В Нижний Новгород шлют из Луха схваченных там «воров», сюда бегут лояльные Шуйскому дворяне из Суздаля и Арзамаса. Лисовский овладел Галичем, разорив город, и костромичи, галичане и вологжане обращаются за помощью «из Нижнего ратных людей». Нижегородские стрельцы идут на выручку Юрьевцу и Шуе. Следуя грамоте Шуйского, Нижний входит в сношения с Вяткой и Пермскою землею. 26 января вятичи сообщали пермякам о примере и успехах нижегородцев. 31 января в Пермь из Нижнего ушла отписка с рассказом о победах войск Андрея Алябьева и с призывом: «И вам бы, господа, прося у Бога милости, в тот час итти со всеми людьми к царствующему граду Москве на разорителей веры крестьянской, на польских и на литовских людей, на Володимер или вам на которые городы податнее; а к нам тотчас отписати, и мы со всеми людьми и с Понизовою силою, которые ныне стоят под Шацким, пойдем на Коломну, а с Тулы Иван Заруцкой, а из Колуги бояром велим итти прямо к Москве, чтоб нам к царствующему граду Москве притти всем в один день».
Нижний Новгород из осаждаемого города превратился во всероссийский центр контрнаступления на врагов престола и порядка. Но не все было так просто и победно.
Успех еще сопутствовал нижегородскому воеводе в бою с тушинцами 6 февраля у села Кадницы, где Алябьев вынудил отступить к Арзамасу большой отряд тушинцев. Но 15 февраля нижегородское войско безуспешно штурмовало сам Арзамас. Более того, Алябьев был вынужден спешно начать отход к Нижнему Новгороду. При отступлении его войско 16 февраля было серьезно потрепано вблизи Собакинского леса. Поэтому не случайно, что Алябьев не подчинился указанию правительства Шуйского немедленно идти к Москве «с нижегородскою и балахонскою казною» (грамоты от 17 и 18 февраля 1609 г.).
В марте Алябьев вновь переключился на Муром. 18 марта там вспыхнуло восстание против тушинцев: попытка польского ротмистра Крупки его подавить провалилась, и назначенный Лжедмитрием II воевода Толбузин бежал во Владимир. «Жители Мурома встретили нижегородцев „с образы и крест царю Василью Ивановичю целовали“. 27 марта 1609 г. — наиболее боеспособные части войска А. С. Алябьева — московские стрельцы и астраханские казаки во главе с А. А. Микулиным и Б. А. Износковым, дворянские конные отряды нижегородцев во главе с кн. И. Д. Болховским и арзамасцев во главе с Я. С. Прокудиным и Ф. В. Левашевым (всего около 1 тыс. чел.) подошли к Владимиру», — зафиксировал Пудалов.
Владимирцы, узнав о приближении войск Алябьева, подняли восстание, схватили своего воеводу Вельяминова и притащили в соборную церковь, чтобы он исповедался и причастился перед смертью. Вельяминов будет забит камнями до смерти как враг Московского государства. 27 марта войска Алябьева вошли во Владимир.
Вместе с кинешемским и шуйским ополчениями 12 апреля они успешно отразили нападение на город польско-литовских отрядов Лисовского и Стравинского. Из Владимира нижегородцы отправили грамоты в Арзамас, Шацк и Мещеру с призывом перейти под власть московского правительства.
Удерживая Муром и не удаляясь далеко от Нижнего Новгорода в ожидании подхода «понизовой рати» Шереметева, Алябьев совершил успешный рейд в Касимов. Сотню нижегородских стрельцов во главе с Федором Семеновичем Мостининым он отправил в Юрьевец, где население присягнуло на верность Шуйскому. Затем отряд Мостинина принимал участие в боевых действиях в Костромском уезде.
Царь 17 мая послал Алябьеву грамоту, в которой благодарил за службу. Но воевода так и не решил поставленной задачи — пробиться к Москве. За что — вместе с благодарностью и пожалованием обширного поместья на Нижегородчине за прежние победы — получил и царский выговор.
Наконец, в конце мая в Нижний Новгород вошла «понизовая рать» Шереметева из 3000 стрельцов и 500 татар и башкир. Из Мурома к нему также пришло около 1000 «всяких служилых людей». Эти резервы позволили нижегородцам активизировать действия против сторонников Лжедмитрия II. К Шереметеву перешло от Алябьева верховное командование действовавшими в городе и его округе военными силами, сохранявшими верность царю Василию. Алябьев еще появится на страницах истории — в 1626 году в числе «объезжих голов» в московском Китай-городе, а в 1627 году как воевода в Вологде.
Оставаясь с основными силами в Нижнем Новгороде, где у него был собственный дом, Шереметев отправлял мобильные отряды против тушинцев. 23 мая отряд во главе с письменными головами Соловцовым и Есиповым и головой стрельцов Синцовым был направлен для приведения к присяге на имя Шуйского населения Закудемского стана. Отряд, действовавший в окрестностях Нижнего, разбил «изменников» в селе Помры.