Кроме адмиралтейских дел, государь давал ему также личные поручения: постройку дворца, посадку дубовой рощи и прочее. Будучи человеком острого ума и большой энергии, Кикин пользовался полным доверием царя, который в шутку называл его гросфатером, то есть дедушкой. Когда-то Кикин заведовал личным хозяйством царя и был введен в его домашнюю жизнь. Один из путешествовавших по России иностранцев, некий Корнилий де Бруни, даже назвал его в своем печатном труде «Путешествие через Московию» «главным дворецким и камергером его царского величества».
Разнообразная деятельность Кикина в Петербурге не помешала государю отправить «дедушку» в декабре 1707 г. с дипломатической миссией к Мазепе в Батурин. Были и другие командировки, но уже по адмиралтейским делам – на Олонецкую, Новоладожскую и Воронежскую верфи. С 1710 г. деятельность Кикина сосредоточилась только около Петербургского Адмиралтейства.
Помимо царской семьи, Александр Сергеевич был «своим человеком» в семье А. Д. Меншикова, хотя отношения между двумя царскими фаворитами виделись напряженными. Но это не мешало Кикину участвовать в буйных забавах государя и его наперсника. Близость же Кикина к государю вызывала заискивание перед ним многих вельмож и крупных чиновников.
Первоначально Кикин построил себе в Петербурге дом неподалеку от домика Петра на Городском острове в Дворянской слободе. Дом был деревянным и выходил фасадом на Большую Невку.
В 1707 г. Александр Васильевич стал владельцем дома олонецкого коменданта И. Я. Яковлева, который скончался в этом же году, 22 января. Это здание было пристроено к дому адмирала Федора Матвеевича Апраксина, находившемуся на месте северо-западного угла нынешнего Зимнего дворца. Дом Апраксина определил красную линию по набережной Невы, а дом Кикина обозначил северную границу нынешней Дворцовой площади.
В 1711 г. Кикин женился на родственнице петровского вице-канцлера Надежде Ивановне Шафировой. От этого брака родились две дочери – Наталья, которая впоследствии стала женой князя А. П. Долгорукова, и Матрена, ставшая впоследствии женой майора П. И. Матюшина.
В июне 1712 г. Александра Васильевича произвели в адмиралтейские советники, и вскоре он приобрел у полковника Ягана Фридриха Кола еще один дом в Петербурге. Он находился на набережной Невы на участке нынешнего дома 10 по Дворцовой набережной.
В 1714 г. в Петербурге в районе Смоляного двора (ныне Ставропольская ул., 9) началось, предположительно архитектором Андреасом Шлютером, строительство 2-этажных каменных Кикиных палат, которое закончилось только в 1720 г.
В конце того же года адмиралтейский советник Кикин заметил холодность государя к своей персоне. Тогда он приписал ее к гибели в море нескольких кораблей. Но в следующем, 1715 г. его арестовали за злоупотребления по службе. Кикин написал государю письмо, в котором покаялся в совершенном преступлении, и предложил за себя большой выкуп с просьбой разрешить ему жить в деревне. В результате его отправили «в ссылку» в Москву, но вскоре разрешили вернуться в Петербург.
Эти события привели к тому, что Кикин встал в оппозицию к Петру и его режиму. Существует легенда, будто Кикин решился на убийство государя и стрелял в него, но пистолет дал осечку, и Петр, предварительно поколотив своего любимца, простил его. На самом деле Александр Васильевич пошел другим путем, сделав ставку на наследника престола царевича Алексея Петровича, на которого он имел влияние и с которым сблизился. Кикин убеждал царевича принять монашество, уйти в монастырь и там переждать время болезни Петра до его кончины.
При встрече с царевичем Алексеем в Либаве в октябре 1716 г. Кикин убедил его скрыться от царя Петра в Австрии, где царствовали родственники жены царевича. Алексей последовал этому совету, но в феврале 1718 г. его вернули в Россию, и на первом же допросе он рассказал о роли Кикина в своем бегстве. Кикина подвергнули пыткам, во время которых он сознался во всем. Ему присудили смертную казнь.
После казни его дома и имения были отписаны в казну. В доме, примыкавшем к дому Апраксина, что напротив Адмиралтейства, разместили учрежденную в 1715 г. Морскую академию или, как ее еще называли, Морскую гвардию. Поскольку площадей здания для размещения этого учебного заведения оказалось недостаточно, в апреле 1718 г. возглавлявший его Ф. М. Апраксин указал: «…академический двор, что был Кикина, достроить». В 1727 г. Морскую академию выселили из дома Кикина, а в царствование императрицы Анны Иоанновны отец и сын Растрелли возвели на этом месте третий Зимний дворец.
Дом Кикина на Дворцовой набережной на протяжении XVIII столетия принадлежал различным частным лицам до 1798 г., когда он и находившиеся рядом здания были перестроены архитектором Кваренги по указу императора Павла Петровича для его фаворитки Анны Петровны Лопухиной.