Второй механизм старения связан с тем, что ядерные клетки несут митохондрии. Митохондрии — потомки поселившихся внутри клеток симбиотических альфа-протеобактерий. Получив «кров и стол» внутри ядерной клетки, симбионты оплачивали свое проживание энергетической валютой — АТФ, которую они образуют во много раз эффективнее, чем клетка-хозяин.
Митохондрии сегодня — это энергетические станции клетки, позволившие их носителям перейти на новый уровень развития, в том числе стать многоклеточными и приобрести энергозатратные физиологические системы — нервно-сенсорную, двигательную, сердечно-сосудистую, выделительную. Однако в процессе функционирования митохондрий неизбежно возникают свободные радикалы, которые, перемещаясь из митохондрий в цитоплазму и ядро, повреждают клеточные структуры.
Свободные радикалы в еще большей степени повреждают сами митохондрии, в том числе митохондриальные мембраны, ферменты и митохондриальные кольцевые ДНК. Кроме того, митохондриальные системы восстановления ДНК менее эффективны, чем ядерные. Таким образом, количество поврежденных митохондрий, неспособных к выполнению своих функций и относящихся к разряду токсичного клеточного «мусора», постепенно увеличивается с возрастом клетки.
В качестве механизма антистарения ядерная клетка изобрела механизм распознавания и утилизации поврежденных митохондрий — митофагию. Она является разновидностью процесса частичного самопереваривания клетки в момент голодания. Однако этот механизм оказался несовершенным. Митофагия с возрастом угасает по мере забивания клетки все большим количеством «мусора» — липофусцина.
Помимо митофагии, с повреждениями митохондрий борются антиоксидантные ферменты и вещества. В выработке антиоксидантной защиты особенно преуспели растения, которые несут в себе еще один мощный источник свободных радикалов, — хлоропласты, осуществляющие фотосинтез. Некоторые растения, например, креозотовый куст, способны образовывать клоны, существующие более 10 000 лет. В листьях этого растения содержится до 7 % мощнейшего антиоксиданта — нордигидрогваяретовой кислоты. Одна капля этого вещества способна останавливать прогоркание продуктов питания. Кстати, одновременно это и геропротектор, способный на 12 % увеличивать продолжительность жизни мышей.
Митохондрии принесли ядерным организмам явление запрограммированной гибели клеток — апоптоза. Постаревшие, зараженные вирусом, необратимо повредившие свою ДНК или просто лишние клетки самоликвидируются, и данный процесс осуществляется при непосредственном участии митохондрий. В то же время велика роль митохондрий в самоликвидации постаревших клеток нервно-мышечной системы. Поскольку в данных тканях процессы замещения клеток протекают медленно или отсутствуют, избыточный апоптоз с возрастом способствует дегенеративным процессам и старению. Именно с этим явлением отчасти связана потеря мышечной ткани пожилыми людьми и ее замещение фиброзной или жировой.
В определенном смысле, из поколения в поколение организмов передается не вещество и не структуры, а онтогенетическая программа, «идея развития», что и создает предпосылки для потенциального бессмертия популяции, несмотря на наличие старения индивидуумов.
Все «старое и косное» попросту остается родителю. Но у программы тоже есть материальный носитель. Поэтому поддержание целостности носителя «программы» — молекулы ДНК — имеет критическое значение.
Особый тип деления клетки, предшествующий образованию половых клеток, — мейоз — помогает поддерживать потенциальное бессмертие половых клеток, способствуя репарации ДНК, удалению мутаций ДНК, отбраковыванию поврежденных РНК, дефектных половых клеток.
Не менее важную роль играет естественный отбор стабильных, жизнеспособных геномов на разных стадиях репродуктивного цикла. Таким этапом является селекция половых продуктов, и прежде всего женских половых клеток, поскольку они являются тем звеном, которое передает митохондрии в следующее поколение.
У самок многих видов животных более половины яйцеклеток погибает в яичниках по механизму апоптоза еще на зародышевой стадии развития организма или непосредственно после рождения. Целостность митохондрий наравне со стабильностью генома играет определяющую роль в апоптозе яйцеклеток, обусловленном геномной нестабильностью и митохондриальными нарушениями.
Подтверждает определяющую роль митохондрий в селекции женских половых клеток и то, что инъекция небольшого количества здоровых митохондрий в яйцеклетку мыши предотвращает ее апоптоз. Возникшие в результате слияния мужской и женской половых клеток зародыши также проходят через этап селекции — дисфункция митохондрий ведет к их отмиранию. Таким образом, половой процесс мог возникнуть как эффективное средство омолаживания клона клеток ядерных организмов.
С приобретением многоклеточности многие клетки приобрели специализацию. Прежде всего произошло разделение на половые клетки, задача которых — передать гены в следующие поколения, и клетки тела (соматические клетки), которые способствуют осуществлению функции первых.