26 сентября шейх прибыл в Томбукту и уже на следующий день пригласил гостя на аудиенцию, во время которой сказал Барту, что волнения фульбе по поводу вероисповедания ученого его совершенно не трогают. Будучи главой арабского племени кунта и одновременно высокопоставленным духовным лицом, шейх Эль-Баккаи был весьма влиятельной личностью, однако его врагов нельзя было недооценивать. В споре, возникшем вокруг Барта, на первом месте была не столько оценка личности чужестранца, сколько противоборство сторон. К подстрекаемым султаном фанатикам-фульбе присоединились богатые торговцы из Гадамеса и Марокко, ловко прикрывавшие свои корыстолюбивые интересы религиозными мотивами. Шейх Эль-Баккаи с его гуманными принципами представлял интересы исконных оседлых сонгаев, угнетаемых верхней прослойкой фульбе. На его стороне выступали такие туареги, которые, хотя и были приверженцами ислама, в противоположность фульбе не отличались религиозным фанатизмом.
Оказавшись между двумя группировками, Барт был особенно подавлен тем, что сам он ничего не мог предпринять, чтобы изменить свою участь, — его будущее полностью зависело от шейха, который при всей его искренности и любезности не был человеком решительных действий. Если в сентябре благодаря здравомыслию авторитетных граждан нарастающая напряженность не кончилась открытыми столкновениями, то в октябре дело приняло опасный поворот. Султан настаивал на том, чтобы его приказ об изгнании чужестранца был выполнен, и послал в город группу вооруженных всадников. Противник Эль-Баккаи — Хаммади обратился к жителям Томбукту с призывом выполнить приказ султана. Обстановка обострилась настолько, что Эль-Баккаи вынужден был вместе со своим подзащитным в целях его безопасности покинуть город и 11 октября разбил лагерь на территории своих друзей-туарегов. Здесь в открытой полупустыне им было легче противостоять нападению.
Переход на лагерную жизнь для Барта, находившегося уже довольно длительное время (правда, в целях его же защиты) на положении арестованного, был приятной переменой. Однако уже 13 октября они вернулись в город. В то время как некоторые члены семьи шейха высказывали сомнение, стоит ли из-за чужестранца продолжать распри, Эль-Баккаи остался при своем мнении и даже предложил Барту показаться перед противникам во всеоружии, чтобы продемонстрировать ему свою готовность дать отпор.
Враждебность фульбе заставила шейха в октябре еще не раз разбивать лагерь. В такой обстановке об отъезде Барта не могло быть и речи. Ноябрь не принес никакого улучшения, а в конце месяца положение стало критическим, так как из столицы прибыл вооруженный отряд, который грозил расправиться со всеми, кто не послушается приказа задержать чужестранца «живым или мертвым».
Утром 1 декабря прискакавший из города гонец сообщил, что там готовятся к нападению на лагерь. Вскоре вдали показались всадники. Приблизившись, они передали шейху приказ султана выдать Барта, а заодно и его имущество. Напряжение в Томбукту нарастало с каждым часом, многие из друзей шейха советовали сдаться, но шейх решил обратиться за помощью к туарегам, и те прислали 100 вооруженных всадников, которые расположились вблизи жилья шейха и его резиденции для приема гостей. Соотношение сил вновь изменилось, обстановка разрядилась, и открытого нападения не произошло.
Барт понял, что тесный контакт с туарегами — залог его безопасности. Уходить из Томбукту можно было по трем дорогам: через область, населенную фульбе, — к западному побережью; вернуться к дороге вдоль Нигера, то есть так же, как он прибыл в Томбукту, и, наконец, на север, через районы, населенные туарегами, — к Средиземному морю. Несмотря на то что Барт мечтал завершить исследование Нигера, в данной ситуации он избрал третий путь, сочтя его наименее опасным.
После нескольких безуспешных воинственных выступлений противники шейха решили испробовать другую тактику: они пригрозили блокировать Томбукту и взять под контроль верховье Нигера, откуда по воде поступало зерно для города, что привело бы к голоду и наверняка к смутам. Таким образом, свой четвертый год в Африке Барт вынужден был встретить в состоянии полной неопределенности.