Дворцовый кризис, начавшийся при Екатерине I, усугубился при Петре II и разразился при Анне Иоанновне. «Все страдает и погибает, – писал в донесениях саксонский посланник Ж. Лефорт, – и конечно, нам грозят страшные последствия». Лихорадочно протекала и жизнь Никитина. Его то направляли писать иконы в церкви Зимнего дворца (чем он никогда серьезно не занимался), то изображать царевен в полный рост, то приписывали к Канцелярии от строений учителем, а затем возвращали ко двору гофмалером. Жалованье не платили годами, «со скрипом» возвращали деньги, затраченные на краски, кисти и холсты для царских заказов. Произведения, написанные в этот период, либо не сохранились, либо затеряны среди неперсонифицированных работ. Лишь один «Портрет барона С.Г. Строганова» (1726 г.) избежал этой горькой участи. Виртуозно нарисованная фигура как бы «проходит» по холсту. Баловень судьбы повернул лицо к зрителю. Этот юноша знает себе цену: темно-русые пышные волосы, окаймляющие мягкие черты лица, кокетливый взгляд, пухлые чувственные губы. Легкими мазками художник мягко моделирует его облик, придавая ему живость и трепетность. Богатейший по тону темно-розовый плащ и холодная вороненая сталь доспехов выгодно подчеркивают его стройную фигуру. Портрет юного беззаботного Строганова – это иллюстрированная характеристика новой аристократии.
Русское искусство, которое Петр понимал как «дело государево», его преемников не интересовало, многие работы приостановились. Положение Никитина стало шатким, хотя после отъезда из России обиженного недоплатами Таннауэра он остался единственным гофмалером. В 1729 г. живописец фактически становится безработным. По приказу Петра II ему было сообщено, «чтоб он довольствовался от трудов своего художества, ибо в нем в Канцелярии от строений ныне нужды не имеется…»
Горько было на душе у художника. Не согревал ее и неудавшийся брак (1727 г.) с Марией Маменс, дочерью камердинера герцогини Курляндской Анны Иоанновны. Невесту ему подыскала Екатерина I. Неизвестно, как относился Никитин к своей супруге (в письмах к брату о ней ни одного плохого слова), но она не хранила ему верность. После переезда вслед за двором в 1728 г. в Москву у Марии был шумный роман с фаворитом Петра II И. Долгоруким, а затем – с придворным императрицы Анны Иоанновны, Левенвольдом. Ребенок Никитиных умер в младенчестве. В 1731 г. супруги разошлись, и схимный развод был разрешен Синодом. Страх ли быть наказанной церковью за неверность или другие обстоятельства заставили Марию принять постриг в монастыре под именем Маргариты. Но «сменив одежды свои на черные», она осталась в окружении Анны Иоанновны. Монахиня и ее семья, преследуя корыстные цели, «подливали масло в огонь», когда разразилось следствие по делу архимандрита М. Родышевского о составлении и распространении памфлета против архиепископа Ф. Прокоповича, приближенного императрицы. Один за другим в 1731 – 1732 гг. были арестованы братья Никитины: Роман, Иван, Родион и муж их сестры Марфы, И. Томилин. Они прошли через допросы Тайной канцелярии, Петропавловскую крепость, были биты плетьми и в колодках, как злейшие преступники, в 1737 г. сосланы в Тобольск.
Единственная уцелевшая работа Никитина, выполненная перед самым арестом, – подлинный шедевр русской живописи, так называемый «Портрет Напольного гетмана» (1730 г.). Странное название взято из описи имущества художника, где картина значится как «Портрет гетмана, напольно не конченный». Большинство искусствоведов считают, что это автопортрет И. Никитина, так как все его особенности – иконография, кажущаяся незаконченность, эмоциональность и драматическое впечатление – полностью соответствуют стилю автопортретов. На картине изображен человек большой духовной энергии, твердой воли и ясного ума. В этой гордой и мужественной натуре, представленной подчеркнуто небрежно и естественно, ощущается затаенная горечь прожитых лет. Громадной внутренней силой поражает облик немолодого человека с обветренным лицом и седыми спутанными волосами. Все выразительные средства, пластика живописи, колорит подчинены общей идее – это портрет современника, осознавшего свое предназначение в жизни и уверенного в своих возможностях и поступках.
Не сломленный и не предавший своих позиций Никитин жил и работал в Тобольске. Время не сохранило до наших дней даже те работы, о которых есть данные в архивах: портрет митрополита тобольского А. Стаховского, иконостас и образа в Благовещенской церкви, другие произведения мастера.