Многочисленные коллеги и ученики талантливого врача долго и с благодарностью вспоминали этот горячий период его работы, когда Склифосовский показал себя не только несравненным мастером хирургии, но и человеком, объединявшим и воодушевлявшим всех окружающих своей доблестью и героизмом. «В награду за самоотвержение и мужество» в боях под Плевной Склифосовский был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени. Деятельность на войне дала замечательному хирургу материал для опубликования нескольких работ по военной медицине и военно-санитарному делу, среди которых «Перевозка раненых на войне», «Наше госпитальное дело на войне» и др. Все они являются ценным вкладом в сокровищницу мировой науки.
Авторитет Н.В. Склифосовского среди отечественных медиков рос год от года. В 1870 г. хирурга-новатора избрали профессором Киевского университета. Спустя год он занял должность преподавателя хирургической патологии в Петербургской медико-хирургической академии – единственном на тот момент учебном заведении в России, где готовили военных врачей. Через восемь лет Николай Васильевич перешел на кафедру хирургической клиники в Москве. Это был смелый шаг, поскольку в то время клиника находилась в совершенно запущенном состоянии. «Там воздух в палатах был такой, что свежему человеку дурно делалось. Там было настоящее царство смерти, только и видишь, бывало, как выносят покойников…» Примерно такой была общая картина в московских хирургических клиниках в момент, когда Склифосовский вступил в заведование факультетской хирургической кафедрой. Но хирург столь энергично взялся за дело, что вскоре его клиника стала одним из лучших лечебных учреждений в Европе. Здесь, в Москве, применяя антисептику, Склифосовский начал делать глухое зашивание мочевого пузыря, операции зоба и мозговых грыж. Он одним из первых не только в России, но и в Европе ввел горячую обработку инструментов и медицинского белья и добился практически полного отсутствия послеоперационных осложнений и заражений. А репертуар операций еще более расширился. Венцом всего явились уже упомянутые костно-пластические операции, вошедшие во все мировые учебники хирургии под названием «русский замок», или «замок Склифосовского». Все это были доселе невиданные и неслыханные вещи. Многие тяжелые болезни, которые большинство врачей считало неизлечимыми, были побеждены только благодаря усилиям Склифосовского.
Авторитет Склифосовского поднялся чрезвычайно высоко не только в России, но и во всем мире. Впервые слава московской хирургической школы бесспорно превысила традиционный приоритет хирургии петербургской, и притом не одним лишь блеском и талантом учителя, но также и обширной и очень яркой плеядой учеников-ассистентов. Заслуги Склифосовского далеко не исчерпываются его деятельностью как хирурга-новатора и крупного ученого. При непосредственном участии Николая Васильевича для Московского университета были выстроены новые клиники – целый больничный городок на Девичьем поле. Для его проектирования ученый создал общественный комитет, в который собрал ведущих специалистов своего времени. Программу гигиенических мероприятий Склифосовский разработал вместе с Ф. Эрисманом, заложившим основы медицинской гигиены. А для того чтобы получить необходимые средства, ему пришлось не раз ездить в Петербург к министру здравоохранения.
Однако Склифосовский не остановился на достигнутом и после того, как обустроил свою клинику. Он взялся пропагандировать последние научные достижения среди практикующих врачей и для этих целей создал Общество русских врачей. По его инициативе в России впервые стали проводить периодические съезды медиков. Наибольший резонанс имел организованный Склифосовским XII Международный съезд хирургов, состоявшийся в Москве в 1897 г. На нем присутствовали крупнейшие ученые из многих стран мира, в том числе выдающийся немецкий физиолог Рудольф Вирхов. Посетив клинику Склифосовского, он сказал в интервью: «Вы стоите во главе учреждения, которому завидуют другие народы Европы!»
Склифосовский заведовал клиникой почти полтора десятка лет, и за это время в ней перебывало множество врачей из разных стран мира. Николай Васильевич считал, что врачей необходимо периодически собирать для профессиональной переподготовки в соответствии с последними достижениями медицины. Будучи убежденным сторонником повышения уровня знаний практических врачей в России, в 1893 г. он принял предложение возглавить первое и единственное в своем роде учреждение во всей Европе – Клинический институт усовершенствования врачей в Петербурге. Это новое дело также потребовало от него больших усилий: нужно было не только перестроить старые здания, но и оснастить их всем необходимым. А ведь Склифосовскому в это время уже перевалило за 60! Много усилий вложил ученый и в создание медицинских журналов. Он основал два издания – «Хирургическая летопись» и «Летопись русской хирургии», а для того, чтобы снизить их стоимость и сделать более доступными, врач тратил значительные суммы из собственных средств.