В 1936 г. профессора Фаворского провозгласили идеологом «формалистического» движения, обвинили в антисоветских взглядах и отстранили от преподавания в институте. Но несмотря на опалу, он в 1937 г. принимал участие в оформлении павильона СССР на Международной выставке в Париже и получил за эту работу Гран-При.
Перед Великой Отечественной войной книжный график работал над оформлением калмыцкого эпоса «Джангар», где впервые поднял глубоко народную, фольклорную тему. В годы войны на фронте погибли оба сына отверженного профессора и «формалиста», но он продолжал творить, невзирая на личную трагедию, предвзятое отношение и нелюбовь властей. В 1942 – 1944 гг. Фаворский обращался к линогравюре в серии «Самарканд», откуда в Москву он привез несколько ящиков фрагментов древней керамики. Мастер восхищался цветом, совершенством орнамента, вязью арабских букв. Неповторимость древнего города ему удалось передать в своих гравюрах.
После войны Владимир Андреевич начал работу над иллюстрацией киргизского эпоса «Манас». С 10 августа по 28 сентября 1946 г. он трудился в Киргизии. В филиале Академии наук СССР во Фрунзе ученые познакомили книжного графика с основным текстом эпоса. На родине «Манаса», в Таласе, Фаворским было выполнено 30 пейзажных и портретных зарисовок, а всего в Киргизии он создал около 100 больших рисунков и два альбома набросков черными и цветными карандашами. Вернувшись в Москву, мастер стал работать в 1946 – 1947 гг. над станковыми линогравюрами на темы эпоса. Как известно, «Манас» в те годы издан не был и серия его замечательных иллюстраций к этой книге не увидела свет. Параллельно с иллюстрацией в 1945 – 1947 гг. Фаворский выполнил ксилографические изображения великих русских полководцев: Александра Невского, Козьмы Минина и Дмитрия Пожарского, Александра Суворова, Михаила Кутузова.
Потом Владимир Андреевич вновь вернулся к оформлению книг, чаще используя в гравюрах белый штрих, активнее передающий светотень. Лучшими его работами считаются: «Сонеты» В. Шекспира (1948 г.), «Слово о полку Игореве» (1954 г.), «Борис Годунов» (1955 г.) и «Маленькие трагедии» А. Пушкина (1961 г.). За три последних цикла в 1962 г. Фаворскому была присуждена Ленинская премия.
Гравюры к «Слову о полку Игореве» – пожалуй, самая «монументальная» работа художника в области книжной иллюстрации. Здесь у него счастливо соединились особая поэтичность поэмы и своеобразный лирический драматизм. Воссоздавая эту поэтичность, книжный график вместе с тем строгим и напряженным ритмом иллюстраций, грозным драматизмом военных сцен сумел передать гражданственную идею «Слова», раскрыв его как героическую народную песнь. Мастер, не нарушая стройности повествования, удачно дополнил насыщенную образную характеристику произведения и при этом сохранил свою художественную самобытность.
Иллюстрации к «Борису Годунову» исполнены с огромной экспрессией и темпераментом. Резец художника дал исчерпывающую психологическую характеристику героям и с абсолютной достоверностью раскрыл время и место действия.
В «Маленьких трагедиях» «время входит в композицию, и композиция становится сложной, многоплановой», – писали критики. Гравюры находятся в строгом единстве, в органической цельности и своим напряженным ритмом делают ощутимыми для читателя сжатость и драматическую насыщенность пушкинских пьес. Взять хотя бы «Каменного гостя». Ужин у Лауры и сцена дуэли, расположенные через несколько страниц, наделены внутренней временной и пространственной взаимосвязью. Подчеркнутая статичность первой сцены с последовательно выстроенными планами взрывается стремительным ритмом сцены поединка, в которой совмещены элементы предшествующего действия, настоящей и грядущей развязки. Неубранный стол на переднем плане напоминает о только что закончившемся спокойно ужине; следующий план – молниеносная дуэль – это порывистое настоящее; далее – сама Лаура, отвернувшаяся от ужаса происходящего, но так, что изобразительно она как бы прижимается к голове Дона Гуана – так и будет сразу же после дуэли; и наконец, тень от руки и эфеса шпаги Дона Гуана, превращенная в зловещий крест, нависший над всем происходящим, – это и есть развязка трагедии. Фаворский писал: «Как страшно иллюстрировать Пушкина! Но помогает его строгость и определенность».
В последнее десятилетие своей жизни Фаворский также выполнял гравюры, посвященные старой русской архитектуре, оформил сборник стихотворений А. Ахматовой. В 1963 г. Владимиру Андреевичу, когда-то обвиненному в «чуждом советскому строю стиле работ», присвоили звание народного художника СССР. 29 декабря 1964 г. В.А. Фаворский умер в Москве.