Признанный всеми царь был убит. Прах его был развеян выстрелом из пушки. Другой самозванец ещё не появился, а но стране уже катилась волна восстаний под знаменем «царя Дмитрия Ивановича». Гражданская война вспыхнула с новой силой. У Скопина-Шуйского не было иного выбора, кроме защиты престола. Не только обязывающее родство с царем Василием Ивановичем — всё воспитание князя Михаила Васильевича ставило его на защиту государственного порядка, воплощенного в самодержавном царстве.
Москва на деле объявила войну своей стране и соседям. Русь ответила на хитроумие Василия Шуйского попросту: многие отказались верить в смерть законного царя. Страна поднималась против боярского царя и порядка город за городом, уезд за уездом. А при царском дворе шло жестокое сведение счетов, ссылки и конфискация имущества лиц, неугодных Василию Шуйскому. Дворянство южных уездов было лишено льгот, данных Лжедмитрием. Казакам не платили жалованья. Взятых в Москве поляков и литовцев не отпустили домой, а оставили в плену.
Смысл агитации за тень царя Дмитрия раскрыл историк Костомаров: «Начали возмущать боярских людей против владельцев, крестьян против помещиков, подчинённых против начальствующих, безродных против родовитых, мелких против больших, бедных против богатых. Всё делалось именем Димитрия. В городах заволновались посадские люди, в уездах—крестьяне; поднялись стрельцы и казаки. У дворян и детей боярских зашевелилась зависть к высшим сословиям — стольникам, окольничим, боярам; у мелких торговцев и промышленников — к богатым гостям. Пошла проповедь вольницы словом и делом. Воевод и дьяков вязали, холопы разоряли дома господ, делили между собой их имущество, убивали мужчин, женщин насиловали, девиц растлевали». Человек доброй воли должен был стремиться это безобразие пресечь. Уже в сентябре 1606 г. Скопин-Шуйский повёл полки на войну с повстанцами.
Положение стало критическим, когда к восстанию казаков и бедноты в южных уездах примкнули дворянские полки. Князь Григорий Шаховской, сосланный Шуйским на воеводство в Путивль, первым поддержал нового вождя восстания под знаменем царя Дмитрия. Воеводой царя Дмитрия объявил себя Иван Исаевич Болотников.
Боевой холоп, он попал в голодные годы к казакам. Воевал с турками, был взят в плен и прикован к веслу на галере. Бежал и прошёл пол-Европы. Опытный воин шёл к доброму царю. Но на Родине услыхал о его смерти — и отказался в неё верить. Болотников даже у врагов вызывал восхищение своим даром полководца и душевным благородством. Людей поражал контраст между рыцарством народного вождя и подлой натурой царя Василия, человека лицемерного, трусливого в опасности и жестокого к слабым.
Болотников сплотил разрозненные отряды крестьян, холопов, казаков, задавленных налогами горожан и обнищавших дворян. Он разгромил царские войска под Кромами и Ельцом и двинулся на Москву. В боях с ним принял боевое крещение Скопин-Шуйский.
Начало полководческой карьеры Михаила Васильевича было печальным. 23 сентября 1606 г. спешно набранное войско царских братьев Дмитрия и Ивана Шуйских встретилось с повстанцами под Калугой, у впадения реки Угры в Оку. Шуйский-Скопин был в армии третьим воеводой при своих бездарных сородичах. Воеводы были разбиты, а их воины разбежались.
Царь объявил тогда о своей победе и послал войску награды. Но в Москву тянулись «толпы раненых, избитых, изуродованных» ратников. Жители и воины Калуги присягнули знамени Дмитрия Ивановича и не пустили в город царских воевод. Отряды Болотникова «повсюду с отвагою побивали в сражениях царское воинство, так что и половины не уцелело», — писал очевидец. В официальной разрядной книге появилась запись:
«Воеводы пошли к Москве, в Калуге не сели потому, что все города Украинные и Береговые (крепости Окского рубежа) отложились, и в людях стала смута».
Громя царские полки, народная армия продолжала наступление. Её с восторгом приветствовали местные жители. Духовенство было в смятении. Многие приходские священники благословляли паству на освобождение Москвы от боярского царя. Многие сами шли в ополчение. Многие архиереи колебались, видя города и уезды поднимающимися на борьбу против Шуйского вместе с законными воеводами.
Новый патриарх Гермоген, человек твёрдой веры, послал митрополита Крутицкого Пафнутия усовестить мятежников в южных городах. Но митрополита там не приняли. Местное духовенство поддержало Истому Пашкова, поднявшего дворянское ополчение в Туле, Веневе и Кашире. Поддержало оно Григория Сумбулова и Прокопия Ляпунова, которые пошли к Болотникову с рязанскими дворянами.
Из епархиальных архиереев только архиепископ Феоктист уговорил жителей Твери стоять за крестное целование царю Василию. С помощью духовенства, приказных людей и собственных дворян он отбил от города отряд болотниковцев.