Независимый, жесткий в критике своих оппонентов, знающий цену себе, своим словам, решениям и поступкам, Велихов – человек № 1 для политической элиты государства в качестве представителя элиты научной. Собственно, в этом качестве он и сам уже стал частью политической элиты. В разные периоды своей деятельности Велихов был членом Политического консультативного совета при Президенте СССР, Президентом программы «Россия – США: XXI век»; вице-президентом Российской академии наук; членом Совета обороны России. Сегодня ученый – вице-президент Российского союза промышленников и предпринимателей, президент Российского научного центра «Курчатовский институт». РНЦ «Курчатовский институт» – самостоятельное учреждение, которое с 1991 г. не входит не только в структуру РАН, но и в структуру каких-либо министерств и ведомств, а находится в прямом подчинении правительству. Такой свободой, позволившей значительно расширить тематику работ в институте, Велихов очень гордится. «Мы были одними из пионеров Интернета в России (еще в конце 80-х). Традиционно активно занимались и занимаемся микроэлектроникой. На основе работ в области ускорителей мы вместе с Сибирским Центром создали Специализированный центр синхротронного излучения – мощнейший инструмент рентгеноструктурного анализа. Это позволяет анализировать биологические структуры, клетки, гены… Недавно выяснили таким методом структуру рибосомы», – говорит он. Как руководитель крупнейшего научного учреждения, Велихов добивается того, чтобы его сотрудники не стремились уезжать за рубеж, а имели возможность зарабатывать у себя на родине. «Мы с самого начала решили, что не будем повышать зарплату за счет сокращения других сотрудников. Человек должен получать столько, сколько он зарабатывает. Академик Леонтович говорил, что справедливость – это осуществленное чувство зависти, – сказал ученый. – Поэтому мы не ведем особого контроля, кто сколько заработал по различным контрактам, договорам, какие и от кого получил гранты. Многие сотрудники часто бывают в загранкомандировках – это тоже повышает их зарплату. Если человек получает только государственную зарплату – это грустно, но все, как правило, имеют дополнительный заработок. Труднее теоретикам, которым мы пытаемся помогать, ведя здесь кое-какое, небольшое перераспределение ресурсов. Большое перераспределение вести нельзя – мы тогда подрываем инициативу энергичных сотрудников». Сегодня многие «курчатовцы» работают за рубежом по контрактам, иногда возглавляя целые институты, направления. Увы, приток молодых ученых в институт уменьшился – они сразу стремятся найти работу за границей, где платят гораздо больше. Поэтому «курчатовцы» готовят себе молодую смену сами. В институте есть свой лицей, по окончании которого школьники поступают в МФТИ, МИФИ, МГУ. С третьего курса студенты приходят в институт к Велихову, здесь пишут дипломы и остаются работать. 10 – 12 человек обучается сразу с первого курса в Исследовательском университете, имеющем государственную лицензию.
В 1991 г. «Курчатовский институт» выступил с довольно революционным по тем временам предложением, шедшим вразрез с догматическими экономическими теориями, – о создании консорциума «Росшельф» («Российская компания по освоению шельфа»). Через год акционерное общество «Росшельф», объединившее предприятия оборонного комплекса подводного кораблестроения и нефтегазового комплекса России для разработки морских месторождений углеводородов на арктическом шельфе, приступило к работе. Один из его основателей, Евгений Велихов, занял пост председателя совета директоров (с 2001 г. – член СД). «Мы создали компанию «Росшельф», чтобы объединить уникальные запасы углеводородов на арктическом шельфе России и возможности отечественной промышленности подводного кораблестроения для организации морской добычи нефти и газа в Арктике, – говорит ученый. – Несколько проектов такого масштаба обеспечат успешное развитие российской экономики и ее интеграцию в мировое экономическое сообщество». К сожалению, не все из задуманного складывается так, как хотелось бы. Сам Велихов вынужден был признать в интервью одной из газет: «Сегодня мы застряли прежде всего из-за того, что предыдущие правительства попросту отказывались поддерживать промышленность, хотя по нашему консорциуму был соответствующий указ президента. А после 17 августа и возможности "Газпрома" уменьшились ("Газпром" – основной инвестор консорциума "Росшельф"). Подвел нас и иностранный партнер – австралийская компания Би-эйч-пи: в нашем проекте она оказалась банкротом. Нехватка средств – единственное, что сдерживает сегодня развитие проектов "Росшельфа"».