Основные события в 1939–1940 годах по делу М.П. Магера развивались следующим образом. 10 июня 1939 года оно было следствием закончено и направлено на рассмотрение Военной коллегии. На ее подготовительном заседании 20 августа 1939 года было решено, что Магер предается суду по двум пунктам 58 й статьи Уголовного Кодекса РСФСР: 58–1«б» и 58–11. Судебное же заседание состоялось не на следующий день, как это обычно бывало на практике, а через три с лишним месяца (27 ноября 1939 года). Коллегия, заседавшая в следующем составе: председатель – диввоенюрист А.М. Орлов, члены – бригвоенюристы И.В. Детистов и А.Г. Суслин, решила возвратить дело на доследование в Главную военную прокуратуру, оставив прежней меру пресечения – содержание под стражей. В судебном заседании Магер виновным себя не признал, назвав ложными показания лиц, изобличавших его в антисоветской деятельности. По поводу же своих показаний, в которых он признавал себя виновным, Максим Петрович заявил, что все они явились результатом применения к нему незаконных методов ведения следствия со стороны работников госбезопасности.
Приведем выдержку из материалов этого судебного заседания: