Команда Ровеля возобновила работу над территорией СССР в первые месяцы 1941 г. К тому моменту в ее составе было четыре эскадрильи. Первая летала с аэродрома Краков в Польше, вторая — из района Бухареста в Румынии и третья — с аэродрома Хамина в Финляндии. Вопреки распространенному мнению, группа Ровеля не была поголовно вооружена высотными Ю-86Р. Первые три эскадрильи были вооружены преимущественно Дор-нье-215, а также некоторым количеством Ю-88, Хе-111 и даже Ме-110. Высотные Ю-86Р попали в распоряжение команды Ровеля в 1940 г. и к 1941 г. были собраны в 4-й эскадрилье группы (пять Ю-86Р на апрель 1941 г.), известной также как «испытательный центр высотных полетов». Они летали с аэродромов в Бухаресте и Кракове. Всего командой Ровеля было выполнено свыше 500 полетов над территорией СССР. Вспоминает летчик-истребитель В. И. Клименко: «Рядом, в 100–125 км от Шауляя, проходила граница с Германией. Близость ее мы ощущали на своей шкуре. Во-первых, непрерывно шли военные учения Прибалтийского военного округа, во-вторых, на аэродроме дежурила в полной боевой готовности авиаэскадрилья или, в крайнем случае, звено истребителей. Встречались мы и с немецкими разведчиками, но приказа сбивать их у нас не было, и мы только сопровождали их до границы. Непонятно, зачем тогда поднимали нас в воздух, чтобы поздороваться, что ли?!.»
Характерный профиль полета немецких разведчиков дает один из первых полетов группы Ровеля 6 января 1941 г. Самолет-разведчик пересек границу, углубился на 24 км и далее пролетел 161 км над советской территорией и вернулся обратно В глубь территории Советского Союза летали, конечно, только высотные самолеты. При отсутствии у СССР в 1941 г сплошного поля обзора воздушного пространства радиолокаторами полеты на высотах свыше 10 тыс. метров были относительно безопасными. Но далеко не все полеты разведчиков проходили гладко 15 апреля Ю-86Р, вылетевший из Кракова для фотографирования в район Житомира, был вынужден снизиться из-за неисправности двигателя. В районе Ровно самолет был сбит советским истребителем. После аварийной посадки пилот унтер-офицер Шнец и наблюдатель унтер-офицер Вальтер были арестованы НКВД. Отснятую пленку они успели засветить, но серьезной уликой против них была обнаруженная в самолете топографическая карта приграничных районов СССР. Немцы на допросах утверждали, что всего лишь заблудились в ходе тренировок по слепым полетам. Сбитый Ю-86 нес гражданские опознавательные знаки. Согласно немецкой версии событий оба были впоследствии освобождены наступающими немецкими частями и вернулись в команду Ровеля. Однако в общем случае сбить летящий на большой высоте Ю-86Р было непростой задачей. Драматичный случай, завершившийся потерей сразу двух новейших истребителей МиГ-3, произошел в Прибалтике 10 апреля 1941 г. В этот день была предпринята попытка перехвата неопознанного самолета, вторгнувшегося в воздушное пространство СССР на большой высоте. С одного из каунасских аэродромов поднялось звено советских истребителей из 31-го истребительного авиаполка 8-й смешанной авиадивизии. На аэродром в Каунасе вернулся только один из них, пилотировавшийся младшим лейтенантом Акимовым. Летчик Аксютин приземлился на парашюте, а младший лейтенант Евтушенко разбился в катастрофе. Все три МиГа из-за резких маневров на большой высоте и малых скоростях свалились в штопор, из которого благополучно вывел свой самолет только Акимов. Видимо, сказался недостаточный опыт пилотирования новой машины. Погибший летчик Евтушенко на МиГ-3 не летал вовсе, а на МиГ-1 выполнил 13 полетов по кругу, не поднимаясь выше 5 тыс. метров.
С середины апреля до середины июня 1941 г. полеты команды Ровеля осуществлялись с завидной систематичностью — по три вылета в день. Главной их задачей было обновление информации, собранной в аналогичных полетах весной 1940 г. 21 июня 1941 г. 4-я эскадрилья команды Ровеля вернулась на место своего постоянного базирования, на аэродром Берлин-Рангсдорф, для продолжения разведки на Западе. Три остальные эскадрильи продолжили свою деятельность после начала войны. Результаты кропотливой работы «команды Ровеля» позволили немецкому командованию спланировать гигантскую по своим масштабам операцию по разгрому ВВС приграничных округов на аэродромах.
На сухопутном фронте Прибалтика в июне была своего рода «окном» для прорыва крупных сил вермахта на территорию СССР. Это неизбежно оказало влияние на воздушное сражение. Однако по предвоенным немецким планам, Прибалтика была второстепенным направлением с точки зрения использования ВВС. Вскоре после подписания плана «Барбаросса» 31 января 1941 г. главнокомандующий сухопутными войсками Германии генерал-фельдмаршал В. Браухич издал директиву по стратегическому сосредоточению и развертыванию войск на Востоке. Задачи ВВС в ней формулировались следующим образом: