Однако сутками раньше немцы сами внезапно нанесли два встречных удара: с запада, из района Фишхаузена, — на Кёнигсберг силами 58-й и 95-й пехотных дивизий и с востока — из города — 5-й танковой, 1-й пехотной и 561-й народно-гренадерской дивизиями. В результате трехдневных боев им удалось оттеснить войска 39-й армии, захватить ключевую позицию Метгетен и пробить вдоль южного берега Земландского полуострова коридор шириной 7–9 километров с шоссе № 131 и действующей железной дорогой. Армия Людникова понесла значительные потери. Такой казус, объясняет Баграмян, случился «из-за явного превосходства врага в пехоте и артиллерии и особенно в танках». Немцы установили другие причины: «В этом районе находились соединения 39-й армии под командованием генерал-лейтенанта Людникова. В трофейных документах, добытых во время наступления, говорилось, что при проверке боеготовности были выявлены грубые нарушения. Дисциплина в войсках слаба, сержантский состав занимается пьянством и мародерством, транспортные средства загружены трофейным тряпьем. Согласно приказу от 10 февраля гражданские должны были немедленно отводиться в тыл за 20 километров от зоны боевых действий. У русского командования были, следовательно, свои проблемы и заботы».
Вот и не ждали.
Людникову вновь передали 1-й танковой корпус, точнее, его остатки, из которых был сформирован сводный отряд под Командованием генерал-майора Г. Н. Филиппова: 89-я танковая бригада (21 танк), 44-я мотострелковая бригада (583 активных штыка), 1514-й самоходно-артиллерийский полк (19 самоходов СУ-76); из артиллерии усиления имелось 15 минометов калибра 120 мм, 9 трехдюймовок и 7 «катюш». Отрад, совершив марш вокруг Кёнигсберга, вступил в бой вместе с частями 113-го стрелкового корпуса, затем танкистов в качестве «пожарной машины» передавили из дивизии в дивизию, но восстановить положение не удалось. Вечером 23 февраля сводный отряд был окружен и разгромлен немцами в Меденау. Не дождавшись помощи, потеряв все боевые машины и две трети личного состава, танкисты и мотострелки вынуждены были ночью прорываться обратно.
С целью согласования усилий всех войск, действовавших в Восточной Пруссии, и обеспечения единого руководства Ставка 25 февраля упразднила 1-й Прибалтийский фронт. На его основе была создана Земландская группа войск, вошедшая в состав 3-го Белорусского фронта. Баграмян становился заместителем Василевского.
С конца февраля и до середины марта в штабах и войсках фронта велась подготовка к новому наступлению. Маршал Василевский решил Земландскую операцию отложить до лучших времен и действовать последовательно. Первым делом следовало покончить с группировкой противника, прижатой к заливу Фришес-Хафф. Для чего предусматривалось двойным концентрическим ударом с востока и юго-востока в направлении на Хейлигенбейль расчленить хейльсбергскую группировку на части, изолировать их, а затем порознь уничтожить. Осуществление этого замысла возлагалось на 11-ю гвардейскую, 5-ю, 28-ю, 2-ю гвардейскую, 31, 3 и 48-ю армии. Последней была передана полоса 5-й гвардейской танковой армии, которая с 1 марта передислоцировалась на данцигское направление. Фронтовые средства усиления были распределены в основном между 5, 28 и 3-й армиями, готовившими наступление на направлении главного удара. Из имевшихся 582 боеспособных танков и самоходно-артиллерийских установок в полосах наступления этих армий было сосредоточено 513 единиц. Авиация Балтийского флота должна была срывать морские перевозки противника. А всего к операции планировалось привлечь 1124 бомбардировщика, 830 истребителей и 470 штурмовиков.
Ставка утвердила решение командующего фронтом, потребовав при этом завершить ликвидацию 4-й армии не позднее 22 марта, а еще через шесть дней начать разгром кёнигсбергской группировки.
Наступление в районе юго-западнее Кёнигсберга возобновилось 13 марта после 40-минутной артиллерийской подготовки. Непролазная грязь сильно затрудняла боевые действия соединений и передвижение техники вне дорог. Но, несмотря на упорное сопротивление врага, войска фронта прорвали его оборону на основных направлениях и настойчиво продвигались вперед. Туман и постоянные дожди затрудняли применение авиации. Лишь 18 марта, когда погода несколько прояснилась, 1-я и 3-я воздушные армии смогли активно поддерживать наступавших.
За шесть дней войска 3-го Белорусского фронта продвинулись на 15–20 километров, сократив вражеский плацдарм до 30 километров по фронту и от 7 до 10 километров в глубину. 36-й гвардейский корпус генерала П. К. Кошевого вышел на побережье залива Фришес-Хафф и овладел Бранденбургом.