Остин Стоунмэн и его протеже Сайлас Линч, наполовину афроамериканец, отправляются в Северную Каролину, чтобы организовать голосование среди чернокожего населения Юга, результатами которого оба остаются довольны: многие чернокожие становятся представителями законодательной власти, а Линч — заместителем губернатора. Испугавшись чернокожего большинства, Бен Кэмерон присоединяется к группе, борющейся против, как они считают, ослабления белого Юга и организующей Ку-клукс-клан. Поддерживающая своего отца Элси Стоунмэн отдаляется от Бена из-за его принадлежности к организации. Однако она меняет решение, узнав о цели Ку-клукс-клана. Убегая в лес от преследования бывшего раба, Гаса, который стал проявлять к ней недвусмысленный интерес, Флора Кэмерон прыгает с обрыва, предпочитая умереть, но не даться ему в руки. Члены Ку-клукс-клана ловят Гаса, вешают его и оставляют труп на пороге дома вице-губернатора Сайласа Линча, который в свою очередь приказывает схватить и казнить членов организации. Семье Кэмерон удается спастись. Они скрываются в своем уединенном поместье, но отряд вооруженных чернокожих-военных окружает их. В это время Линч уговаривает Элси выйти за него замуж и стать королевой его Черной Империи. Элси зовет на помощь. Члены Ку-клукс-клана спешат к ней. Потом Клан спасает семью Кэмерон, побеждает отряд чернокожих и разрушает Черную Империю. На последовавшем за этим празднестве одетые в белое члены Клана с триумфом проезжают по улицам. Через некоторое время, на выборах, члены Клана следят за процедурой и не позволяют черным голосовать. В конце фильма Фил Стоунмэн и Маргарет играют свадьбу, а Бен Кэмерон женится на Элси Стоунмэн. Эпилогом служит пророчество о Принце Мира: «Давайте мечтать о золотом дне, когда зверства Войны перестанут править и нежный Принц взойдет на престол в Зале Братской Любви в Городе Мира». Фильм заканчивается кадрами, где страждущие под предводительством военачальника превращаются в похожих на ангелов людей, во главе которых стоит сияющая, напоминающая Христа фигура.
Благодаря многочисленным кинематографическим инновациям, усовершенствованиям, техническим эффектам и художественным находкам «Рождение нации» признается критиками одним из наиболее замечательных фильмов того времени. Картина оказала основополагающее влияние на развитие киноискусства и оставила глубокий след в истории кино. Этот фильм продолжительностью более трех часов был длиннее любого другого и, таким образом, задал тон будущим картинам — и это вместо 10-20-минутных лент, выходивших в то время. «Рождение нации» демонстрировали в самых крупных кинотеатрах таких городов, как Лос-Анджелес и Нью-Йорк. Этот фильм стал одним из наиболее прибыльных в XX столетии, принеся продюсерам 18 миллионов долларов. Это первая картина, которую так активно продвигали на международный рынок, не только в Англию, но и в другие европейские страны. «Рождение нации» стал первым американским фильмом, для которого специально была написана музыка, исполнявшаяся оркестром из 40 инструментов.
Помимо технических и художественных новшеств, картина впервые продемонстрировала, как выглядит закоренелый расизм. Открытое заявление о расизме ясно прозвучало в одном из титров, посвященных членам Ку-клукс-клана, марширующим «в защиту прав арийской расы». Тема картины породила жаркие споры цензоров о художественном фильме. Говорят, что даже тогдашний президент США Вудро Уилсон, посмотрев его в своем кинотеатре в Белом доме, сказал: «Все равно что творить историю при свете молний… Жаль только, что все это — ужасная правда». Сразу после выхода в прокат фильм осудила за расистское изображение чернокожих недавно образованная National Association for the Advancement of Colored People — Национальная ассоциация развития цветного населения. Организация обвинила создателей фильма в «самом низком поношении негроидной расы» и потребовала от Национальной комиссии по цензуре художественных фильмов, организованной нью-йоркскими владельцами кинотеатров 26 марта 1909 г., отказать в выпуске картины, однако комиссия одобрила фильм по результатам голосования. То, что комиссия не смогла в данном случае эффективно действовать, привело к потере авторитета и прекращению ее деятельности.