Дубчек должен был заниматься развитием отсталой словацкой экономики. Он покорно терпел, когда начальство отвергало даже элементарные идеи. Вместе с другими руководителями города Банска-Быстрица он обратился к партийному начальству со смиренной просьбой перенести новый цементный завод в другое место, богатое известняком, из которого изготавливается цемент; это также позволило бы избавить город от загрязнения. Город даже готов был взять на себя расходы, и они, в чем можно убедиться из детально составленного плана, были бы невелики. Предложение сочли вмешательством «узколобой буржуазии Быстрицы» и отвергли: индустриализация — слишком важное дело, чтобы доверять его стаду отсталых словаков. Цементный завод стали возводить в соответствии с первоначальным планом, и на Банску-Быстрицу посыпалась пыль, как то происходило во время индустриализации и с другими населенными пунктами Словакии, а доступ в город был затруднен из-за подвесной канатной дороги, по которой доставлялся цемент.
Дубчек смолчал. Он редко критиковал партию или правительство за некомпетентность или жестокость. В награду он был направлен в 1955 году в Москву, в Высшую партийную школу. По-видимому, его взволновала оказанная ему честь и возможность повысить свое образование, которое он считал недостаточным. Он чувствовал нехватку «идеологической выучки».
Получив образование, Дубчек был назначен Первым секретарем окружного комитета партии Братиславы. Теперь он стал одним из самых высокопоставленных словаков. Он по-прежнему слепо верил в необходимость сохранять преданность партии, но кому конкретно? Возвратившись из Москвы, он узнал, что Хрущев и Новотный говорят не одно и то же. Дубчек проявлял осторожность, чтобы не выразить враждебности по отношению к Новотному, хотя тот отнюдь не стремился скрыть свою враждебность по отношению к Словакии. Дубчек говорил: «Новотный полностью игнорировал все, что относилось к Словакии и чехословацким отношениям, и видеть это, конечно, мне было очень тяжело». Внесенные в конституцию страны в 1959 году изменения уничтожили последние остатки словацкого самоуправления. В то время как словацкий народ возмущался, словацкие лидеры были озабочены лишь тем, чтобы угодить Новотному и выслужиться перед Прагой.
Дубчек избегал бывать в специальной зоне отдыха, которую построил Новотный для того, чтобы партийные чиновники проводили там выходные. «Место само по себе очень приятное, оно располагалось в живописном уголке бассейна Влтавы, — вспоминал он. —'' Однако я с отвращением относился к самой идее такого рода — то была скрытая от посторонних глаз роскошь, услаждающая начальство под охраной полицейских». При общении с Новотным наибольшее впечатление на него произвела страсть последнего к карточной игре под названием «марьяж». Бюрократы, искавшие карьерного успеха, жаждали, чтобы их пригласили для игры в марьяж с Новотным. Он раздавал карты внутри огромной бутафорской пивной кружки, построенной напротив его дома специально для приема гостей. Дубчек в этом не участвовал и проводил положенные ему выходные дни, играя с детьми или подолгу гуляя по лесу.
Его конфликт с Новотным возник случайно. «Эта конфронтация, — писал он позднее, — проявилась, когда я осмелился высказать предложения, не совпадавшие с его позицией, во-первых, об инвестиционных приоритетах в Словакии, во-вторых, о реабилитации жертв репрессий пятидесятых годов». Но, будучи второстепенной фигурой, Дубчек не мог добиться больших перемен в правительственной политике, он говорил и делал очень мало.
В начале 60-х годов Дубчек работал в комиссии Колдера, изучавшей злоупотребления, допущенные правительством в 50-х годах. Эта работа произвела на него неизгладимое впечатление.
«Я был ошеломлен, — писал он позднее, — тем, что узнал о происходившем в чехословацких партийных кругах в начале пятидесятых годов». До сих пор остается неясным, действительно ли он не знал об этих злоупотреблениях раньше. Но кажется, он был глубоко взволнован разоблачениями комиссии Колдера — как и многие другие функционеры. На Новотного оказывали сильнейшее давление, добиваясь от него реорганизации правительства. В 1963 году, когда благодаря расследованиям комиссии Центральный Комитет Коммунистической партии Словакии получил возможность сместить своего Первого секретаря, которого рассматривали как пособника Новотного, то в качестве его преемника избрали тихого Александра Дубчека. Это было сделано несмотря на возмущение Новотного, бушевавшего на этом заседании и решившего впредь никогда больше не посещать пленумов Центрального Комитета Компартии Словакии.