Когда Михаил был ещё подростком, Годунов выход крестьян запретил. Запретил он и горожанам покидать свои дворы. В стране просто некому оставалось платить налоги, все разбегались на окраины и даже за границу, в иноземные страны. Русь заполонили сыщики, возвращая рабочие руки дворянам и налогоплательщиков — царю.
Без крутых мер Годунову не на что было бы содержать армию, состоявшую из конных дворян и их холопов и из пеших стрельцов на казенном жаловании. На юге, в Диком поле, где царь Борис строил города и крепости, он заставлял убежавших на свободу крестьян нести военную службу и отрабатывать царскую барщину. Рука государства старалась поработить людей всюду, куда дотягивалась. Но государство сильно состоятельными людьми, которых осталось мало; так что и карательная рука его ослабела.
Как разумный хозяин, Скопин-Шуйский учился быть отцом для своих крестьян. Он с детства знал, что силой никого не заставишь хорошо работать. Примером доходного хозяйства были монастыри. Владея обширными землями, монашеские братства старались давать крестьянам льготы, побуждали их заниматься выгодными ремеслами и промыслами. В прудах разводили рыбу, в лесах собирали мед. Крестьяне, платя монастырю, но оставляя большую часть дохода себе, богатели. С ними богатели и святые обители.
Князь заботился, чтобы его крестьяне растили хлеб и овощи, разводили скот, ткали, делали посуду и металлические изделия. Он должен был закупать на севере и доставлять в имения соль по разумной цене. Хозяин был обязан вовремя делать запасы продуктов и уметь их хранить. Заботы по дому были делом женщин. Зато всё, что было необходимо принести в дом, добывал мужчина. Это нелегкое дело, если в усадьбе живёт несколько сотен слуг!
Хороший хозяин старался, чтобы все его люди процветали и богатели. Он должен был делать запасы на голодный, неурожайный год. Помогать семье, лишившейся кормильца. Совсем бедному крестьянину дать лошадь, чтобы тот мог пахать, и корову, приносящую молоко и телят. Дать взаймы, но без процентов. Ростовщичество считалось православными делом недостойным. Да что говорить — просто грехом.
Суровое испытание ждало молодого хозяина в неурожайные годы. В 1601-1603 гг. на Руси был страшный голод. Всюду люди умирали тысячами, так что «мертвых по улицам и дорогам собаки не проедали». Накопленные запасы позволяли Скопину хоть и впроголодь, но кормить своих слуг и крестьян. Из соседних поместий народ массами бежал в города. Ходили слухи, что там царь Борис раздаёт еду.
Князь знал, что Годунов пытается удержать в городах цены на хлеб, раздаёт из казны зерно и деньги. Царь развернул крупное строительство, чтобы дать работу беднякам. Но ничего не помогало. Люди умирали массами. В одной Москве за два года и четыре месяца было погребено 127 тыс. человек.
Самым страшным был даже не голод, а крушение нравственных устоев. Землевладельцы, забыв, что должны быть отцами крестьян, прятали свои запасы или старались продать их втридорога. Даже некоторые монастыри дошли до такого безумия, что позволяли вымирать всей округе, сберегая зерно в своих подвалах.
Царские чиновники, которые по приказу Годунова должны были раздавать народу хлеб, воровали его и перепродавали за бешеные деньги, не страшась казни. Помещики неистовствовали, порабощая голодающих за гроши, покупая их жен и дочерей. Михаил был потрясён тем, что родовитые дворяне ослепли от жадности. Они будто не видели, как поднимается в народе волнение, как крестьяне целыми деревнями бегут от них искать пропитания.
Разорваны были узы, связывающие людей. Желая сберечь запасы, хозяева выбрасывали холопов за ворота на голодную смерть. Это было всё равно, что убить своего ребёнка или старых родителей, за которых отвечаешь перед Богом и людьми. Ужасные слухи о людоедстве, когда матери ели своих детей, а дети убивали родителей, подтверждали худшие опасения князя. «Много людей с голоду умерло, — написал о тех временах современник, — а иные люди мертвечину ели и кошек, и люди людей ели».
Вместо братской любви воцарилась жестокость. Многие хозяева, выгоняя холопов, не давали им отпускных грамот, с которыми можно было искать нового хозяина. А что мог холоп? Это был или воин, или слуга. Он не умел сам себя прокормить. Изгоняя, хозяин его попросту убивал. Годунов вынужден был объявить указ, что всякий холоп, изгнанный хозяином, получает волю. Но даже самый добрый человек в те годы не мог взять нового холопа к себе. Выход у холопов был один: соединяться в шайки и грабить. Князю то и дело приходилось скакать во главе своих холопов на границы владений, отражать набеги разбойников.
Крестьяне массами разбегались от мелких дворян, которые в голод не могли их поддержать. Спасая остатки армии, Годунов разрешил дворянам вывозить к себе крестьян в Юрьев день. Но кто бы по своей воле пошёл к этим дворянам, которым самим нечего было есть? Они, собираясь в шайки, просто налетали на чужие владения, чтобы захватить крестьян силой.