Правда, первое хождение во власть у Чубайса завершилось тогда громким публичным скандалом. «За существенные недостатки в работе» его изгнали с поста первого заместителя председателя правительства, руководителя Государственного комитета по имуществу Российской Федерации. Счетная палата, высший контрольный орган страны, провела тогда ревизию Госкомимущества и опубликовала результаты проверки в правительственной «Российской газете». Материал назывался «За что президент Ельцин снял с работы А. Чубайса».
Выводы аудиторов Счетной палаты произвели шок в обществе. Преступление против нации и государства — так ревизоры оценили деятельность Чубайса. Формулировки были предельно жесткими: Госкомимущество поставлено на службу конкурентам и врагам России… целенаправленно разрушается оборонный комплекс страны… крупнейшие предприятия, конструкторские бюро, научно-исследовательские институты умышленно подводятся под банкротство и продаются за бесценок… Критерии, которыми «руководствовалось» Федеральное управление по делам о несостоятельности при Госкомимуществе России, американские эксперты примерили к своим заводам и выяснилось, что 80 процентов преуспевающих американских военных предприятий, непоколебимо крепко стоящих на ногах, — честь и гордость обороны США, по меркам Чубайса должны быть признаны банкротами.
Из заключения Счетной палаты: «Анализ показывает, что целенаправленно разрушаются важнейшие отрасли оборонной промышленности, так как с признанием предприятия неплатежеспособным оно практически переходит в ведение ФУДН (Федеральное управление по делам о несостоятельности, возглавляемое ставленником Чубайса Мостовым), оказывается вне сферы влияния Госкомоборонпрома России — федерального органа исполнительной власти, и попадает в руки людей, непосредственно заинтересованных в устранении конкурентов с мирового рынка». 70 процентов предприятий, признанных «неплатежеспособными», относились к пяти ведущим стратегическим областям промышленности, несли основную нагрузку по исполнению государственного оборонного заказа, обладали лучшими в мире технологиями и профессионалами, конструкторскими и технологическими решениями на десятилетия опережали другие страны. 261 оборонное предприятие, практически вся элита оборонной промышленности, лучшее, чего достигла и наработала отечественная промышленность, были уничтожены. Банкротами объявляли совершенно секретные предприятия. Управляющими туда Чубайс направлял людей без малейшего опыта управления, не имевших допуска к сведениям, содержащих государственную, военную тайну.
«Наблюдается скрытая интервенция иностранного капитала с целью подрыва обороноспособности и экономики страны для обеспечения принятой Западом стратегии «гарантированного технологического отставания России», — говорилось в докладе заместителя председателя Правительства Российской Федерации Владимира Полеванова, возглавившего после Чубайса Госкомимущество и буквально в два дня убранного со всех постов, как только представил Правительству доклад о том, что приватизация, проводимая Чубайсом, — это сдача России в таких масштабах, о которых враги России и мечтать не могли. Чего стоит только одна «продажа» Московского электродного завода, оснащавшего наконечниками ядерных боеголовок, графитовыми соплами, стержнями-замедлителями атомных двигателей… в общей сложности продукцией восьмидесяти трех технологий ракеты, подводные лодки, самолеты-перехватчики, штурмовые самолеты, в том числе самое современное в мире оружие — стратегические и оперативно-тактические ракеты комплексов «Тополь», «Тополь М», «Искандер», «8 К14». И этот завод, попасть на который могли только лица с высшей категорией допуска, был за копейки куплен гражданином… Соединенных Штатов Д. Хеем. Джонатан Хей не простой американец, он — кадровый сотрудник Центрального разведывательного управления Соединенных Штатов. С 1992 года этот кадровый американский разведчик возглавлял в Государственном комитете по имуществу Российской Федерации отдел экспертизы и технической помощи, являлся советником Чубайса по вопросам приватизации в области оборонной промышленности России.
Московский электродный завод не начинает и не завершает список сданных противнику оборонных предприятий. Благодаря Чубайсу иностранцы хозяйничают на производственном объединении «Электросила», заводе «Компонент», предприятии «Авиазапчасть», Калужском турбинном заводе, вертолетном заводе М. Миля, Самарском авиазаводе…