще в Харькове он вел занятия в театральном институте, стал в 1947 году профессором. В Киеве же он руководил студией при Театре им. Франко, выпускал актерские и режиссерские курсы в столичном театральном институте, принимал живое участие в создании и работе Молодежного театра, ставившего спектакли в Октябрьском дворце культуры. Заниматься у него было очень трудно, отсев был колоссальный. Крушельницкий настаивал на том, чтобы на режиссерское отделение принимали только людей с высшим образованием, он требовал от студентов самых глубоких знаний по философии, теории и истории искусства. Интересно, что люди, которые не могли с ним спорить, которые не стремились иметь свое мнение и создавать что-то свое, не интересовали Марьяна Михайловича. Он не раз подчеркивал, что каждый режиссер должен создавать не только спектакль, но и свой театр, говорил, что театр — это не место для прокручивания драматических пластинок, а потому только интеллектуальный, творческий подход может возродить и обновить превратившуюся в провинциальную украинскую сцену.
Несмотря на строгость, студенты любили Крушельницкого. Он начинал разбор учебных постановок с разговора об их достоинстве, он с удовольствием принимал молодежь у себя дома, сохранил способность по-детски удивляться новому и восторгаться интересным. Среди учеников Марьяна Крушельницкого масса людей, которые стали двигателями новой шестидесятнической творческой культуры в Украине.