В 442 году уходом Цзюйцюй Ухоя из Дуньхуана воспользовался Ли Бао, потомок Ли Гао из Западной Лян. Он занял город и отправил своего брата Ли Хуайда признать власть Северной Вэй, которая и оставила его в качестве правителя округа Шачжоу. Но вскоре, в 444 году, его перевели в Пинчэн [25: цзюань 4], а Северная Вэй стала осуществлять прямой контроль над Дуньхуаном, в котором был организован гарнизон (Схемы и планы округов и уездов девиза Юаньхэ [Юаньхэ цзюньсянь тучжи | ]), опорный пункт для нанесения ударов по передовым позициям жужаньского ханства. В 445 г. полководец Ван Дугуй двинул свою армию из Дуньхуана на Шаньшань, а в 448 г. он вернулся с победой над Карашаром и Куча [25: цзюань 4; 500]. Практически одновременно, в 450 году, жужани, использовавшие как плацдарм Монгольское плато, помогли Цзюйцюй Аньчжоу из Гаочана напасть и уничтожить небольшое княжество Чеши, объединив таким образом Турфанскую котловину, а правитель Чеши Чеило с остатками своих людей ушел через Карашар в Северную Вэй [25: цзюань 30; 500]. Впоследствии, в 460 году, жужаньские войска свергли власть Цзюйцюй Аньчжоу, а правителем Гаочана был назначен Кань Бочжоу [5]. Таким образом, жужани контролировали не только все территории к западу от Дуньхуана, но и прилегающую к нему Турфанскую котловину. В 472–474 гг. жужани неоднократно атаковали Дуньхуан, численность нападавших доходила до тридцати тысяч всадников, и только благодаря командующим гарнизона Вэй Дуохоу и Лэ Лошэну удалось сохранить Дуньхуан [25: цзюань 7]. Серьезность ситуации вынудила многих государственных чиновников склониться к необходимости бросить Дуньхуан и перенести границу Северной Вэй к Лянчжоу. Но придворный чиновник Хань Сю считал, что, оставив город, невозможно будет гарантировать не только сохранение Лянчжоу, но даже спокойствие в Гуаньчжуне [25: цзюань 42]. Сяовэнь-ди решительно поддержал это мнение и продолжил укреплять военную мощь гарнизона в Дуньхуане. В 485 г. первым главой гарнизона (дацзян) стал Му Лян, который постарался «ослабить чрезмерный контроль и помочь нуждающимся» [25: цзюань 27], это способствовало некоторому возрождению и восстановлению Дуньхуана. Тогда же вышедшие из состава Жужаньского ханства племена гаоцзюй основали на северо-западе Гаочана собственное государство и уже к 487 году разбили жужаньскую армию. В 488 г. начальник жужаньского гарнизона в Иу Гао Гаоцзы сдался Вэй. В 492 г. стотысячная армия Северной Вэй нанесла жужаням окончательное поражение. В Дуньхуане установился мир, однако итогом многолетних кровопролитных войн стало серьезное снижение численности населения, и потребовалось немало времени для восстановления. Во времена правления под девизом Шэньгуй (518–520) начальник округа Юань Фань говорил, что Дуньхуан и Цзюцюань «пуще пустого» [25: цзюань 69], и предлагал усилить переселение туда народа, что свидетельствует о чрезвычайном упадке Дуньхуана.
В 524 г. в северных территориях Вэй разразился мятеж «шести гарнизонов», и в августе правитель Сяо Мин-ди издал указ: «Все военные округов и гарнизонов, которые не понесли наказания, должны быть отстранены от воинской службы, гарнизоны будут преобразованы в округа, но с прежними названиями» [25: цзюань 9]. Дуньхуан из-за обилия тыкв получил имя Гуачжоу (одно время также назывался Ичжоу). В составе нового округа под управлением Дуньхуана оказался сам Дуньхуан и еще четыре округа: Цзюцюань, Юймэнь, Чанлэ и Гуйцзи (Схемы и планы округов и уездов девиза Юаньхэ [Юаньхэ цзюньсянь тучжи | ]). Власть Северной Вэй в округах западного Хэси оставалась шаткой, поэтому в 525 г. потомок государя Мин Юань-ди в четвертом поколении Юань Жун был назначен начальником округа Гуачжоу. В 529 г. ему был пожалован титул князя Дунъяна (Дунъян ван). Смута последних лет Северной Вэй не оказала на находившийся в приграничной территории Гуачжоу большого влияния. В 534–535 годах Вэй раскололось на западную и восточную части, а Юань Жун продолжал занимать место начальника округа Гуачжоу в Западном Вэй вплоть до 544 года, когда правил Вэй Вэнь-ди. Почти за двадцать лет управления Дуньхуаном ему удалось сплотить влиятельные дома и сохранить внутреннюю стабильность. Он профинансировал написание более десяти буддистских канонов, насчитывавших несколько сотен свитков (рис. 2), также при нем был выдолблен большой грот в пещерах Могао, что свидетельствует о духовном и экономическом развитии Дуньхуана того времени [34].