Когда фильм вышел в свет, по крупным городам прокатилась волна протестов, а в последующие годы картина стала мишенью для пикетчиков и предметом многочисленных судебных разбирательств. В Нью-Йорке редакторы призвали организовать официальную местную комиссию по цензуре и прокомментировали возмущение и расовую ненависть, вызванные фильмом и широко распространившиеся в обществе. В Бостоне протестующие пикетировали кинотеатры и пытались помешать просмотру картины, а через 10 дней после ее выхода в прокат 3000 человек пришли к зданию правительства штата с требованием прекратить демонстрацию фильма. Мэр Чикаго отказывался разрешить показ фильма до тех пор, пока власти штата не примут закон, запрещающий использование материалов, разжигающих расовую рознь, во всех СМИ. Губернатор Огайо по рекомендации комиссии по цензуре запретил демонстрацию фильма на территории всего штата. Также фильм был запрещен в Денвере, Питсбурге, Сент-Луисе и Миннеаполисе. Запрет не отразился на продаже билетов, а только повысил интерес к фильму, который стал первым «блокбастером» немого кино. Только в Нью-Йорке при запредельных даже по тем временам ценах на билеты — 2 доллара — картина шла в кинотеатре на Бродвее целых 44 недели. По имеющимся данным, в 1915 г. ее посмотрели 825 000 человек.
В 1915 г. в Канзасе недавно организованная Комиссия штата по просмотру не разрешила демонстрировать «Рождение нации», хотя все три члена комиссии высоко оценили фильм. Комиссия по просмотру поставила под сомнение историческую достоверность картины и стала бороться за ее полный запрет из-за «разжигания расизма и необъективности». Дистрибьютор направил просьбу о пересмотре решения в Апелляционную комиссию, которая согласилась с мнением комиссии по просмотру и отказалась его пересмотреть. Запрет фильма вызвал смешанную реакцию жителей штата Канзас. Члены союза ветеранов под названием «Великая армия республики», которые открыто выступали против картины, основываясь лишь на прочитанном в СМИ, буквально аплодисментами встретили решение о том, что выпуск фильма — это проявление неуважения, так как в нем высказывается идея о «неправоте Севера и правоте Юга во время Гражданской войны», а также прославляется Ку-клукс-клан. И наоборот, жены многих официальных лиц штата выступали против запрета фильма, а некоторые, ухитрившиеся его посмотреть, подчеркивали, что не испытывали после этого никакой «расовой ненависти». Решение Комиссии по просмотру относительно «Рождения нации» оставалось в силе до 1923 г., когда комиссия вновь посмотрела фильм, предложила внести некоторые изменения и дала разрешение на показ.
В Миннеаполисе запрет «Рождения нации» не стал предметом судебных разбирательств относительно неконституционности и свободы прессы. Вместо этого фильм поставил под вопрос право мэра использовать свою законную власть для аннулирования лицензий. Закон штата гласил, что любая лицензия, данная городским советом, может быть в любое время аннулирована мэром или советом. Мэр В.-Г. Най воспользовался этим правом в 1915 г., увидев, что происходит в других городах по всей стране, и пригрозил управляющему кинотеатром, что отнимет у заведения лицензию, если «Рождение нации» будет демонстрироваться. Когда управляющий обратился в суд округа Хеннепин с просьбой запретить это вмешательство, Най предложил созвать присяжных из «представителей разных профессий», чтобы они посмотрели фильм и объективно оценили его. Позже он сообщил суду, что результаты просмотра фильма выявили в нем «тенденцию к осуждению людей негроидной расы», и выразил опасение, что просмотр картины «вызовет расовую ненависть и столкновения». Далее Най заявил, что фильм «насаждает в умах публики недоверие к властям и закону» и оправдывает «беззаконие попыток жителей организовать банды, чтобы отомстить за реальное или воображаемое зло, не скрывая цель попрать власть и самим наказать офицеров так, как им будет угодно, не обращая внимания на суд, государственных чиновников и даже правительство». Мэр также поставил под сомнение точность изложения исторических фактов и предположил, что подобные отклонения «формируют у населения предвзятое мнение». Разбирая дело «Бэйнбридж против Миннеаполиса», суд округа отказался отменить запрет мэра. Управляющий кинотеатром направил дело в Верховный суд штата Миннесота, который подтвердил решение нижестоящего суда.
С окончанием эры немого кино споры не утихли, ибо битвы с цензурой возобновились, когда фильм снова выходил в прокат в 1924, 1931 и 1938 гг., хотя, по мнению Миллера, «в последние годы местные комиссии по цензуре запрещали картину из страха, что Ку-клукс-клан сможет с ее помощью привлечь в свои ряды новых членов». В 1978 г. в Окснарде, штат Калифорния, после показа фильма разразился бунт. Даже принадлежность картины к классике американского кино была поставлена под сомнение. В 1993 г. фильм внесли в Национальный кинореестр, а лидеры движений чернокожих пытались лишить его этой чести, протестуя против его расистского содержания.