Микеланджело отправился в Рим к папе Клименту, который хотя и гневался на него, но как друг талантов все ему простил, приказав вернуться во Флоренцию и заканчивать библиотеку и сакристию Сан- Лоренцо. Чтобы ускорить работу, большое число намеченных статуй было поделено между другими мастерами. Две из них Микеланджело поручил Триболо, одну – Рафаэлло да Монтелупо, одну – Джован Аньоло, брату ордена сервитов – все они были скульпторы – и оказал им помощь, сделав для каждой статуи глиняные эскизы; все они ревностно принялись за работу 54, а он занялся библиотекой, где отделал потолок деревянной резьбой, которую по его рисункам выполнили Карота и Тассо, флорентийцы, превосходные резчики, а также и живописцы; равным образом и пюпитры для книг сделали тогда Баттиста дель Чинкве и Чапино, друг его, мастера в своем ремесле. Чтобы придать библиотеке полную законченность, был приглашен во Флоренцию божественный художник Джованни да Удине, который вместе со своими помощниками, а также с флорентийскими мастерами работал над гипсовыми орнаментами трибуны. Так старались они довести до конца это предприятие.
Микеланджело намеревался уже перейти к работе над статуями, когда папе пришло на ум вызвать его к себе, ибо желал он сделать стенную живопись в капелле Сикста, для племянника которого – Юлия II Микеланджело расписал потолок. Папа Климент желал, чтобы на главной из этих стен он написал «Страшный суд», показав этой картиной, чего можно достичь живописью, а на противоположной стене, находящейся над главной дверью, папа приказал изобразить изгнание с неба за гордыню Люцифера и ввержение в адские недра всех ангелов, согрешивших с ним. В течение многих лет Микеланджело делал эскизы и различные рисунки для этих композиций, один из них был использован потом для римской церкви Тринита неким сицилийским живописцем, в течение нескольких месяцев растиравшим краски для Микеланджело. Эта картина написана фреской в трансепте церкви в капелле Сан-Грегорио; хоть и плохо она выполнена, все же видно, сколько ужаса и разнообразия в позах и группах нагих фигур, низринутых с неба и при падении в преисподнюю обращенных в дьяволов разного вида, очень страшных и причудливых, поистине – фантастическая выдумка. Пока Микеланджело был занят набросками и рисунками «Страшного суда» для первой стены, он не переставал ежедневно встречаться с агентами герцога Урбинского, обвинявшими его в получении от Юлия II шестнадцати тысяч скуди для гробницы. Чтобы избавиться от невыносимого обвинения, он намеревался со временем ее окончить, несмотря на свою старость, тем более, что случай, которого он не искал, сделал то, что он оставался в Риме и не должен был возвращаться во Флоренцию, так как опасался герцога Алессандро Медичи, не очень, казалось ему, дружественного к нему. Из-за этого, когда Алессандро Вителли дал знать, что следует ему выбрать место для кремля и крепости Флоренции, он ответил, что не поедет, если только это не будет ему приказано папой Климентом. Наконец достигли соглашения по поводу гробницы; в конце концов, оно сводилось к тому, что он будет делать не обособленно стоящую квадратной формы гробницу, а только один из ее фасадов, как и хотелось Микеланджело, причем он обязался собственноручно сделать шесть статуй. В этом договоре, заключенном с герцогом Урбинским, его высочеством была сделана уступка в том смысле, что Микеланджело обязуется четыре месяца в году, во Флоренции или, где ему заблагорассудится, выполнять работы для папы Климента, и хотя думалось Микеланджело, что он может чувствовать себя спокойно, дело этим не кончилось, ибо, желая увидать последнее доказательство силы его таланта, Климент требовал, чтобы он занялся эскизами к «Страшному суду». А он, делая перед папой вид, что этим-то и занят, не все силы отдавал на то, а тайком работал над статуями для гробницы.