В 867 г., когда под контролем Чжан Ичао находился Лунъю и Сючжоу, его старший брат Чжан Итань, отправленный ко двору императора, скончался в Чанъане. Чжан Ичао лично отправился в столицу Тан, но обратно уже не вернулся, он умер там в 872 г. Военное губернаторство возглавил его племянник Чжан Хуайшэнь, но династия Тан отказалась признать его цзедуши Гуйицзюня. В это время на территорию военного губернаторства, не получившего поддержки Тан, вторглись уйгуры, они заняли Ганьчжоу и Сучжоу и дошли до Гуачжоу. Несмотря на то, что Чжан Хуайшэнь сумел разбить их, в 876 г. обосновавшиеся в Сичжоу уйгуры смогли занять Ичжоу, лишив тем самым военное губернаторство Гуйицзюнь стратегически важного города и крепости. Чжан Хуайшэнь неоднократно пытался получить от Тан верительную грамоту, но так и не добился успеха. Не отражала действительности и установленная в 882 г. стела с восхвалениями Чжан Хуайшэня; Ганьчжоу и Ляньчжоу все больше выходили из-под контроля губернаторства. На протяжении 886–887 годов Чжан Хуайшэнь трижды отправлял к танскому двору посла с просьбой о выдаче верительной грамоты, но императорский двор был непреклонен, что вызвало серьезное недовольство в Гуачжоу и Шачжоу его властью. В 888 г. танская империя наконец согласилась утвердить Чжан Хуайшэня в должности цзедуши, но это уже никак не могло повлиять на разрешение внутренних противоречий в губернаторстве. В 890 г. Чжан Хуайшэнь, его супруга и шестеро детей были убиты, а место цзедуши получил его двоюродный брат Чжан Хуайдин.
В 890 г. после умершего Чжан Хуайдина остался только его малолетний сын Чжан Чэнфэн, находящийся под опекой Суо Сюня. Совсем скоро Суо Сюнь провозгласил себя цзедуши и фактически узурпировал власть, а после того как его признала династия Тан, народ Шачжоу установил мемориальную стелу новому цзедуши династии Тан Суо Сюню в военном губернаторстве Гуйицзюнь в Хэси. В 894 г. дочь Чжан Ичао, жена местного аристократа Ли Минчжэня, подговорила своих сыновей убить Суо Сюня и фактически захватила власть в военном губернаторстве. Народ Гуачжоу и Шачжоу, однако, остался недоволен таким тайным переворотом и установившимся в его результате режимом, и в 896 г., опираясь на местную аристократию, Чжан Чэнфэн вернул себе власть.
В результате смуты военное губернаторство утратило контроль над Сучжоу на востоке и Шаньчжоу – на западе, под его властью остались лишь территории Гуачжоу и Шачжоу. Чтобы сдержать натиск уйгурского Ганьчжоу с востока, Чжан Чэнфэн создал систему из двух округов и шести гарнизонов, при этом большая часть гарнизонов была расположена в восточной приграничной зоне. В 900 г. Тан отправляет в Шачжоу посланника, чтобы назначить Чжан Чэнфэна цзедуши, он прибывает на следующий год. Одновременно с этим независимое государство Хотан на западе также впервые отправляет посла в Шачжоу, что демонстрирует дипломатический успех военного губернаторства Гуйицзюнь. Однако вскоре Ганьчжоу вторгается в Дуньхуан, как раз в это время сжигают павильоны у пещер Могао.
В 907 г. Чжу Цюаньчжун низлагает Тан и объявляет себя императором династии Поздняя Лян. Осенью 910 г. о падении династии Тан узнает Чжан Чэнфэн, который провозглашает императором Бай Иди, а свое государство называет Цзиньшанем. Решив восстановить в рамках нового государства территории, утерянные военным губернаторством Гуйицзюнь, он отправляет войска против северного Иу и кочевых племен в Шаньшане, однако терпит поражение. Впоследствии уйгуры из Ганьчжоу неоднократно нападают на Шачжоу, и в 911 году Цзиньшань подписывает неравноправный договор, в котором признает верховенство уйгурского хана.