И вот теперь князь Пожарский встал на защиту Коломны. После битвы у этого города и победных действий у речки Пехорки, где был разбит отряд атамана-тушинца Салькова, Василий Шуйский поставит Пожарского воеводой Зарайска. Защищая его от поляков и тушинцев, Пожарский был ранен и уехал лечиться в одну из своих суздальских усадеб — в село Нижний Ландех. По излечении он опять вернулся в Зарайск.
Опорой для царя Василия стали города северо-востока. Как замечал Платонов, «не по симпатии к Шуйскому и не по уверенности, что тушинский Дмитрий самозванец и вор (этот вопрос они решают так: „не спешите креста целовать, не угадать, на чем свершится“… „еще до нас далеко, успеем с повинной послать“), — восстают они за порядок против нарушителей его».
Движение городов в поддержку законной — московской — власти началось, похоже, с Устюга, который вступил в переписку с Вологдой, убеждая ее не целовать креста Вору, как стали именовать Лжедмитрия II в официальном лексиконе. Города переписывались между собой, посылали друг другу ополченцев, чтобы вместе отгонять тушинцев. Таким образом против самозванца восстали Нижний Новгород, Владимир, Галич, Вологда. Во главе сопротивления стояли либо находившиеся там воеводы Шуйского, либо выборные предводители.
Еще одним важнейшим оплотом стабильности и российской государственности, который сыграет немалую роль в судьбе Нижегородского ополчения, был Троице-Сергиев монастырь. В течение полутора лет обитель, основанная преподобным Сергием Радонежским, выдерживала осаду чуть ли не тридцатитысячных войск Сапеги и Лисовского. Игумен монастыря архимандрит Иоасаф и келарь Авраамий Палицын вселяли веру в сердца защитников крепости.
Больше полутора лет после первой вспышки восстания Нижний Новгород и его уезд пребывали в мире.
Но осенью 1608 года рассеявшиеся повсюду тушинские отряды, а то и местные представители власти или населения под воздействием прелестных грамот самозванца приводили город за городом под контроль Дмитрия. На его стороне уже были Арзамас, Балахна, Городец, Муром, Гороховец. Овладение Нижним Новгородом дало бы Лжедмитрию II возможность контроля над Волго-Окским междуречьем и землями, где против власти Москвы поднялись чуваши, татары, марийцы, где сновали казачьи отряды.
В Нижегородской земле раскол на сторонников «боярского царя» Шуйского и Тушинского вора тоже был налицо. Но в целом Нижний Новгород и его дворянство остались верны Москве. И понятно почему. Отряды тушинцев, рассыпавшись по стране, сеяли смерть и хаос. В их рядах действовали и «литовские люди» — военные отряды из Речи Посполитой, и поволжские народы. Все это не прибавляло тушинцам симпатий нижегородцев, чье благополучие и торговля зависели от социальной стабильности и безопасности на торговых путях.
В Нижнем Новгороде собственных сил для отражения тушинцев было мало. Крупный отряд нижегородских дворян в составе войска боярина Федора Ивановича Шереметева был послан ранее в Астрахань, чтобы вернуть этот фактически отделившийся город в состав государства. Пудалов восстанавливал боевой путь войска: «После затяжных боев в Нижнем Поволжье в 1606 — первой половине 1608 г. эта рать выдвинулась из Царицына в Казань и Чебоксары, присоединив по пути несколько менее значительных отрядов (войско И. Н. Салтыкова, рать боярина кн. И. В. Голицына и окольничего кн. Д. В. Туренина, конвой кн. А. М. Львова, доставившего в феврале 1608 г. из Москвы в Царицын жалованье ратным людям). Судя по упоминаниям документов, в отрядах Ф. И. Шереметева видную роль играли нижегородцы Г. Д. Жедринский, С. Кузьминский, Т. Любятинский, В. Ф. Приклонский, М. И. Соловцов, М. Федоров, арзамасцы В. А. Мотовилов, М. Е. Товарищев; нижегородский и арзамасский „служилые города“ (наряду с московскими стрельцами и астраханскими казаками) принадлежали к наиболее боеспособной части рати. Боевые действия эти отряды начали уже на территории Казанского, Чебоксарского, Свияжского уездов. Так, осенью 1608 г. отряд во главе с нижегородцем А. Д. Хохловым разбил несколько небольших отрядов тушинцев под Свияжском, в том числе отряд курмышского сына боярского В. Ртищева».
Ну а пока рать Федора Шереметева воевала южнее, судьба Нижнего Новгорода оказалась исключительно в руках его жителей, властей и духовных лидеров.
Нижний Новгород вновь оказался фактически блокирован.
Лояльность города царю Василию, как ранее отмечалось, объяснялась еще и тем, что Нижний Новгород связывало с Шуйскими древнее родство. Кроме того, еще помнили, что Шуя (давшая имя роду) и земли вокруг нее входили ранее в состав Нижегородско-Суздальского великого княжества.
В те тяжелые дни, когда вся округа Нижнего Новгорода — от Курмыша до Арзамаса и Владимира — опять перешла на сторону Лжедмитрия II, для управления городом и уездом был впервые создан чрезвычайный орган — «Городовой совет». Это произошло совершенно самостоятельно, без каких-либо инструкций из Москвы.