Сразу же после окончания сезона руководство «Альфа-Ромео» заявило об уходе из «Формулы-1», и Фанхио перешел в команду «Мазерати». Перед началом чемпионата он оказался в Северной Ирландии, откуда должен был прилететь на гонку в итальянской Монце. В это время в Европе почти неделю держалась очень плохая погода. Гонка в Монце не входила в календарь чемпионата, но он обещал руководству «Мазерати» участвовать в ней, чтобы опробовать и почувствовать новую машину. Кое-как Фанхио добрался до Парижа, а потом, чтобы успеть к началу заезда, ему пришлось сутки ехать на взятой напрокат машине. Фанхио все-таки успел, но сел за руль очень уставший. Фанхио, пропустивший квалификационные заезды, стартовал с последней позиции и сразу же попытался пробиться наверх…
«Даже если ты провел на гоночных трассах два десятка лет, не стоит думать, что ты все знаешь и все можешь», – вспоминал потом Хуан-Мануэль. Тяжелейшая авария, травма шеи, шесть недель в госпитале, пять месяцев в гипсе, потерянный сезон – таким был для Фанхио печальный итог той гонки. В дальнейшем он неукоснительно соблюдал два правила: не садиться за руль уставшим и неподготовленным и не участвовать в гонках на незнакомой машине.
Памятуя о страшной аварии, следующий сезон Фанхио начал очень осторожно, обретая с каждой гонкой былую уверенность. Победителем чемпионата 1953 года стал Альберто Аскари, Фанхио занял второе место.
Как можно заметить, на первых порах в «Формуле-1» доминировали итальянские фирмы, однако вскоре у них появился очень серьезный соперник. Видя растущую популярность «Формулы», руководство компании «Мерседес-Бенц» решило вмешаться в борьбу и добилось права на участие своих автомобилей в чемпионате 1954 года. Лучшей автомобильной фирме, естественно, нужен лучший пилот. «Мерседес-Бенц» пригласил к себе Фанхио, и он согласился, подписав контракт на 1954 и 1955 годы. Но к началу сезона немцы не смогли должным образом подготовить автомобили, поэтому первые две гонки Фанхио провел в своей старой команде «Мазерати» и одержал две победы. Потом последовали четыре победы в Гран-при за рулем «Мерседеса» и второй чемпионский титул.
1955 год стал самым страшным в истории автоспорта. В мае на тестах нового «Феррари» погиб Альберто Аскари, а на этапе в Ле Мане «Мерседес-Бенц» француза Пьера Левье на огромной скорости вылетел с трассы прямо на зрительские трибуны. В результате этой катастрофы погибло 80 человек. Были отменены Гран-при Франции, Германии, Швейцарии и Испании. В календаре чемпионата оставили лишь английский и итальянский этапы. В такой тяжелейшей обстановке Фанхио, победив в четырех гонках, завоевал третье чемпионское звание.
После трагедии в Ле Мане команда «Мерседес-Бенц» покинула «Формулу-1», и на сезон 1956 года Фанхио подписал контракт с «Феррари», которая после слияния с фирмой «Лянча» стала называться «Лянча-Феррари». Без особого сопротивления со стороны соперников Фанхио стал четырехкратным чемпионом мира. После окончания этого сезона среди недоброжелателей пошли разговоры, что Фанхио штампует свои титулы исключительно за счет технических характеристик автомобиля. «Талант гонщика заключается еще и в том, чтобы получить в свои руки подходящую машину в подходящее время… Всегда команды искали меня, а не я их», – так корректно и в то же время достойно отвечал на подобные заявления великий гонщик.
В 1957 году, в своем последнем полном сезоне в «Формуле-1», Фанхио доказал всем, что он действительно самый классный пилот в мире. Гонщик снова вернулся в команду «Мазерати», которая на тот момент располагала отнюдь не самыми совершенными автомобилями. Он просто творил чудеса. Казалось, что на трассах проложены невидимые рельсы, настолько четкой была траектория движения автомобиля, который вел Фанхио. 13 января – Аргентина, 19 мая – Монако, 7 июня – Франция и, наконец, завершающий аккорд – великолепная победа на трассе в немецком Нюрбургринге 4 июля – таков итог его выступлений в 1957 году. Фанхио стал пятикратным чемпионом мира. До появления в «Формуле-1» еще одного уникального явления – пилота по имени Михаэль Шумахер, этот результат был недостижимым эталоном для всех гонщиков.
Фанхио чувствовал, что пора уходить, но все же надеялся до конца провести сезон 1958 года. К сожалению, этим мечтам не суждено было сбыться. Каждая гонка давалась с невероятным трудом. «Чемпион должен уйти чемпионом», – решил Фанхио и, не дожидаясь окончания сезона, объявил о своем уходе.
В этом же году популярность аргентинца чуть не привела к весьма серьезным последствиям. Он никогда особенно не интересовался политикой и не участвовал в каких-либо политических мероприятиях, но совершенно неожиданно оказался вовлеченным в конфликт между кубинскими партизанами из «Движения 26 июля» и режимом диктатора Фульхенсио Батисты. На Кубе должна была пройти показательная гонка, но повстанцы решили испортить праздник Батисте и на несколько дней похитили Фанхио и его механика Бертуччи. После завершения соревнований похищенных доставили к воротам аргентинского посольства.