Ни один надводный корабль крупнее сторожевика и не пытался выйти из устья Невы. «Примечательно, — пишет адмирал Фридрих Руге, — что в последнее полугодие войны ни один эсминец или более крупный корабль Советов не вышел в Балтийское море, где почти всегда имелись подходящие объекты в виде тихоходных, плохо охраняемых конвоев. Советы атаковали их только самолетами, подводными лодками и торпедными катерами. При сопоставлении достигнутых результатов с тактическими возможностями первые представляются более чем скромными». Тем временем немецкие оперативные группы во главе с «карманными линкорами» «Адмирал Шеер» и «Адмирал Лютцов» беспрепятственно обрушивали тонны снарядов на наступавшие в Восточной Пруссии советские войска, не потеряв ни одного корабля.
Флотские авиаторы наибольшего успеха добились, нанося удары по скоплениям судов в районе Лиепаи (в феврале), Данцига (в конце марта), Кёнигсберга, Пиллау и Кольберга (в апреле), потопив, по немецким оценкам, около 15 пароходов. Правда, «адмиралов» утопили все-таки британские летчики.
Из 65 субмарин, имевшихся в составе КБФ в начале войны, в строю осталось 11 относительно боеспособных единиц, причем 5 из них категорически требовали ремонта и замены изношенных механизмов. В итоге для нарушения вражеских коммуникаций на подходах к Курляндскому полуострову были развернуты 4 подводные лодки.
Самым результативным стал экипаж С-13 под командованием капитана 3 ранга А. И. Маринеско. Поздним вечером 30 января он потопил вышедший из Готенхафена пассажирский лайнер «Вильгельм Густлов» водоизмещением 24,5 тысячи тонн. На борту теплохода, следовавшего постоянным курсом 12-узловым ходом с включенными навигационными огнями в сопровождении дряхлого миноносца «Леве», находилось примерно 9000 гражданских лиц, 918 курсантов второй учебной дивизии подводных сил, 162 раненых солдата и 173 члена экипажа. Всплыв в надводное положение, Маринеско зашел на цель со стороны берега и с дистанции 700 метров дал залп «веером». Через пятнадцать секунд три торпеды поразили судно, четвертая застряла в торпедном аппарате. Еще через час «Густлов» — гордость национал-социалистической флотилии «Сила через радость» — лежал на дне Балтики. Подоспевшим кораблям удалось спасти 904 человека, в том числе 528 курсантов. С-13, уклонившись от атак сторожевиков, ушла в открытое море. Через десять дней Маринеско снова повезло. В ночь на 10 февраля он потопил госпитальное судно «Генерал фон Штойбен» (который классифицировал как легкий крейсер «Эмден») водоизмещением 14,6 тысячи тонн, на борту которого находилось 4267 человек — раненые солдаты и беженцы. В живых осталось 659 пассажиров.
17 апреля отличилась гвардейская подводная лодка Л-3 под командованием капитана 3 ранга В. К. Коновалова, потопившая грузопассажирское судно «Гойя» в 5230 тонн вместе с 7000 беженцев и раненых.
Таким образом, основными жертвами трех самых знаменитых атак советских субмарин стали женщины и дети общим числом около 20 тысяч человек. В советских «исторических исследованиях» утопленники с «Густлова» (среди них 390 недоучившихся курсантов) превратились в «3700 квалифицированных специалистов-подводников; фашистский подводный флот потерял более 80 так необходимых ему подготовленных экипажей». Раненые с «Генерала Штойбена» обернулись некой танковой дивизией, спешившей на защиту Берлина, а жертвы «Гойи» — отборными эсэсовцами и офицерами-подводниками. Особо одаренные борзописцы уничтожение «Густлова» стали именовать «атакой века», а Маринеско — «подводником № 1», сорвавшим ни много ни мало планы «тотальной подводной войны и морскую блокаду Англии». Патриотично возбужденные личности считали вопиющей несправедливостью тот факт, что героического капитана, кроме всего прочего, прославившегося в бригаде подплава, как «систематический пьяница» и неисправимый бабник и, едва закончилась война, уволенного с флота с понижением в воинском звании на две ступени, «завистники» не представили к званию Героя Советского Союза. Ведь на другой чаше весов — «атака века» и «подводник № 1», совершивший шесть боевых походов и потопивший четыре транспорта суммарным водоизмещением 42 557 тонн.