Сразу же встал встречный вопрос: а не могут ли мощи, считающиеся останками Елизаветы Федоровны, принадлежать иному лицу? Может, останки, из которых брали пробы ДНК, тоже перепутаны? Но тут сторонников официальной версии ожидало разочарование. Дело в том, что труп царской родственницы был обнаружен в шахте под Алапаевском еще осенью 1918 года. Тогда его опознали несколько человек, в том числе и исповедник великой княгини, отец Серафим. Опознание тела, кстати, проводилось в присутствии членов белогвардейской следственной комиссии. В течение нескольких последующих лет священник неотлучно следовал за гробом Елизаветы Федоровны через Восточную Сибирь и Шанхай в Иерусалим, где останки великой княгини наконец и были захоронены. Следует сказать, что исповедник тщательно документировал всю дорогу от Алапаевска, так что сомневаться в принадлежности источника ДНК, взятой для проб, не приходится.
В общем, история идентификации останков последней императорской семьи России выглядит не слишком ясной. Собственно, и началась-то она с международного скандала, не особенно, правда, афишируемого советскими СМИ. Все началось с того, что в 1989 году лидер СССР, Михаил Горбачев, отправился с визитом в Великобританию и пригласил в Советский Союз английскую королеву. Однако монаршая особа, являющаяся близкой родственницей погибшей императорской семьи, с возмущением отвергла это приглашение, заявив, что не желает посещать страну, которая так и не разобралась, что же произошло с ее родственниками. И тут…
Едва Горбачев успел вернуться домой, как киносценарист Еслий Рябов официально заявил: им и еще несколькими лицами были обнаружены останки девяти скелетов с многочисленными повреждениями, якобы принадлежавшими семье Романовых и нескольким приближенным императора. Тогда советские чиновники безапелляционно утверждали, что сомнений в принадлежности останков просто не может быть. Но русские эмигранты, прекрасно знакомые с методами работы бывших соотечественников, всерьез усомнились в этом и создали для прояснения вопроса Российскую зарубежную экспертную комиссию по расследованию судьбы останков членов Российского императорского дома, убитых большевиками в Екатеринбурге 17 июля 1918 года (это, кстати, полное название упомянутой организации).
Противники официальной версии подняли такой шум, что в 1993 году генпрокурор России дал указание о возбуждении уголовного дела по расследованию убийства царской семьи. Тем не менее, признание скелетов, найденных под Екатеринбургом, останками Романовых, по мнению зарубежных экспертов, было просто «продавлено» правительственной комиссией, которая до 1998 года так и не смогла разобраться в этом деле. И действительно, в работе комиссии обнаружилось столько нестыковок, что ставить точку в деле убийства императорской семьи еще рано. Так, на черепе, по оценке советских специалистов, принадлежавшем Николаю II, почему-то отсутствует костная мозоль, которая образовалась у монарха после покушения на него в Японии. Большая часть специалистов убеждена: этот след не мог исчезнуть даже при условии прошествии столь долгого времени. Ведь на голове императора до самой смерти хорошо было заметно узловатое утолщение! А как быть с протоколом, в котором Юровский утверждал, будто стрелял в голову Николая II в упор? И это при том, что на захороненном в Петропавловском соборе черепе нет ни входных, ни выходных пулевых отверстий! Кстати, Рябов и его команда не обнаружили в захоронении двух детских черепов. Предположительно, они должны принадлежать Марии и Анастасии Романовым. Однако впоследствии выяснилось, что речь, скорее, должна идти о пропаже наследника престола, Алексея и его сестры Марии, поскольку останки, якобы принадлежавшие цесаревичу, ими быть не могли. Ведь мальчик, как известно, страдал наследственным заболеванием — гемофилией, следов которого ученым так и не удалось обнаружить в исследуемых останках.
Подобных «нестыковок» набралось так много, что даже некоторые члены госкомиссии рискнули голосовать против ее выводов, а многие специалисты сочли нужным высказать особое мнение. Тем не менее, Россия громогласно объявила, что судьба членов последней царской семьи Российской империи установлена.